PDB-5f7q: ROK repressor Lmo0178 from Listeria monocytogenes bound to operator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f7q

タイトル

ROK repressor Lmo0178 from Listeria monocytogenes bound to operator

要素

(Operator) x 2
Lmo0178 protein

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA / repressor / open reading frame / kinase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSCRIPTION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

D-xylose metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Light, S.H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structure to function of an alpha-glucan metabolic pathway that promotes Listeria monocytogenes pathogenesis.
著者: Light, S.H. / Cahoon, L.A. / Halavaty, A.S. / Freitag, N.E. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f7q.cif.gz	701.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f7q.ent.gz	578.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Lmo0178 protein

E: Lmo0178 protein

F: Operator

J: Lmo0178 protein

K: Operator

L: Lmo0178 protein

ヘテロ分子

203 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.672, 180.257, 79.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CEJL

#1: タンパク質	Lmo0178 protein / Rok repressor 分子量: 45366.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YAF1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 FK

#2: DNA鎖	Operator 分子量: 9533.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
#3: DNA鎖	Operator 分子量: 9524.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)

-
非ポリマー , 6種, 291分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム分子量: 178.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル分子量: 310.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₇
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 7.5 mg/mL protein in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3 against Classics II H6 (Qiagen, 0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月20日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 81757 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.71 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F7R

5f7r

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 14.68 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	4010	4.9 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	77556	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	-0.33 Å²
2-	-	1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12220	1394	163	273	14050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.018	14239
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13030
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.87	19443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3.001	30050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.165	5.064	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.465	24.759	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.384	15	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.913	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	15026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.991	3.885	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.991	3.884	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.088	5.818	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.088	5.818	7822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.655	4.353	7978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.655	4.353	7979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.184	6.377	11623
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.005	18.033	16155
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.005	18.034	16156
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	304	-
R_work	0.24	5487	-
obs	-	-	95.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6431	-0.2205	-1.4767	3.2024	-0.1844	2.2362	0.1583	-0.1772	-0.0904	0.3647	-0.2491	0.3271	-0.1187	0.1931	0.0908	0.0988	-0.0688	0.1012	0.0597	-0.0418	0.2299	72.8966	-13.8799	112.1334
2	0.8016	0.4859	-0.52	10.0116	3.3965	2.3409	0.0573	-0.1323	-0.0444	0.2845	-0.2163	0.3554	0.2361	-0.2015	0.1589	0.0746	-0.0805	0.0408	0.1195	0.0222	0.1646	64.5221	-42.9109	115.578
3	3.0644	0.2052	0.225	4.977	0.0879	3.7509	-0.1204	0.056	-0.0033	0.2607	0.0465	0.5272	0.3593	-0.4853	0.074	0.086	-0.0909	0.0125	0.1255	0.0276	0.2286	64.6694	-46.3209	106.6954
4	3.1092	0.4957	-0.326	0.9891	0.2378	1.7264	0.0477	-0.0248	0.1089	-0.023	0.0389	0.1808	0.0204	0.039	-0.0866	0.0208	-0.0016	-0.0047	0.0081	0.0124	0.0532	78.0482	-41.5364	108.8783
5	1.6495	-0.2529	0.4016	1.6204	-0.9662	6.0623	-0.0399	-0.2799	-0.5055	-0.2994	0.0282	0.1015	0.571	-0.5581	0.0117	0.1176	-0.0148	-0.027	0.1269	0.0678	0.2459	88.4944	-63.7942	118.2384
6	1.5661	-0.1317	-0.2664	1.0699	-0.7244	0.8175	0.0916	-0.4203	-0.0464	0.1479	-0.0145	0.048	-0.0198	0.1548	-0.0772	0.0782	-0.0188	-0.0089	0.1562	-0.0166	0.0396	88.3633	-43.53	117.1051
7	2.0754	-0.499	-1.5178	2.3356	-0.5888	4.9947	-0.0221	0.1523	-0.2011	-0.3266	-0.3	0.1509	0.1427	-0.2585	0.3221	0.1278	0.0711	0.0114	0.0988	-0.0905	0.1877	84.4793	-16.4498	81.0713
8	6.6524	-1.0623	3.7115	1.2042	0.013	3.613	0.1748	-0.006	0.1146	-0.091	0.0211	-0.11	-0.0769	0.1771	-0.1959	0.0769	0.0181	0.0983	0.1665	-0.017	0.139	113.9619	-25.7705	89.858
9	2.8798	1.015	0.0556	1.6949	-0.3778	1.564	0.1765	-0.1832	0.2468	-0.0858	-0.0379	-0.0852	-0.1335	0.0301	-0.1386	0.0746	0.0371	0.0633	0.1756	-0.0575	0.1262	105.3996	-29.6896	96.159
10	2.2496	-1.432	-0.2982	3.1869	-0.8542	1.2816	0.0393	-0.1914	-0.0515	-0.103	-0.1171	-0.2511	0.2308	0.4631	0.0777	0.0792	0.0858	-0.0097	0.2601	0.0242	0.1124	108.1592	-48.9476	106.0223
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16	1.9512	0.2761	1.6057	2.1661	-0.7348	4.9173	-0.0724	-0.1299	0.1922	0.3108	-0.2483	0.1277	-0.189	-0.1743	0.3207	0.1308	-0.0656	0.0197	0.0698	-0.0794	0.1749	84.5396	15.5875	118.2807
17	6.4901	1.4816	-3.4457	1.5652	-0.177	2.7748	0.1929	-0.0623	-0.1834	0.0976	0.0154	-0.1448	0.0771	0.1854	-0.2082	0.059	-0.012	-0.0813	0.1731	-0.0276	0.1255	113.9706	24.801	109.7927
18	2.9429	-0.9249	0.0088	1.5046	-0.3315	1.5933	0.1968	0.2053	-0.2425	0.0843	-0.0514	-0.0607	0.1191	0.0215	-0.1454	0.0716	-0.0393	-0.0283	0.1738	-0.048	0.1135	105.2719	28.8041	103.4726
19	2.2859	1.2833	0.7113	2.9776	0.2611	1.8161	0.007	-0.0377	0.1729	0.2078	-0.1177	-0.3367	-0.3478	0.6466	0.1107	0.1388	-0.1617	-0.0028	0.3615	0.0404	0.1783	112.8785	53.8141	98.991
20	1.896	-0.6269	0.0985	1.9293	-1.2116	2.3313	-0.0244	-0.44	0.3711	0.5393	-0.0561	-0.1326	-0.4073	0.106	0.0805	0.2533	-0.0841	0.0251	0.2207	-0.0894	0.1334	97.3957	51.2076	107.4474
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22	12.4534	-0.2268	0.5107	6.816	-3.0032	5.6905	-0.1541	0.0755	-1.022	-0.3571	0.7234	-0.2177	0.4609	-0.5917	-0.5694	0.3323	0.0372	-0.0781	0.3065	-0.0744	0.2174	70.1781	-14.7523	64.3784
23	1.1005	0.4421	0.5427	2.4899	0.6646	6.2892	0.2004	-0.0409	-0.17	-0.1552	-0.2443	0.1815	-0.0557	-0.2408	0.0438	0.1079	0.0555	-0.0367	0.0889	-0.0772	0.2421	74.0604	-2.0556	92.3278
24	3.0649	0.6307	1.4605	1.1538	-1.0453	6.3592	0.0415	-0.7144	0.1448	0.5357	-0.0189	0.0248	-0.0522	-0.6451	-0.0226	0.4454	-0.0391	0.1043	0.2609	-0.1502	0.2027	72.3982	7.484	129.82
25	1.6961	-0.0388	1.1698	2.8682	-0.2197	2.8357	0.2171	0.2228	0.0906	-0.3227	-0.2641	0.3922	0.1711	0.1036	0.0471	0.1052	0.0823	-0.0672	0.0699	-0.049	0.2537	72.9363	13.1386	87.6976
26	0.3854	-0.2646	0.4282	10.3027	3.2656	2.6822	0.0134	0.1046	0.0158	-0.2918	-0.1096	0.2668	-0.2702	-0.2032	0.0962	0.0524	0.0668	-0.0333	0.133	0.0173	0.1751	64.4956	41.9427	84.0885
27	2.7492	-0.2913	0.1659	4.5984	0.3491	3.1633	-0.1198	-0.2196	0.092	-0.2015	-0.0587	0.4683	-0.3023	-0.5275	0.1784	0.0727	0.089	0.0319	0.1421	0.0094	0.2378	64.6925	45.4599	92.9841
28	1.7602	0.0412	0.2868	1.2912	-0.0952	1.0737	0.1028	-0.0238	0.0296	0.0707	-0.0006	0.0961	-0.0914	-0.0307	-0.1022	0.0599	0.0164	0.0551	0.0698	-0.0044	0.0857	81.0228	45.423	90.951
29	2.4579	-0.8904	-0.0995	4.3312	-0.6675	7.3414	0.0342	0.1808	0.3603	0.2143	0.1138	0.2545	-0.73	-0.3701	-0.1479	0.1089	-0.008	0.0489	0.2198	0.1374	0.2518	88.5742	63.3244	75.5507
30	1.761	0.2186	0.1998	0.7621	-0.7114	1.3147	0.0704	0.47	0.0178	-0.1636	-0.022	0.0327	-0.0174	0.1524	-0.0484	0.1319	0.0292	0.0383	0.1625	-0.0322	0.1096	87.7647	41.3106	82.803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	3 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	77 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	121 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	171 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	244 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	311 - 397
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	3 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	77 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	133 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	231 - 277
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	278 - 367
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	368 - 397
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	2 - 8
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	9 - 24
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	25 - 30
16	X-RAY DIFFRACTION	16	J	2 - 76
17	X-RAY DIFFRACTION	17	J	77 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	J	133 - 231
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	232 - 317
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	318 - 375
21	X-RAY DIFFRACTION	21	J	376 - 397
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	2 - 7
23	X-RAY DIFFRACTION	23	K	8 - 19
24	X-RAY DIFFRACTION	24	K	20 - 30
25	X-RAY DIFFRACTION	25	L	2 - 76
26	X-RAY DIFFRACTION	26	L	77 - 120
27	X-RAY DIFFRACTION	27	L	121 - 170
28	X-RAY DIFFRACTION	28	L	171 - 267
29	X-RAY DIFFRACTION	29	L	268 - 317
30	X-RAY DIFFRACTION	30	L	318 - 397

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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