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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dzl | |||||||||
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タイトル | Ebola virus Makona variant GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Ebola / antibody / pan-ebolavirus / internal fusion loop / HR1 / glycoprotein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane ...clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zaire ebolavirus (エボラウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Murin, C.D. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Structural Basis of Pan-Ebolavirus Neutralization by an Antibody Targeting the Glycoprotein Fusion Loop. 著者: Charles D Murin / Jessica F Bruhn / Zachary A Bornholdt / Jeffrey Copps / Robyn Stanfield / Andrew B Ward / 要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The ...Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The antibody ADI-15878 was previously identified from a human survivor of Ebola virus Makona variant (EBOV/Mak) infection. This mAb demonstrated potent neutralizing activity against all known ebolaviruses and provided protection in rodent and ferret models against three ebolavirus species. Here, we describe the unliganded crystal structure of ADI-15878 as well as the cryo-EM structures of ADI-15878 in complex with the EBOV/Mak and Bundibugyo virus (BDBV) glycoproteins (GPs). ADI-15878 binds through an induced-fit mechanism by targeting highly conserved residues in the internal fusion loop (IFL), bridging across GP protomers via the heptad repeat 1 (HR1) region. Our structures provide a more complete description of the ebolavirus immunogenic landscape, as well as a molecular basis for how rare but potent antibodies target conserved filoviral fusion machinery. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dzl.cif.gz | 289.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dzl.ent.gz | 236.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dzl_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6dzl_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6dzl_validation.xml.gz | 55.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dzl_validation.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ebola virus Makona ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 35517.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Kikwit-95 / 遺伝子: GP / Variant: Makona / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0F7IM40, UniProt: P87666*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 18334.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Kikwit-95 / 遺伝子: GP / Variant: Makona / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P87666 |
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-抗体 , 2種, 6分子 JKLGHI
#3: 抗体 | 分子量: 11333.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) #4: 抗体 | 分子量: 13171.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
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-糖 , 3種, 12分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Solutions were made fresh from 10X concentrate and filtered with a 0.2 micrometer filter into a sterile glass container. | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Antibody ADI-15878 Fab was added in 10 molar excess to glycoprotein and allowed to incubate overnight at 4 degrees Celsius followed by size exclusion chromatography to purify the complex and rid of excess Fab. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 3.5s blot on both sides of the grid using Whattman No. 1 filter paper |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 43478 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157861 / 対称性のタイプ: POINT |