+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r4o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a truncated adenylyl cyclase bound to MANT-GTP, forskolin and an activated stimulatory Galphas protein | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Adenylyl cyclase / G protein / MANT-GTP / forskolin | ||||||
機能・相同性 | ![]() Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / PKA activation / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / Hedgehog 'off' state / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / G alpha (z) signalling events / mu-type opioid receptor binding ...Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / PKA activation / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / Hedgehog 'off' state / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / G alpha (z) signalling events / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / adenylate cyclase activator activity / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / in utero embryonic development / intracellular signal transduction / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
![]() | Qi, C. / Sorrentino, S. / Medalia, O. / Korkhov, V.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein. 著者: Chao Qi / Simona Sorrentino / Ohad Medalia / Volodymyr M Korkhov / ![]() ![]() 要旨: Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. ...Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. Signals received by the G protein-coupled receptors are conveyed to ACs through G proteins to modulate the levels of cellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the bovine membrane AC9 bound to an activated G protein αs subunit at 3.4-angstrom resolution. The structure reveals the organization of the membrane domain and helical domain that spans between the membrane and catalytic domains of AC9. The carboxyl-terminal extension of the catalytic domain occludes both the catalytic and the allosteric sites of AC9, inducing a conformation distinct from the substrate- and activator-bound state, suggesting a regulatory role in cAMP production. #1: ![]() タイトル: The structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein 著者: Qi, C. / Sorrentino, S. / Medalia, O. / Korkhov, V.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 246.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 183.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4721MC ![]() 4719C ![]() 4722C ![]() 4723C ![]() 4724C ![]() 4725C ![]() 4726C ![]() 6r3qC ![]() 6r4pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 170951.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Bovine AC9, residues 1-1250, tagged with 3C-YFP-twinStrep tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 47003.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 6分子 ![](data/chem/img/ONM.gif)
![](data/chem/img/FOK.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GSP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FOK.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GSP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ONM / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#4: 化合物 | ChemComp-FOK / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GSP / | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10758 詳細: Two datasets were merged using two different microscopes, using pixel size of 0.831 A/pix (4453 micrographs; 60 e-/A2) and 0.8544 A/pix (6305 micrographs; 45 e-/A2). Final dataset was scaled to 0.8544 A/pix. |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1107881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142147 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 110.92 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient |