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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mzc | |||||||||
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タイトル | Human TFIID BC core | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / DNA / Nuclear | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / hepatocyte differentiation / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / hepatocyte differentiation / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / limb development / transcription preinitiation complex / regulation of fat cell differentiation / inner cell mass cell proliferation / response to L-glutamate / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of RNA splicing / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / somitogenesis / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / p53 binding / actin cytoskeleton / HATs acetylate histones / ATPase binding / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel, A.B. / Louder, R.K. / Greber, B.J. / Grunberg, S. / Luo, J. / Fang, J. / Liu, Y. / Ranish, J. / Hahn, S. / Nogales, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of human TFIID and mechanism of TBP loading onto promoter DNA. 著者: Avinash B Patel / Robert K Louder / Basil J Greber / Sebastian Grünberg / Jie Luo / Jie Fang / Yutong Liu / Jeff Ranish / Steve Hahn / Eva Nogales / 要旨: The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and ...The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and initiating PIC assembly. We used cryo-electron microscopy, chemical cross-linking mass spectrometry, and biochemical reconstitution to determine the complete molecular architecture of TFIID and define the conformational landscape of TFIID in the process of TATA box-binding protein (TBP) loading onto promoter DNA. Our structural analysis revealed five structural states of TFIID in the presence of TFIIA and promoter DNA, showing that the initial binding of TFIID to the downstream promoter positions the upstream DNA and facilitates scanning of TBP for a TATA box and the subsequent engagement of the promoter. Our findings provide a mechanistic model for the specific loading of TBP by TFIID onto the promoter. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mzc.cif.gz | 534.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mzc.ent.gz | 399.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mzc_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mzc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6mzc_validation.xml.gz | 81.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mzc_validation.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/6mzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/6mzc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9298MC 9299C 9300C 9301C 9302C 9305C 9306C 6mzdC 6mzlC 6mzmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 9種, 9分子 BEGHIKMOR
#1: タンパク質 | 分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: Q6P1X5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 110221.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268 |
#3: タンパク質 | 分子量: 85785.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542 |
#4: タンパク質 | 分子量: 72749.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848 |
#5: タンパク質 | 分子量: 72365.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848 |
#6: タンパク質 | 分子量: 32975.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 28830.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594 |
#8: タンパク質 | 分子量: 21731.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962 |
#9: タンパク質 | 分子量: 17948.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 Z
#10: タンパク質 | 分子量: 20272.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: General transcription factor IID / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Treated with PEI | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: BT 4s; BF 15N |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3211: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266328 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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