[日本語] English
万見
- PDB-3sqm: Crystal Structure of Glycoside Hydrolase from Synechococcus Compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sqm
タイトルCrystal Structure of Glycoside Hydrolase from Synechococcus Complexed with N-acetyl-D-glucosamine
要素Glycosyl hydrolase family 3
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TIM-barrel / alpha-beta-alpha sandwich / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / transferase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 3 / Bacterial Glycosyl hydrolase family 3, C-terminal / Bacterial Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolase family 3 / Bacterial Glycosyl hydrolase family 3, C-terminal / Bacterial Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glycoside Hydrolase from Synechococcus Complexed with N-acetyl-D-glucosamine
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 3
B: Glycosyl hydrolase family 3
C: Glycosyl hydrolase family 3
D: Glycosyl hydrolase family 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,54924
ポリマ－234,4294
非ポリマー2,12020
水3,801211
1
A: Glycosyl hydrolase family 3
B: Glycosyl hydrolase family 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,18711
ポリマ－117,2152
非ポリマー9739
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area34540 Å2
手法PISA
2
C: Glycosyl hydrolase family 3
D: Glycosyl hydrolase family 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,36213
ポリマ－117,2152
非ポリマー1,14711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area35190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.139, 125.139, 233.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-543-

ACY

21B-543-

ACY

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Glycosyl hydrolase family 3


分子量: 58607.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: SYNPCC7002_A0075 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: B1XLD2
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 227分子

#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M ammonium acetate 0.1M BIS-TRIS pH 6.8, 23.3% PEG 3350, 5.3mM N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 58559 / Num. obs: 58559 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40.52 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2841 / Rsym value: 0.635 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_761)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.703→40.961 Å / SU ML: 0.66 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2548 5.05 %random
Rwork0.159 ---
all0.163 50442 --
obs0.163 50442 85.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.501 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6212 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.6212 Å20 Å2
3----5.2424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→40.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15893 0 140 211 16244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3922486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6765991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072911
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7026-2.75460.4177610.26051007106834
2.7546-2.81080.3433750.23481204127940
2.8108-2.87190.3583800.2151454153448
2.8719-2.93870.2987860.22651768185458
2.9387-3.01220.3511260.222283240975
3.0122-3.09360.28711420.22342897303994
3.0936-3.18460.29911500.21573045319599
3.1846-3.28730.29821600.194530833243100
3.2873-3.40480.27761600.194930503210100
3.4048-3.5410.25971520.168330913243100
3.541-3.70210.25041940.159530343228100
3.7021-3.89710.21481840.140730933277100
3.8971-4.14110.18071650.127530783243100
4.1411-4.46040.19121680.116431033271100
4.4604-4.90860.18731540.112431283282100
4.9086-5.61740.19491550.145331533308100
5.6174-7.07140.18521720.154131553327100
7.0714-40.9660.19891640.14993268343298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55830.28420.57621.05340.89481.0985-0.180.08920.1811-0.34280.12850.0165-0.46990.08850.12990.17350.1037-0.28490.128-0.089-0.025667.8406-43.406741.1773
23.67512.2797-0.40943.0057-2.40475.8865-0.03890.72690.0466-0.31650.43390.3538-0.2883-0.8857-0.23970.44810.1229-0.19690.2735-0.04040.27959.9111-55.697220.3395
31.2069-0.72670.06111.3140.35151.66320.01790.33520.0506-0.3632-0.0636-0.1799-0.4030.5627-0.10110.3328-0.21080.05150.4737-0.10830.130785.7402-58.558616.4213
40.4332-0.2009-0.08620.76560.06071.00620.09740.1227-0.0787-0.16630.02630.16570.2363-0.0737-0.01450.11960.0863-0.20090.1142-0.03220.099867.3462-91.115627.2016
53.13662.80612.72724.68153.32194.2090.1707-0.4149-0.16020.1304-0.08170.53340.2901-0.6680.08990.193-0.0118-0.05050.2640.12940.358654.4904-89.992632.5225
61.76571.0616-0.64481.8111-0.47141.37540.0609-0.06540.01570.11210.0386-0.2707-0.16810.4307-0.04490.0891-0.02210.00310.323-0.09350.122888.9401-71.568341.3314
72.462-0.1382-0.21860.86870.35371.48350.02540.078-0.0133-0.07020.1222-0.2975-0.04370.7267-0.13740.14280.05890.00660.4638-0.08750.18193.7788-76.303837.6283
83.41291.2452-1.18571.4896-0.52861.6152-0.18930.1401-0.259-0.1220.1345-0.08780.39370.08270.0280.185-0.00540.03160.086-0.00160.054248.1012-10.715122.2362
90.99140.0273-0.54130.8186-0.08611.2983-0.01460.18170.11-0.12570.08970.055-0.0504-0.2144-0.03120.1306-0.0430.03590.04050.01650.028140.7631.64968.722
103.97620.6437-2.87630.199-0.55262.1624-0.40360.3925-0.4903-0.18660.09020.03290.4929-0.20950.47590.2156-0.0980.03540.1795-0.05290.165840.1896-14.270910.3442
111.6290.9248-0.3341.8924-0.22661.0350.12240.10930.2507-0.03020.0557-0.1416-0.28290.1133-0.00430.2641-0.08560.1510.12230.00350.165367.100612.9186-4.4626
121.9225-0.10930.25732.3919-0.28151.626-0.12860.38080.3724-0.10760.2201-0.1229-0.32380.0181-0.04110.2481-0.07240.07250.12750.00960.173663.048912.6393-8.8726
130.8277-0.4547-0.82710.80.31791.0619-0.149-0.44960.0020.22360.2371-0.27790.26080.5178-0.02350.25560.17940.05710.2693-0.01990.110588.541-17.65055.7074
140.5317-0.6472-0.27552.28670.32341.1844-0.1805-0.5310.11130.50070.4307-0.20890.11430.42-0.04280.28440.04950.04350.5532-0.08630.194174.85850.50726.0401
153.60350.621-1.87755.48470.93634.15290.01450.140.0491-0.04830.21050.118-0.08490.0954-0.09850.1129-0.0386-0.0280.1427-0.03840.090772.01419.136615.8218
160.15650.2393-0.31751.78150.24341.02730.1202-0.27290.27940.02930.2249-0.2275-0.38340.6675-0.27740.3296-0.14670.09490.5774-0.22630.308381.635911.682719.6819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:348)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 349:376)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 377:532)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 6:328)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 329:362)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 363:436)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 437:532)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 1:52)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 53:328)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 329:362)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 363:482)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 483:532)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resseq 4:348)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 349:400)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 401:434)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 435:532)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る