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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h9c | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) at 3.74 Angstroms resolution. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / vertical single beta-barrel virus / internal membrane-containing archaeal virus. | |||||||||||||||
機能・相同性 | VP7 / VP4 / VP9 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Abrescia, N.G. / Santos-Perez, I. / Charro, D. | |||||||||||||||
資金援助 | スペイン, フィンランド, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses. 著者: Isaac Santos-Pérez / Diego Charro / David Gil-Carton / Mikel Azkargorta / Felix Elortza / Dennis H Bamford / Hanna M Oksanen / Nicola G A Abrescia / 要旨: The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The ...The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The discovery of PRD1-like viruses with two MCPs challenged the known assembly principles. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) and Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) at 3.7 and 3.8 Å resolution, respectively. Our structures reveal proteins located beneath the morphologically distinct two- and three-tower capsomers and homopentameric membrane proteins at the vertices that orchestrate the positioning of pre-formed vertical single β-barrel MCP heterodimers. The cryo-EM based structures together with the proteomics data provide insights into the assembly mechanism of this type of viruses and into those with membrane-less double β-barrel MCPs. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h9c.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h9c.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6h9c_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6h9c_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6h9c_validation.xml.gz | 160.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6h9c_validation.cif.gz | 231.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/6h9c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
-タンパク質 , 5種, 30分子 DFERTSWKJMNILaYbcdZABCPQOVUHGX
#1: タンパク質 | 分子量: 19912.832 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / 参照: UniProt: A0A1C7A3R1 #2: タンパク質 | | 分子量: 16271.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) 参照: UniProt: A0A1C7A3R7 #3: タンパク質 | | 分子量: 9209.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) #4: タンパク質 | | 分子量: 6400.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 #7: タンパク質 | 分子量: 25995.318 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / 参照: UniProt: A0A1C7A3R2 |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 ef
#5: タンパク質・ペプチド | ( 分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / タイプ: VIRUS / 詳細: Haloarcula californiae icosahedral virus - 1 / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 | ||||||||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 直径: 800 nm / 三角数 (T数): 28 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Haloarcula californiae icosahedral virus 1. Taxonomic identifier 1735722 NCBI. | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3218 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 27 / 利用したフレーム数/画像: 1-26 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4584 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3414 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 89.1 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: The HCIV-1 VP7 and VP4 MCPs were manually built aided by beta-barrel core templates derived from the crystal structures of Thermus bacteriophage P23-77 MCPs (PDB ID 3ZN6). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.74 Å |