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- PDB-5c2w: Kuenenia stuttgartiensis Hydrazine Synthase Pressurized with 20 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c2w
タイトルKuenenia stuttgartiensis Hydrazine Synthase Pressurized with 20 bar Xenon
要素
  • (HYDRAZINE SYNTHASE ...) x 2
  • Hypothetical (Di heme) protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA PROPELLER / HEME C / REDOX ENZYME / ANAMMOX
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrazine synthase / anammoxosome / cytochrome-c peroxidase activity / oxidoreductase activity / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydrazine synthase alpha subunit, middle domain / Hydrazine synthase alpha subunit middle domain / YVTN beta-propeller repeat / : / YNCE-like beta-propeller / Cytochrome D1 heme domain / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / : / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...Hydrazine synthase alpha subunit, middle domain / Hydrazine synthase alpha subunit middle domain / YVTN beta-propeller repeat / : / YNCE-like beta-propeller / Cytochrome D1 heme domain / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / : / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL GLYCINE / HEME C / XENON / Hydrazine synthase subunit alpha / Hydrazine synthase subunit gamma / Hydrazine synthase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dietl, A. / Ferousi, C. / Maalcke, W.J. / Menzel, A. / de Vries, S. / Keltjens, J.T. / Jetten, M.S.M. / Kartal, B. / Barends, T.R.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: The inner workings of the hydrazine synthase multiprotein complex.
著者: Dietl, A. / Ferousi, C. / Maalcke, W.J. / Menzel, A. / de Vries, S. / Keltjens, J.T. / Jetten, M.S. / Kartal, B. / Barends, T.R.
履歴
登録2015年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDRAZINE SYNTHASE ALPHA SUBUNIT
B: HYDRAZINE SYNTHASE BETA SUBUNIT
C: Hypothetical (Di heme) protein
D: HYDRAZINE SYNTHASE ALPHA SUBUNIT
E: HYDRAZINE SYNTHASE BETA SUBUNIT
F: Hypothetical (Di heme) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,45843
ポリマ－322,4276
非ポリマー7,03237
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44890 Å2
ΔGint-506 kcal/mol
Surface area87530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)464.120, 464.120, 145.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-581-

HOH

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要素

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HYDRAZINE SYNTHASE ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HYDRAZINE SYNTHASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 87723.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
参照: UniProt: Q1Q0T2
#2: タンパク質 HYDRAZINE SYNTHASE BETA SUBUNIT


分子量: 38463.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
参照: UniProt: Q1Q0T4

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 Hypothetical (Di heme) protein


分子量: 35025.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
参照: UniProt: Q1Q0T3

-
非ポリマー , 8種, 534分子

#4: 化合物
ChemComp-XE / XENON


分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#9: 化合物
ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE


分子量: 118.154 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 36% DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.5 Å / Num. obs: 192635 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5c2v

5c2v


解像度: 3.2→48.5 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: region around A358-A360 is not well defined in the density
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 9573 4.97 %
Rwork0.2307 --
obs0.2325 192635 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22448 0 422 497 23367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30932254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7548453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.23640.36843150.30426074X-RAY DIFFRACTION100
3.2364-3.27440.36572930.30766161X-RAY DIFFRACTION100
3.2744-3.31430.38193390.30126091X-RAY DIFFRACTION100
3.3143-3.35630.36093410.29426043X-RAY DIFFRACTION100
3.3563-3.40040.32512530.28196192X-RAY DIFFRACTION100
3.4004-3.4470.31683420.28576104X-RAY DIFFRACTION100
3.447-3.49620.32913150.28516032X-RAY DIFFRACTION100
3.4962-3.54840.31663190.27896117X-RAY DIFFRACTION100
3.5484-3.60380.313440.27616070X-RAY DIFFRACTION100
3.6038-3.66290.31763000.27616152X-RAY DIFFRACTION100
3.6629-3.7260.34023140.28076127X-RAY DIFFRACTION100
3.726-3.79380.29943330.26686078X-RAY DIFFRACTION100
3.7938-3.86670.32993150.26916066X-RAY DIFFRACTION100
3.8667-3.94560.29553260.25136097X-RAY DIFFRACTION100
3.9456-4.03140.30162940.24966165X-RAY DIFFRACTION100
4.0314-4.12510.28283240.24366087X-RAY DIFFRACTION100
4.1251-4.22820.28673230.23076091X-RAY DIFFRACTION100
4.2282-4.34240.22383510.2196048X-RAY DIFFRACTION100
4.3424-4.47010.28413050.22046151X-RAY DIFFRACTION100
4.4701-4.61430.25243350.2176080X-RAY DIFFRACTION100
4.6143-4.77910.25073060.22256089X-RAY DIFFRACTION100
4.7791-4.97030.22693330.20496121X-RAY DIFFRACTION100
4.9703-5.19620.2353220.20996092X-RAY DIFFRACTION100
5.1962-5.46980.23142980.20386138X-RAY DIFFRACTION100
5.4698-5.8120.25293390.226096X-RAY DIFFRACTION100
5.812-6.25990.26633120.21656080X-RAY DIFFRACTION100
6.2599-6.88830.24613170.21136112X-RAY DIFFRACTION100
6.8883-7.88130.24323210.20386111X-RAY DIFFRACTION100
7.8813-9.91570.18983230.17366103X-RAY DIFFRACTION100
9.9157-48.52140.16833210.15976094X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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