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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qno | ||||||||||||||||||
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タイトル | Rhodopsin-Gi protein complex | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / GPCR and G protein complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / Olfactory Signaling Pathway / absorption of visible light / : / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / Olfactory Signaling Pathway / absorption of visible light / : / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / phototransduction / photoreceptor outer segment / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / sperm midpiece / visual perception / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / microtubule cytoskeleton organization / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / cell-cell junction / signaling receptor complex adaptor activity / gene expression / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / cell cycle / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / Golgi membrane / GTPase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Tsai, C.-J. / Marino, J. / Adaixo, R.J. / Pamula, F. / Muehle, J. / Maeda, S. / Flock, T. / Taylor, N.M.I. / Mohammed, I. / Matile, H. ...Tsai, C.-J. / Marino, J. / Adaixo, R.J. / Pamula, F. / Muehle, J. / Maeda, S. / Flock, T. / Taylor, N.M.I. / Mohammed, I. / Matile, H. / Dawson, R.J.P. / Deupi, X. / Stahlberg, H. / Schertler, G.F.X. | ||||||||||||||||||
資金援助 | スイス, 5件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the rhodopsin-Gαi-βγ complex reveals binding of the rhodopsin C-terminal tail to the gβ subunit. 著者: Ching-Ju Tsai / Jacopo Marino / Ricardo Adaixo / Filip Pamula / Jonas Muehle / Shoji Maeda / Tilman Flock / Nicholas Mi Taylor / Inayatulla Mohammed / Hugues Matile / Roger Jp Dawson / Xavier ...著者: Ching-Ju Tsai / Jacopo Marino / Ricardo Adaixo / Filip Pamula / Jonas Muehle / Shoji Maeda / Tilman Flock / Nicholas Mi Taylor / Inayatulla Mohammed / Hugues Matile / Roger Jp Dawson / Xavier Deupi / Henning Stahlberg / Gebhard Schertler / 要旨: One of the largest membrane protein families in eukaryotes are G protein-coupled receptors (GPCRs). GPCRs modulate cell physiology by activating diverse intracellular transducers, prominently ...One of the largest membrane protein families in eukaryotes are G protein-coupled receptors (GPCRs). GPCRs modulate cell physiology by activating diverse intracellular transducers, prominently heterotrimeric G proteins. The recent surge in structural data has expanded our understanding of GPCR-mediated signal transduction. However, many aspects, including the existence of transient interactions, remain elusive. We present the cryo-EM structure of the light-sensitive GPCR rhodopsin in complex with heterotrimeric Gi. Our density map reveals the receptor C-terminal tail bound to the Gβ subunit of the G protein, providing a structural foundation for the role of the C-terminal tail in GPCR signaling, and of Gβ as scaffold for recruiting Gα subunits and G protein-receptor kinases. By comparing available complexes, we found a small set of common anchoring points that are G protein-subtype specific. Taken together, our structure and analysis provide new structural basis for the molecular events of the GPCR signaling pathway. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qno.cif.gz | 245.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qno.ent.gz | 194.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qno_validation.pdf.gz | 844.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qno_full_validation.pdf.gz | 868.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qno_validation.xml.gz | 43.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qno_validation.cif.gz | 66.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qno | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG
#1: タンパク質 | 分子量: 43182.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P63096 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: retina / 参照: UniProt: P62871 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8556.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: retina / 参照: UniProt: P02698 |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#4: 抗体 | 分子量: 26309.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: hybrid (その他) |
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#5: 抗体 | 分子量: 26558.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: hybrid (その他) |
-タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 3分子 R
#6: タンパク質 | 分子量: 39040.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutant N2C/M257Y/D282C / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: retina / 遺伝子: RHO / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02699 |
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#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#8: 化合物 | ChemComp-RET / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.17 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 倍率(補正後): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 25000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 15000 nm / Calibrated defocus min: 15000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 25000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 93 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3200 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: super resolution mode | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 580000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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