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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pdt | ||||||
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タイトル | cryoEM structure of yeast glucokinase filament | ||||||
要素 | Glucokinase-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / filament | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Synthesis of GDP-mannose / glucokinase / Glycolysis / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding ...Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Synthesis of GDP-mannose / glucokinase / Glycolysis / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / D-glucose import / intracellular glucose homeostasis / Neutrophil degranulation / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
Model details | MODEL GENERATED BY ROSETTA VERSION 2019.21.post.dev+31.master.d8f9b4a90a8 | ||||||
データ登録者 | Lynch, E.M. / Dosey, A.M. / Farrell, D.P. / Stoddard, P.R. / Kollman, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Polymerization in the actin ATPase clan regulates hexokinase activity in yeast. 著者: Patrick R Stoddard / Eric M Lynch / Daniel P Farrell / Annie M Dosey / Frank DiMaio / Tom A Williams / Justin M Kollman / Andrew W Murray / Ethan C Garner / 要旨: The actin fold is found in cytoskeletal polymers, chaperones, and various metabolic enzymes. Many actin-fold proteins, such as the carbohydrate kinases, do not polymerize. We found that Glk1, a ...The actin fold is found in cytoskeletal polymers, chaperones, and various metabolic enzymes. Many actin-fold proteins, such as the carbohydrate kinases, do not polymerize. We found that Glk1, a glucokinase, forms two-stranded filaments with ultrastructure that is distinct from that of cytoskeletal polymers. In cells, Glk1 polymerized upon sugar addition and depolymerized upon sugar withdrawal. Polymerization inhibits enzymatic activity; the Glk1 monomer-polymer equilibrium sets a maximum rate of glucose phosphorylation regardless of Glk1 concentration. A mutation that eliminated Glk1 polymerization alleviated concentration-dependent enzyme inhibition. Yeast containing nonpolymerizing Glk1 were less fit when growing on sugars and more likely to die when refed glucose. Glk1 polymerization arose independently from other actin-related filaments and may allow yeast to rapidly modulate glucokinase activity as nutrient availability changes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pdt.cif.gz | 636 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pdt.ent.gz | 524.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pdt_validation.pdf.gz | 1004.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pdt_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pdt_validation.xml.gz | 57 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pdt_validation.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/6pdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/6pdt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55446.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GLK1, HOR3, YCL040W, YCL312, YCL40W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17709, glucokinase #2: 糖 | ChemComp-GLC / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: glucokinase-1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 120.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 60.1 Å / らせん対称軸の対称性: D1 | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56778 / 対称性のタイプ: HELICAL |