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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sgb | ||||||
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タイトル | mt-SSU assemblosome of Trypanosoma brucei | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondrial ribosome / assembly intermediate / translation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / thiosulfate sulfurtransferase activity / quorum sensing / nuclear lumen / rRNA base methylation ...modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / thiosulfate sulfurtransferase activity / quorum sensing / nuclear lumen / rRNA base methylation / response to arsenic-containing substance / ciliary plasm / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit / : / voltage-gated potassium channel activity / acyl binding / acyl carrier activity / voltage-gated potassium channel complex / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / protein homooligomerization / potassium ion transport / fatty acid biosynthetic process / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Calderaro, S. / Prange, C. / Mattei, S. / Scaiola, A. / Leitner, A. / Bieri, P. / Horn, E.K. ...Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Calderaro, S. / Prange, C. / Mattei, S. / Scaiola, A. / Leitner, A. / Bieri, P. / Horn, E.K. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Mitoribosomal small subunit biogenesis in trypanosomes involves an extensive assembly machinery. 著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / ...著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban / 要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome assembly has been described only for eukaryotic cytosolic ribosomes. Here we report that the assembly of the small mitoribosomal subunit in involves a large number of factors and proceeds through the formation of assembly intermediates, which we analyzed by using cryo-electron microscopy. One of them is a 4-megadalton complex, referred to as the small subunit assemblosome, in which we identified 34 factors that interact with immature ribosomal RNA (rRNA) and recognize its functionally important regions. The assembly proceeds through large-scale conformational changes in rRNA coupled with successive incorporation of mitoribosomal proteins, providing an example for the complexity of the ribosomal assembly process in mitochondria. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sgb.cif.gz | 5.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sgb.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6sgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sgb_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sgb_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sgb_validation.xml.gz | 599.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sgb_validation.cif.gz | 1000.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/6sgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/6sgb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 82種, 88分子 CECFCHCKCOCPCQCRCaCbCdCjCnCpDDDIDLDODPDRDUDZF2F3F5F6F7F8F9FA...
-タンパク質・ペプチド , 20種, 27分子 UAUBUkUCUDUMUQUfUEUPUFUmUGUHUIUNUJUKULUOUaUbUcUeUiUjUl
#46: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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#47: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #48: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #49: タンパク質・ペプチド | 分子量: 783.958 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #50: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3847.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #51: タンパク質・ペプチド | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #52: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #53: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #54: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #55: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #56: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #57: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #58: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #93: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #94: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3592.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #95: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #97: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #100: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #101: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 #102: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 CA
#60: RNA鎖 | 分子量: 198215.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 |
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-非ポリマー , 7種, 19分子
#104: 化合物 | ChemComp-MG / #105: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #106: 化合物 | ChemComp-PM8 / | #107: 化合物 | ChemComp-ZN / #108: 化合物 | ChemComp-GTP / | #109: 化合物 | #110: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mt-SSU assemblosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#103 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister strain 427 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Mitochondrial ribosomal small subunit assemblosome of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427 |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 100719 X |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: On the fly in RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104838 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER 詳細: Starting models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal small subunit were taken from PDB 6HIW. Mitchondrial ribosomal small subunit assembly factors were built de novo. |