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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r21 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of T7 bacteriophage fiberless tail complex | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / viral complex / DNA ejection | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail, tube / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Cuervo, A. / Fabrega-Ferrer, M. / Machon, C. / Conesa, J.J. / Perez-Ruiz, M. / Coll, M. / Carrascosa, J.L. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structures of T7 bacteriophage portal and tail suggest a viral DNA retention and ejection mechanism. 著者: Ana Cuervo / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Cristina Machón / José Javier Conesa / Francisco J Fernández / Rosa Pérez-Luque / Mar Pérez-Ruiz / Joan Pous / M Cristina Vega / José L Carrascosa / Miquel Coll / 要旨: Double-stranded DNA bacteriophages package their genome at high pressure inside a procapsid through the portal, an oligomeric ring protein located at a unique capsid vertex. Once the DNA has been ...Double-stranded DNA bacteriophages package their genome at high pressure inside a procapsid through the portal, an oligomeric ring protein located at a unique capsid vertex. Once the DNA has been packaged, the tail components assemble on the portal to render the mature infective virion. The tail tightly seals the ejection conduit until infection, when its interaction with the host membrane triggers the opening of the channel and the viral genome is delivered to the host cell. Using high-resolution cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, here we describe various structures of the T7 bacteriophage portal and fiber-less tail complex, which suggest a possible mechanism for DNA retention and ejection: a portal closed conformation temporarily retains the genome before the tail is assembled, whereas an open portal is found in the tail. Moreover, a fold including a seven-bladed β-propeller domain is described for the nozzle tail protein. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r21.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r21.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6r21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r21_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r21_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6r21_validation.xml.gz | 336.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r21_validation.cif.gz | 505.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59173.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03728 #2: タンパク質 | 分子量: 26202.820 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 遺伝子: 11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03746 #3: タンパク質 | 分子量: 89480.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 遺伝子: 12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03747 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: acetone and treated with 0.1% w/v poly-L-Lysine (Sigma) for 1 min in water グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 0.84 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.12_2829:phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92382 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 3.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 184.86 Å2 / Biso mean: 90.971 Å2 / Biso min: 49.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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