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- PDB-4r28: MspJI Restriction Endonuclease in Complex with 27-mer Oligonucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r28
タイトルMspJI Restriction Endonuclease in Complex with 27-mer Oligonucleotide
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (26-MER)
  • Restriction endonuclease
キーワードHydrolase/DNA / ENDONUCLEASE / DNA METHYLATION DEPENDENT / SRA DOMAIN / EPIGENETICS TOOL / CYTOSINE METHYLATION-DEPENDENT ENDONUCLEASE / Tetrameric Endonuclease / HYDROLASE / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA restriction-modification system / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PUA domain-like - #20 / Restriction endonuclease AspBHI, N-terminal / Restriction endonuclease AspBHI N-terminal / Restriction endonuclease type IV, Mrr / Restriction endonuclease / PUA domain-like / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Roll ...PUA domain-like - #20 / Restriction endonuclease AspBHI, N-terminal / Restriction endonuclease AspBHI N-terminal / Restriction endonuclease type IV, Mrr / Restriction endonuclease / PUA domain-like / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease / Restriction endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium sp. JLS (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.055 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Modification-dependent restriction endonuclease, MspJI, flips 5-methylcytosine out of the DNA helix.
著者: Horton, J.R. / Wang, H. / Mabuchi, M.Y. / Zhang, X. / Roberts, R.J. / Zheng, Y. / Wilson, G.G. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structure and cleavage activity of the tetrameric MspJI DNA modification-dependent restriction endonuclease.
著者: Horton, J.R. / Mabuchi, M.Y. / Cohen-Karni, D. / Zhang, X. / Griggs, R.M. / Samaranayake, M. / Roberts, R.J. / Zheng, Y. / Cheng, X.
履歴
登録2014年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease
B: Restriction endonuclease
C: Restriction endonuclease
D: Restriction endonuclease
X: DNA (25-MER)
Y: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,7756
ポリマ－215,7756
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22940 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area79810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.544, 88.544, 511.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Restriction endonuclease


分子量: 49791.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JLS (バクテリア)
株: JLS / 遺伝子: Mjls_0822 / プラスミド: PTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A3PUQ5, UniProt: A0A0J9X157*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 8365.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide was chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8244.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide was chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 12% polyethylene glycol MME 2000, 14% Tacsimate (Hamption Research), pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.055→35.032 Å / Num. all: 42723 / Num. obs: 42723 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 79.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.06→3.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4314 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F0Q

4f0q


解像度: 3.055→35.032 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 2129 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.2301 42614 --
obs0.2301 42614 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.055→35.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13183 1042 0 0 14225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56420133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6545212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0222265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032493
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.0555-3.12650.35451450.32932700270095
3.1265-3.20460.33751390.32232671267195
3.2046-3.29110.31011390.30662725272595
3.2911-3.38780.31351420.2992699269995
3.3878-3.4970.31411360.28352702270295
3.497-3.62180.29531400.27772677267795
3.6218-3.76650.28791480.26322689268995
3.7665-3.93760.30421440.25942711271195
3.9376-4.14460.27151430.24462715271595
4.1446-4.40350.19391440.22462696269695
4.4035-4.74220.24051370.19122666266695
4.7422-5.21710.24071470.19342734273494
5.2171-5.96660.24651420.22412668266895
5.9666-7.49690.26851430.21942706270695
7.4969-29.53160.22281390.16852682268293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7329-1.0009-0.8711.22530.34023.1298-0.2795-0.5993-0.40930.36180.12320.27670.5212-0.57190.17620.9958-0.21130.16430.9265-0.06210.5599107.87554.913616.8417
21.5551-0.2739-0.40971.3257-0.32751.066-0.131-0.0766-0.10140.2473-0.0664-0.13250.517-0.08580.1890.84610.0396-0.02380.6406-0.04240.3291132.511365.72979.2924
32.3427-0.54290.36851.9121-0.05660.4591-0.06780.3709-0.39440.10480.13160.10470.5245-0.2293-0.03171.1159-0.04480.21290.7539-0.16730.6359127.859244.1465-15.594
44.45740.13350.62362.8228-0.52563.97920.0540.23820.31050.17070.08770.3743-0.1226-0.795-0.10660.35780.03960.03750.7324-0.06470.4461119.455376.9297-9.8201
50.1855-0.4127-0.62833.72871.35712.8423-0.01630.0692-0.07280.2497-0.08830.0234-0.403-0.51710.13730.51240.1760.00130.8602-0.02250.5534109.0747100.514220.0032
63.4135-0.1962.39382.54330.17253.15060.00050.16520.0627-0.45210.2193-0.041-0.30810.2502-0.16880.851-0.06530.17170.5491-0.02460.4215140.4446102.2821-14.2455
77.2721-2.6950.44143.7466-1.67880.9527-0.1151-1.47041.493-0.10480.1844-0.8412-0.43970.5378-0.05730.6201-0.0247-0.08241.4089-0.15260.5786174.082674.6241-27.8318
87.45421.00320.44942.99711.85965.31450.6957-0.06620.9443-1.0917-0.4929-0.0812-0.015-1.3384-0.12560.80020.12150.08470.78080.21260.4229156.985265.2839-21.5422
91.1962-0.4042-1.03421.22820.95393.1056-0.1424-0.03630.11370.51680.13-0.17230.34760.99520.02230.47950.1625-0.04231.0942-0.01980.5448164.34668.7691-13.3864
104.1537-1.661.25874.3621-0.2052.20370.1871-0.8370.25630.22880.0964-0.68610.028-0.5662-0.26480.6332-0.0752-0.00560.8105-0.03740.5042148.795596.953315.7727
113.42630.56021.01852.9859-0.29690.47310.4204-0.61260.32210.36980.0884-0.10070.03070.293-0.5270.8744-0.01140.1380.9963-0.14120.3727150.227697.300914.0971
128.4428-3.6014-4.53663.15731.28834.3144-0.2069-0.0797-2.57010.0615-0.8142-0.2848-1.087-2.73370.80320.78250.3284-0.13131.58480.23630.8972108.045792.090137.3592
132.4178-1.4306-3.13011.78471.17054.650.6802-0.82270.4040.03490.5638-1.6172-0.0558-1.1123-1.0020.629-0.2467-0.20541.1548-0.02690.8653124.1655100.626243.3335
143.8313.19695.70717.62413.45988.8376-0.35561.8348-0.012-1.56960.12010.2335-0.8151.37850.39360.82420.013-0.1351.41430.21990.8058147.734596.536242.9022
152.7427-0.6187-3.09368.92741.64073.556-0.4476-0.4637-1.60940.97230.5261.24161.30081.7397-0.16550.66370.0987-0.12360.95640.3321.3773170.809593.637246.9649
161.11-1.95831.87155.0547-1.4088.08530.15890.2168-0.2918-0.650.1317-1.06631.46670.7223-0.52780.58370.162-0.07780.91390.03111.0019163.308195.604545.5718
173.63063.2447-3.91317.1816-1.01245.71380.9267-0.46890.1970.4207-1.21070.7503-0.8174-1.68620.23990.6390.1072-0.0671.4606-0.00290.5162131.758396.529241.8407
185.2906-0.7844-1.50963.83311.86318.77610.8845-0.85121.24990.2519-0.5939-0.01340.0817-0.4879-0.05210.5516-0.00840.20771.3537-0.21570.654105.889299.737238.5608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 456 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 10 through 259 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 260 through 456 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 8 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 260 through 456 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 8 through 72 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 73 through 129 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 130 through 280 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 281 through 376 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 377 through 456 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'X' and (resid 401 through 406 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'X' and (resid 407 through 411 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'X' and (resid 412 through 420 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'X' and (resid 421 through 425 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'Y' and (resid 402 through 412 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'Y' and (resid 413 through 421 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'Y' and (resid 422 through 427 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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