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- PDB-5tcu: Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tcu
タイトルMethicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S RRNA
  • 23S RRNA
  • 5S rRNA CHAIN
  • E-site tRNA CHAIN
  • P-site tRNA CHAIN
  • mRNA
キーワードribosome/antibiotic / 70S ribosome / cryoEM / ribosome / Staphylococcus aureus / ribosome-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 ...PAROMOMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S10
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Eyal, Z. / Ahmed, T. / Belousoff, N. / Mishra, S. / Matzov, D. / Bashan, A. / Zimmerman, E. / Lithgow, T. / Bhushan, S. / Yonath, A.
資金援助 オーストラリア, European Union, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1092262 オーストラリア
European Research Council (ERC)322581 (NOVRIB)European Union
引用ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Linezolid Binding Site Rearrangement in the Ribosome.
著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y ...著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y Peleg / Shashi Bhushan / Trevor Lithgow / Ada Yonath /
要旨: An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution ...An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution structural information demonstrated that a single amino acid deletion in ribosomal protein uL3 confers linezolid resistance despite being located 24 Å away from the linezolid binding pocket in the peptidyl-transferase center. The mutation induces a cascade of allosteric structural rearrangements of the rRNA that ultimately results in the alteration of the antibiotic binding site. The growing burden on human health caused by various antibiotic resistance mutations now includes prevalent resistance to last-line antimicrobial drugs such as linezolid and daptomycin. Structure-informed drug modification represents a frontier with respect to designing advanced clinical therapies, but success in this strategy requires rapid, facile means to shed light on the structural basis for drug resistance (D. Brown, Nat Rev Drug Discov 14:821-832, 2015, https://doi.org/10.1038/nrd4675). Here, detailed structural information demonstrates that a common mechanism is at play in linezolid resistance and provides a step toward the redesign of oxazolidinone antibiotics, a strategy that could thwart known mechanisms of linezolid resistance.
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8402
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S RRNA
SB: 30S ribosomal protein S3
SC: 30S ribosomal protein S4
SD: 30S ribosomal protein S5
SE: 30S ribosomal protein S6
SG: 30S ribosomal protein S7
SF: 30S ribosomal protein S8
SH: 30S ribosomal protein S9
S1: 30S ribosomal protein S10
S2: 30S ribosomal protein S11
S3: 30S ribosomal protein S12
S4: 30S ribosomal protein S13
S5: 30S ribosomal protein S14 type Z
S6: 30S ribosomal protein S15
S7: 30S ribosomal protein S16
S8: 30S ribosomal protein S17
S9: 30S ribosomal protein S18
SI: 30S ribosomal protein S19
SA: 30S ribosomal protein S20
X: mRNA
E: P-site tRNA CHAIN
D: E-site tRNA CHAIN
B: 23S RRNA
C: 5S rRNA CHAIN
L2: 50S ribosomal protein L2
LC: 50S ribosomal protein L3
LJ: 50S ribosomal protein L4
LK: 50S ribosomal protein L5
LL: 50S ribosomal protein L6
LM: 50S ribosomal protein L13
LN: 50S ribosomal protein L14
LO: 50S ribosomal protein L15
LP: 50S ribosomal protein L16
LQ: 50S ribosomal protein L17
LR: 50S ribosomal protein L18
L1: 50S ribosomal protein L19
L3: 50S ribosomal protein L20
L4: 50S ribosomal protein L21
L5: 50S ribosomal protein L22
L6: 50S ribosomal protein L23
L7: 50S ribosomal protein L24
L8: 50S ribosomal protein L25
L9: 50S ribosomal protein L27
LA: 50S ribosomal protein L28
LB: 50S ribosomal protein L29
LD: 50S ribosomal protein L30
LE: 50S ribosomal protein L32
LS: 50S ribosomal protein L33 1
LG: 50S ribosomal protein L34
LH: 50S ribosomal protein L35
LI: 50S ribosomal protein L36
LF: 50S ribosomal protein L31 type B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,119,582182
ポリマ－2,115,83152
非ポリマー3,751130
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area234490 Å2
ΔGint-3026 kcal/mol
Surface area798640 Å2

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 AXEDBC

#1: RNA鎖 16S RRNA


分子量: 502935.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: GenBank: 87201381
#20: RNA鎖 mRNA


分子量: 4157.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ?
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
#21: RNA鎖 P-site tRNA CHAIN


分子量: 24156.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1061489863
#22: RNA鎖 E-site tRNA CHAIN


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1061489863
#23: RNA鎖 23S RRNA


分子量: 946687.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: GenBank: 87201381
#24: RNA鎖 5S rRNA CHAIN


分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: GenBank: 87201381

-
30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 SBSCSDSESGSFSHS1S2S3S4S5S6S7S8S9SISA

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22684.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW12
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 22849.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXK6
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16522.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW23
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11239.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2G113
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17695.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P48940
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14622.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW20
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14312.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW39
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 9243.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2YYP5
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12047.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW31
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15189.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P0A0H0
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12843.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW30
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7186.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW19
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10503.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2G2Q1
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9291.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FZ45
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9366.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW15
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 6574.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2G111
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9010.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW10
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 8609.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXY6

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 L2LCLJLKLLLMLNLOLPLQLRL1L3L4L5L6L7L8L9LALBLDLELSLGLHLILF

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29827.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P60430
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23199.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW06
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22293.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW07
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 18758.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW18
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19400.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW21
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW38
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW16
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15515.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P0A0F8
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15486.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW13
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13420.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW33
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12461.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW22
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12463.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FZ42
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXQ1
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXS8
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW11
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW08
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11316.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW17
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10391.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2G0S0
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8911.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXT0
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6550.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FZ60
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7331.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW14
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6305.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: P0A0G2
#47: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L32


分子量: 5406.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: A7X145
#48: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5684.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FYU6
#49: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5252.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FUQ0
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 6985.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FXQ0
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FW29
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 8603.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 参照: UniProt: Q2FWD8

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非ポリマー , 2種, 130分子

#53: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I, AMMINOSIDIN, CATENULIN, CRESTOMYCIN, MONOMYCIN A, NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Methicillin sensitive Staphylococcus aureus 70S ribosome (ATCC 35556)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (dev_2429: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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