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- PDB-7jil: 70S ribosome Flavobacterium johnsoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jil
タイトル70S ribosome Flavobacterium johnsoniae
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • RNA (111-MER)
  • RNA (1519-MER)
  • RNA (2862-MER)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Translation Initiation / Protein synthesis (タンパク質生合成) / bS21
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. ...Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S12 / 50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L16 / 30S ribosomal protein S5 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S12 / 50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L16 / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S4 / 50S ribosomal protein L2 / 30S ribosomal protein S14 / 50S ribosomal protein L34 / 50S ribosomal protein L20 / 50S ribosomal protein L28 / 30S ribosomal protein S20 / 50S ribosomal protein L33 / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S6 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L35 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S10 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L25 / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L31 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L30 / 50S ribosomal protein L6 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S19 / 30S ribosomal protein S7 / 50S ribosomal protein L3 / 50S ribosomal protein L9 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S16 / 30S ribosomal protein S15 / 50S ribosomal protein L27 / 30S ribosomal protein S9 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L15 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L36 / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L29
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
Flavobacterium sp. Root186 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ortega, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2019-05799 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis of sequestration of the anti-Shine-Dalgarno sequence in the Bacteroidetes ribosome.
著者: Vikash Jha / Bappaditya Roy / Dushyant Jahagirdar / Zakkary A McNutt / Elan A Shatoff / Bethany L Boleratz / Dean E Watkins / Ralf Bundschuh / Kaustuv Basu / Joaquin Ortega / Kurt Fredrick /
要旨: Genomic studies have indicated that certain bacterial lineages such as the Bacteroidetes lack Shine-Dalgarno (SD) sequences, and yet with few exceptions ribosomes of these organisms carry the ...Genomic studies have indicated that certain bacterial lineages such as the Bacteroidetes lack Shine-Dalgarno (SD) sequences, and yet with few exceptions ribosomes of these organisms carry the canonical anti-SD (ASD) sequence. Here, we show that ribosomes purified from Flavobacterium johnsoniae, a representative of the Bacteroidetes, fail to recognize the SD sequence of mRNA in vitro. A cryo-electron microscopy structure of the complete 70S ribosome from F. johnsoniae at 2.8 Å resolution reveals that the ASD is sequestered by ribosomal proteins bS21, bS18 and bS6, explaining the basis of ASD inhibition. The structure also uncovers a novel ribosomal protein-bL38. Remarkably, in F. johnsoniae and many other Flavobacteriia, the gene encoding bS21 contains a strong SD, unlike virtually all other genes. A subset of Flavobacteriia have an alternative ASD, and in these organisms the fully complementary sequence lies upstream of the bS21 gene, indicative of natural covariation. In other Bacteroidetes classes, strong SDs are frequently found upstream of the genes for bS21 and/or bS18. We propose that these SDs are used as regulatory elements, enabling bS21 and bS18 to translationally control their own production.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02021年10月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_name_com.entity_id / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly.type / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / 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_struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sense / _struct_sheet_order.sheet_id / 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解説: Sequence discrepancy / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22345
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: 50S ribosomal protein L2
C: 50S ribosomal protein L3
D: 50S ribosomal protein L4
E: 50S ribosomal protein L5
F: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
1: RNA (2862-MER)
2: RNA (1519-MER)
3: RNA (111-MER)
4: 50S ribosomal protein L38
5: 30S ribosomal protein S22
a: 50S ribosomal protein L31
b: 50S ribosomal protein L32
c: 50S ribosomal protein L33
d: 50S ribosomal protein L34
e: 50S ribosomal protein L35
f: 50S ribosomal protein L36
h: 30S ribosomal protein S3
i: 30S ribosomal protein S4
j: 30S ribosomal protein S5
k: 30S ribosomal protein S6
l: 30S ribosomal protein S7
m: 30S ribosomal protein S8
n: 30S ribosomal protein S9
o: 30S ribosomal protein S10
p: 30S ribosomal protein S11
q: 30S ribosomal protein S12
r: 30S ribosomal protein S13
s: 30S ribosomal protein S14
t: 30S ribosomal protein S15
u: 30S ribosomal protein S16
v: 30S ribosomal protein S17
w: 30S ribosomal protein S18
x: 30S ribosomal protein S19
y: 30S ribosomal protein S20
z: 30S ribosomal protein S21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,137,36553
ポリマ－2,137,36553
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area240470 Å2
ΔGint-2070 kcal/mol
Surface area742650 Å2

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 BCDEFGJKLMNOPQRSTUVWXYZ4abcdef

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29991.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0Q0
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 21975.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L9Q4
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 23187.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M7D775
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20799.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19420.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L807
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15968.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5M9Q7
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16578.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5GAA6
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13339.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5FMZ0
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15994.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M7D8T3
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16075.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0I0
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 18092.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L6R0
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12660.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M7D8T4
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13316.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5PX52
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13244.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U1H3
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 15901.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5GFZ4
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 15475.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0F3
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10690.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7BX85
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11439.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0F5
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / General stress protein CTC


分子量: 21891.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5HDD0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9422.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M6R2K9
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 8942.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U1R1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7189.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5FMZ2
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6643.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L7Z6
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L38 /


分子量: 5569.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5JJE6
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 9646.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5KIG2
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 7518.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U029
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6935.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U200
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6324.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U1E7
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7522.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7BZ40
#34: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4557.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2W5T053

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#24: RNA鎖 RNA (2862-MER)


分子量: 927297.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#25: RNA鎖 RNA (1519-MER)


分子量: 491833.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#26: RNA鎖 RNA (111-MER)


分子量: 35661.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 5hijklmnopqrstuvwxyz

#28: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S22 /


分子量: 3696.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A4V2PMH1
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 27886.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7CBX1
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 22950.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0J7
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 18206.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0I9
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 13376.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7BSW7
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18493.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L9G3
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14652.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L889
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14464.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M6R974
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11446.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7CP29
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13700.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7CBV3
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14121.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium sp. Root186 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0Q8NJJ8
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13734.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 10211.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U0Q7
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10565.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M6QTP8
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 20106.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M6QGN9
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 10108.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L8M4
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 11378.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U6N1
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10278.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5L8S8
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9442.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1B2U1X2
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 7433.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1J7CKJ9

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非ポリマー , 1種, 1分子

#54: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome Flavobacterium johnsoniae / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#24, #26-#53 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1314417
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 705543 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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