+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ppk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RbgA+45SRbgA complex | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME / Ribosome assembly / 50S subunit / RbgA / YlqF | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ortega, J. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019 タイトル: Structural consequences of the interaction of RbgA with a 50S ribosomal subunit assembly intermediate. 著者: Amal Seffouh / Nikhil Jain / Dushyant Jahagirdar / Kaustuv Basu / Aida Razi / Xiaodan Ni / Alba Guarné / Robert A Britton / Joaquin Ortega / 要旨: Bacteria harbor a number GTPases that function in the assembly of the ribosome and are essential for growth. RbgA is one of these GTPases and is required for the assembly of the 50S subunit in most ...Bacteria harbor a number GTPases that function in the assembly of the ribosome and are essential for growth. RbgA is one of these GTPases and is required for the assembly of the 50S subunit in most bacteria. Homologs of this protein are also implicated in the assembly of the large subunit of the mitochondrial and eukaryotic ribosome. We present here the cryo-electron microscopy structure of RbgA bound to a Bacillus subtilis 50S subunit assembly intermediate (45SRbgA particle) that accumulates in cells upon RbgA depletion. Binding of RbgA at the P site of the immature particle stabilizes functionally important rRNA helices in the A and P-sites, prior to the completion of the maturation process of the subunit. The structure also reveals the location of the highly conserved N-terminal end of RbgA containing the catalytic residue Histidine 9. The derived model supports a mechanism of GTP hydrolysis, and it shows that upon interaction of RbgA with the 45SRbgA particle, Histidine 9 positions itself near the nucleotide potentially acting as the catalytic residue with minimal rearrangements. This structure represents the first visualization of the conformational changes induced by an assembly factor in a bacterial subunit intermediate. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ppk.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ppk.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ppk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ppk_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6ppk_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ppk_validation.xml.gz | 154 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ppk_validation.cif.gz | 248.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/6ppk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/6ppk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 949340.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 723796434 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: GenBank: 1012899741 |
+50S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 CDEFGJKLNOPQRSTUVZbYd
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 W
#24: タンパク質 | 分子量: 32033.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A164SGC3, UniProt: O31743*PLUS |
---|---|
#25: 化合物 | ChemComp-GNP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RbgA + 45SRbgA ribosomal assembly intermediate complex タイプ: RIBOSOME 詳細: 50S subunit assembly intermediate generated by RbgA depletion in cells in complex with RbgA protein Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: JH642 |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.5, 10mM MgCl2, 50mM NH4Cl, 1mM DTT |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Cryo-EM grids were prepared by applying a 3.6 microliters volume of the diluted samples to holey carbon grids (c-flat CF-2/2-2C-T) with a freshly applied additional layer of continuous thin ...詳細: Cryo-EM grids were prepared by applying a 3.6 microliters volume of the diluted samples to holey carbon grids (c-flat CF-2/2-2C-T) with a freshly applied additional layer of continuous thin carbon (5-10nm). Grids were blotted for 3 seconds and with a blot force +1 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1228 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 169095 | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81392 / 対称性のタイプ: POINT |