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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u42 | ||||||
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タイトル | Natively decorated ciliary doublet microtubule | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN FIBRIL / motile cilia / microtubule doublet / repetitive structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / membrane-bounded organelle / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / establishment of protein localization to organelle ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / membrane-bounded organelle / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / intracellular organelle / negative regulation of microtubule depolymerization / misfolded protein binding / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / microtubule associated complex / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / mitotic cytokinesis / chaperone cofactor-dependent protein refolding / microtubule-based process / cilium assembly / alpha-tubulin binding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / ciliary basal body / Hsp90 protein binding / mitotic spindle / cilium / structural constituent of cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / unfolded protein binding / protein refolding / microtubule / calmodulin binding / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, M. / Stoyanova, M. / Rademacher, G. / Dutcher, S.K. / Brown, A. / Zhang, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structure of the Decorated Ciliary Doublet Microtubule. 著者: Meisheng Ma / Mihaela Stoyanova / Griffin Rademacher / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang / 要旨: The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility ...The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility require a radially arranged set of doublet microtubules, each decorated in repeating patterns with non-tubulin components. We use single-particle cryo-electron microscopy to visualize and build an atomic model of the repeating structure of a native axonemal doublet microtubule, which reveals the identities, positions, repeat lengths, and interactions of 38 associated proteins, including 33 microtubule inner proteins (MIPs). The structure demonstrates how these proteins establish the unique architecture of doublet microtubules, maintain coherent periodicities along the axoneme, and stabilize the microtubules against the repeated mechanical stress induced by ciliary motility. Our work elucidates the architectural principles that underpin the assembly of this large, repetitive eukaryotic structure and provides a molecular basis for understanding the etiology of human ciliopathies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u42.cif.gz | 28.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u42.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6u42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u42_validation.pdf.gz | 25.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u42_full_validation.pdf.gz | 25.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6u42_validation.xml.gz | 2.7 MB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u42_validation.cif.gz | 5 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u42 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 38種, 451分子 13579A1A3A5A7A9B1B3B5B8C0C2C4C6C8D0D2D4D6D8E0E2E4E6E8F0...
-非ポリマー , 3種, 510分子
#39: 化合物 | ChemComp-GDP / #40: 化合物 | ChemComp-MG / #41: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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-詳細
構成要素の詳細 | The authors state that there are eight copies of the RIB72 protein, each connected by a flexible ...The authors state that there are eight copies of the RIB72 protein, each connected by a flexible linker to an N-terminus. They are not sure which N-terminus belongs to which protein. The N-terminus that has been assigned to chain 6U could, therefore, belong to another molecule or even to one not in their reconstruction. |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#38 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC-125 |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EGTA, 25 mM KCl, PH 7.4 |
緩衝液成分 | 名称: HMDEKP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3100 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 38.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 8314 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV 球面収差補正装置: Microscope is equipped with a Cs corrector |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The movies were drift-corrected using UCSF MotionCorr2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: doublet microtubules were manually selected | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143765 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 50 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |