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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v21 | ||||||
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タイトル | Mouse heavy chain apoferritin determined using single-particle cryo-EM at 200 keV | ||||||
要素 | Ferritin heavy chain | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / homo-24-mer / storage / globular | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / autophagosome / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, M. / Lander, G.C. / Herzik, M.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020 タイトル: Sub-2 Angstrom resolution structure determination using single-particle cryo-EM at 200 keV. 著者: Mengyu Wu / Gabriel C Lander / Mark A Herzik / 要旨: Although the advent of direct electron detectors (DEDs) and software developments have enabled the routine use of single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) for structure determination ...Although the advent of direct electron detectors (DEDs) and software developments have enabled the routine use of single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) for structure determination of well-behaved specimens to high-resolution, there nonetheless remains a discrepancy between the resolutions attained for biological specimens and the information limits of modern transmission electron microscopes (TEMs). Instruments operating at 300 kV equipped with DEDs are the current paradigm for high-resolution single-particle cryo-EM, while 200 kV TEMs remain comparatively underutilized for purposes beyond sample screening. Here, we expand upon our prior work and demonstrate that one such 200 kV microscope, the Talos Arctica, equipped with a K2 DED is capable of determining structures of macromolecules to as high as ∼1.7 Å resolution. At this resolution, ordered water molecules are readily assigned and holes in aromatic residues can be clearly distinguished in the reconstructions. This work emphasizes the utility of 200 kV electrons for high-resolution single-particle cryo-EM and applications such as structure-based drug design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v21.cif.gz | 6.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v21.ent.gz | 5.7 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v21_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v21_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v21_validation.xml.gz | 748.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v21_validation.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 21024MC 6v20C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10337 (タイトル: Mouse heavy-chain apoferritin movies obtained using a Talos Arctica (200 kV) equipped with a K2 Data size: 549.5 Data #1: Mouse heavy-chain apoferritin movies obtained using a Talos Arctica (200 kV) equipped with a K2 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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モデル数 | 10 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20304.818 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528, ferroxidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heavy chain apoferritin from mouse / タイプ: COMPLEX 詳細: Recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3)pLys cells Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.505 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 Watts / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 3 uL of sample/grid was manually blotted for 4 seconds prior to immediate plunge-freezing in liquid nitrogen-cooled ethane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1759 詳細: Images were collected using stage position navigation to target exposure. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 90 / 利用したフレーム数/画像: 1-90 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 405106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: O (正8面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241878 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: A refined spherical aberration value of 2.8 mm was used for the final reconstruction 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 39 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3WNW Accession code: 3WNW / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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