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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6orp | |||||||||
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タイトル | Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with the elicited V3-glycan patch antibody Ab897NHP | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/Immune System / HIV-1 broadly-neutralizing antibody / Env trimer structure / V3-glycan patch / cryo-EM / RC1 / immunogen design / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Abernathy, M.E. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Immunization expands B cells specific to HIV-1 V3 glycan in mice and macaques. 著者: Amelia Escolano / Harry B Gristick / Morgan E Abernathy / Julia Merkenschlager / Rajeev Gautam / Thiago Y Oliveira / Joy Pai / Anthony P West / Christopher O Barnes / Alexander A Cohen / ...著者: Amelia Escolano / Harry B Gristick / Morgan E Abernathy / Julia Merkenschlager / Rajeev Gautam / Thiago Y Oliveira / Joy Pai / Anthony P West / Christopher O Barnes / Alexander A Cohen / Haoqing Wang / Jovana Golijanin / Daniel Yost / Jennifer R Keeffe / Zijun Wang / Peng Zhao / Kai-Hui Yao / Jens Bauer / Lilian Nogueira / Han Gao / Alisa V Voll / David C Montefiori / Michael S Seaman / Anna Gazumyan / Murillo Silva / Andrew T McGuire / Leonidas Stamatatos / Darrell J Irvine / Lance Wells / Malcolm A Martin / Pamela J Bjorkman / Michel C Nussenzweig / 要旨: Broadly neutralizing monoclonal antibodies protect against infection with HIV-1 in animal models, suggesting that a vaccine that elicits these antibodies would be protective in humans. However, it ...Broadly neutralizing monoclonal antibodies protect against infection with HIV-1 in animal models, suggesting that a vaccine that elicits these antibodies would be protective in humans. However, it has not yet been possible to induce adequate serological responses by vaccination. Here, to activate B cells that express precursors of broadly neutralizing antibodies within polyclonal repertoires, we developed an immunogen, RC1, that facilitates the recognition of the variable loop 3 (V3)-glycan patch on the envelope protein of HIV-1. RC1 conceals non-conserved immunodominant regions by the addition of glycans and/or multimerization on virus-like particles. Immunization of mice, rabbits and rhesus macaques with RC1 elicited serological responses that targeted the V3-glycan patch. Antibody cloning and cryo-electron microscopy structures of antibody-envelope complexes confirmed that immunization with RC1 expands clones of B cells that carry the anti-V3-glycan patch antibodies, which resemble precursors of human broadly neutralizing antibodies. Thus, RC1 may be a suitable priming immunogen for sequential vaccination strategies in the context of polyclonal repertoires. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6orp.cif.gz | 458.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6orp.ent.gz | 378 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6orp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6orp_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6orp_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6orp_validation.xml.gz | 93.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6orp_validation.cif.gz | 132.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6orp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6orp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein ... , 2種, 6分子 ACFBGI
#1: タンパク質 | 分子量: 17134.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Cell (発現宿主): 293 6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 54149.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Cell (発現宿主): 293 6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6*PLUS |
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-抗体 , 2種, 6分子 DHJEKL
#3: 抗体 | 分子量: 26946.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 24921.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 5種, 51分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: 0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 510 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3219: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158954 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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