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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hix | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the large mitoribosomal subunit | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitoribosome / translation / Trypanosoma / large ribosomal subunit / 12S rRNA / ribosomal protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organellar large ribosomal subunit / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / kinetoplast / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / post-transcriptional regulation of gene expression / mitochondrial ribosome / cyclosporin A binding ...organellar large ribosomal subunit / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / kinetoplast / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / post-transcriptional regulation of gene expression / mitochondrial ribosome / cyclosporin A binding / mitochondrial translation / ciliary basal body / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / large ribosomal subunit / protein folding / large ribosomal subunit rRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Leibundgut, M. / Bieri, P. / Prange, C. / Horn, K. / Leitner, A. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N. | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Evolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes. 著者: David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban / 要旨: Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hix.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hix.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6hix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hix_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hix_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6hix_validation.xml.gz | 345.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hix_validation.cif.gz | 574.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/6hix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/6hix | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0231MC 0229C 0230C 0232C 0233C 6hivC 6hiwC 6hiyC 6hizC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 63種, 63分子 A0A1A2A3A4A5A6A8A9AIAJAPATAUAVAWAXAYAbAdAeAfAgAjAlAoApAtAvAB...
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AEAFAK
#10: タンパク質 | 分子量: 55073.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.3.5610 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q580R4 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 53156.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: TEOVI_000582800 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: A0A1G4HYD1 |
#14: タンパク質 | 分子量: 40252.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.2.4740, Tb927.2.4890 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q586R9 |
-50S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 ANAQAR
#15: タンパク質 | 分子量: 24341.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.4.1070 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q580D5 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 19158.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.3960 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UM6 |
#18: タンパク質 | 分子量: 35117.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.8.5860 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YI7 |
-タンパク質・ペプチド , 14種, 19分子 ACADAGUAUBUCUHUEUFUGUNUIUKULUMUUUVUXUW
#37: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2008.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #38: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1937.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #74: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #75: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3422.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #76: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #78: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #79: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #80: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #81: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #82: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #83: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #84: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #85: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 #86: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: unassigned residues built as UNK 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 |
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-RNA鎖 , 1種, 1分子 AA
#39: RNA鎖 | 分子量: 376748.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: GenBank: 343546 |
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-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BQBZ
#56: タンパク質 | 分子量: 25579.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb927.7.3430 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WF8, peptidylprolyl isomerase |
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#65: タンパク質 | 分子量: 20542.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 46-64 built as polyalanines 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 / 遺伝子: Tb11.01.1215 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株 (発現宿主): Lister 427 / 参照: UniProt: Q383Y4, peptidylprolyl isomerase |
-非ポリマー , 3種, 14分子
#87: 化合物 | ChemComp-ZN / #88: 化合物 | ChemComp-NAD / | #89: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: large subunit of the T. brucei mitoribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#86 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.9 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: Lister 427 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31619 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 52.2 / プロトコル: AB INITIO MODEL 詳細: We used Coot and O ofr initial model building and refined the structure using PHENIX |