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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5opt | |||||||||
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タイトル | Structure of KSRP in context of Trypanosoma cruzi 40S | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Kinetoplastids / cryo-EM / KSRP | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation regulator activity / phosphorylation / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...translation regulator activity / phosphorylation / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Brito Querido, J. / Mancera-Martinez, E. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Chicher, J. / Simonetti, A. / Hashem, Y. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: The cryo-EM Structure of a Novel 40S Kinetoplastid-Specific Ribosomal Protein. 著者: Jailson Brito Querido / Eder Mancera-Martínez / Quentin Vicens / Anthony Bochler / Johana Chicher / Angelita Simonetti / Yaser Hashem / 要旨: Kinetoplastids are potentially lethal protozoan pathogens affecting more than 20 million people worldwide. There is a critical need for more specific targets for the development of safer anti- ...Kinetoplastids are potentially lethal protozoan pathogens affecting more than 20 million people worldwide. There is a critical need for more specific targets for the development of safer anti-kinetoplastid therapeutic molecules that can replace the scarce and highly cytotoxic current drugs. The kinetoplastid ribosome represents a potential therapeutic target due to its relative structural divergence when compared with its human counterpart. However, several kinetoplastid-specific ribosomal features remain uncharacterized. Here, we present the near-atomic cryoelectron microscopy structure of a novel bona fide kinetoplastid-specific ribosomal (r-) protein (KSRP) bound to the ribosome. KSRP is an essential protein located at the solvent face of the 40S subunit, where it binds and stabilizes kinetoplastid-specific domains of rRNA, suggesting its role in ribosome integrity. KSRP also interacts with the r-protein eS6 at a region that is only conserved in kinetoplastids. The kinetoplastid-specific ribosomal environment of KSRP provides a promising target for the design of safer anti-kinetoplastidian drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5opt.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5opt.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5opt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5opt_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5opt_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5opt_validation.xml.gz | 192.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5opt_validation.cif.gz | 312.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 pjh
#1: タンパク質 | 分子量: 35070.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511211.120, Tc00.1047053511211.130 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTN2 |
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#26: タンパク質 | 分子量: 16608.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510409.39 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D1T6 |
#34: タンパク質 | 分子量: 27676.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511727.270 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DY32 |
-Ribosomal protein ... , 5種, 5分子 qQalo
#2: タンパク質 | 分子量: 6651.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener 遺伝子: Tc00.1047053506025.14, Tc00.1047053511209.54, Tc00.1047053511805.15 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CXR4 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 24896.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506593.30 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CUC7 |
#24: タンパク質 | 分子量: 12379.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053504105.94, Tc00.1047053509233.190 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTX6 |
#29: タンパク質 | 分子量: 13248.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener 遺伝子: Tc00.1047053508475.10, Tc00.1047053508823.120, Tc00.1047053508823.140 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D6H7 |
#32: タンパク質 | 分子量: 18861.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510879.20 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DJY1 |
+40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 rtuLMORSTUVWXYZbfdegiPkmnc
-RNA鎖 , 1種, 1分子 E
#35: RNA鎖 | 分子量: 746696.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: 320364483 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 80S ribosome from Trypanosoma cruzi / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86000 / 対称性のタイプ: POINT |