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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jil | |||||||||
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タイトル | 70S ribosome Flavobacterium johnsoniae | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Translation Initiation / Protein synthesis / bS21 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) Flavobacterium sp. Root186 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ortega, J. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structural basis of sequestration of the anti-Shine-Dalgarno sequence in the Bacteroidetes ribosome. 著者: Vikash Jha / Bappaditya Roy / Dushyant Jahagirdar / Zakkary A McNutt / Elan A Shatoff / Bethany L Boleratz / Dean E Watkins / Ralf Bundschuh / Kaustuv Basu / Joaquin Ortega / Kurt Fredrick / 要旨: Genomic studies have indicated that certain bacterial lineages such as the Bacteroidetes lack Shine-Dalgarno (SD) sequences, and yet with few exceptions ribosomes of these organisms carry the ...Genomic studies have indicated that certain bacterial lineages such as the Bacteroidetes lack Shine-Dalgarno (SD) sequences, and yet with few exceptions ribosomes of these organisms carry the canonical anti-SD (ASD) sequence. Here, we show that ribosomes purified from Flavobacterium johnsoniae, a representative of the Bacteroidetes, fail to recognize the SD sequence of mRNA in vitro. A cryo-electron microscopy structure of the complete 70S ribosome from F. johnsoniae at 2.8 Å resolution reveals that the ASD is sequestered by ribosomal proteins bS21, bS18 and bS6, explaining the basis of ASD inhibition. The structure also uncovers a novel ribosomal protein-bL38. Remarkably, in F. johnsoniae and many other Flavobacteriia, the gene encoding bS21 contains a strong SD, unlike virtually all other genes. A subset of Flavobacteriia have an alternative ASD, and in these organisms the fully complementary sequence lies upstream of the bS21 gene, indicative of natural covariation. In other Bacteroidetes classes, strong SDs are frequently found upstream of the genes for bS21 and/or bS18. We propose that these SDs are used as regulatory elements, enabling bS21 and bS18 to translationally control their own production. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jil.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jil.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7jil.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jil_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jil_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7jil_validation.xml.gz | 178.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jil_validation.cif.gz | 321.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7jil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7jil | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 BCDEFGJKLMNOPQRSTUVWXYZ4abcdef
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#24: RNA鎖 | 分子量: 927297.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
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#25: RNA鎖 | 分子量: 491833.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
#26: RNA鎖 | 分子量: 35661.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 5hijklmnopqrstuvwxyz
#28: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3696.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A4V2PMH1 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 27886.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1J7CBX1 |
#36: タンパク質 | 分子量: 22950.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1B2U0J7 |
#37: タンパク質 | 分子量: 18206.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1B2U0I9 |
#38: タンパク質 | 分子量: 13376.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1J7BSW7 |
#39: タンパク質 | 分子量: 18493.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M5L9G3 |
#40: タンパク質 | 分子量: 14652.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M5L889 |
#41: タンパク質 | 分子量: 14464.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M6R974 |
#42: タンパク質 | 分子量: 11446.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1J7CP29 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13700.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1J7CBV3 |
#44: タンパク質 | 分子量: 14121.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium sp. Root186 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A0Q8NJJ8 |
#45: タンパク質 | 分子量: 13734.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
#46: タンパク質 | 分子量: 10211.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1B2U0Q7 |
#47: タンパク質 | 分子量: 10565.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M6QTP8 |
#48: タンパク質 | 分子量: 20106.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M6QGN9 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10108.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M5L8M4 |
#50: タンパク質 | 分子量: 11378.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1B2U6N1 |
#51: タンパク質 | 分子量: 10278.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1M5L8S8 |
#52: タンパク質 | 分子量: 9442.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1B2U1X2 |
#53: タンパク質 | 分子量: 7433.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1J7CKJ9 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#54: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosome Flavobacterium johnsoniae / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#24, #26-#53 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1314417 |
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 705543 / 対称性のタイプ: POINT |