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- PDB-4kmq: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmq
タイトル1.9 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo2446 from Listeria monocytogenes EGD-e
要素Lmo2446 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / uncharacterized protein / Virulence / Pathogenesis / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Lmo2446-like, N-terminal / : / : / Carbohydrate binding module (family 35) / glycosyl hydrolase (family 31) / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : ...: / Lmo2446-like, N-terminal / : / : / Carbohydrate binding module (family 35) / glycosyl hydrolase (family 31) / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Filippova, E.V. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structure to function of an alpha-glucan metabolic pathway that promotes Listeria monocytogenes pathogenesis.
著者: Light, S.H. / Cahoon, L.A. / Halavaty, A.S. / Freitag, N.E. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo2446 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7159
ポリマ－122,5201
非ポリマー1948
水18,2491013
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.858, 102.359, 74.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lmo2446 protein


分子量: 122520.227 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-1091 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: lmo2446 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q8Y4J2
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1013 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: crystallization conditions - The JCSG+ suite (A5: 200 mM Magnesium formate, 20 % w/v PEG3350), protein - 7.1 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, cryo - soaked in ...詳細: crystallization conditions - The JCSG+ suite (A5: 200 mM Magnesium formate, 20 % w/v PEG3350), protein - 7.1 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, cryo - soaked in crystallization condition solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月15日 / 詳細: BE-LENSES/DIAMOND LAUE MONO
放射モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 185978 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 9248 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 6.318 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18352 4702 5 %RANDOM
Rwork0.15103 ---
obs0.15269 88907 99.78 %-
all-88907 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å2-0 Å20.39 Å2
2---1.61 Å2-0 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8327 0 8 1013 9348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.92811782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84313501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.26651080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24125.563444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.28151328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9181525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.55315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2441.52185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31228580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38733321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6364.53202
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 325 -
Rwork0.201 6540 -
obs-6540 99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2134-0.49930.15612.1085-0.03831.8980.1798-0.1362-0.00730.1486-0.0622-0.1045-0.13350.0444-0.11770.2-0.03030.0170.0572-0.0180.023942.889760.593550.6538
20.7436-0.46680.32152.0018-0.42891.9729-0.104-0.04160.07340.2380.16190.2377-0.1957-0.105-0.05790.13490.04150.08340.06070.00990.107119.242479.470324.76
31.0243-0.6233-0.11021.3840.2270.6301-0.0509-0.06430.1250.13510.1625-0.2284-0.02760.1778-0.11160.0297-0.0145-0.01110.0839-0.05230.049445.501757.254714.8981
41.3266-0.50950.01471.04640.1230.78690.11210.1718-0.1786-0.1387-0.02310.17080.01620.0256-0.08910.0254-0.0011-0.02970.0578-0.02260.050129.317345.0733-1.2076
53.1053-0.4369-0.50191.386-0.38181.17550.28620.8319-0.1096-0.322-0.25910.0368-0.14920.1285-0.02710.21640.1423-0.06150.4312-0.08280.040220.996851.6431-25.3193
65.39240.5437-0.53792.39770.68652.14940.20860.591-1.5022-0.0367-0.0968-0.11770.3562-0.0229-0.11180.13250.0909-0.1750.1901-0.25490.6251.3133.8745-17.2563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2A145 - 271
3X-RAY DIFFRACTION3A272 - 632
4X-RAY DIFFRACTION4A633 - 875
5X-RAY DIFFRACTION5A876 - 972
6X-RAY DIFFRACTION6A973 - 1091

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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