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- EMDB-3300: Electron cryo-microscopy of a human pre-ribosomal (pre-40S) particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3300
タイトルElectron cryo-microscopy of a human pre-ribosomal (pre-40S) particle
マップデータReconstruction of human pre-40S particle purified by using a HASt-tagged version of the ribosome biogenesis factor LTV1 as bait. the map has been filtered and masked using the RELION1.3 postprocess option.
試料
  • 試料: pre-40S particles purified from human cells by using the tagged ribosome biogenesis factor HASt_LTV1 as bait.
  • 複合体: cytoplasmic precursor of the human small ribosomal subunit
キーワードribosome / small subunit precursor / human cells
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.4 Å
データ登録者Larburu N / Montellese C / O'Donohue M-F / Kutay U / Gleizes P-E / Plisson-Chastang C
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2016
タイトル: Structure of a human pre-40S particle points to a role for RACK1 in the final steps of 18S rRNA processing.
著者: Natacha Larburu / Christian Montellese / Marie-Françoise O'Donohue / Ulrike Kutay / Pierre-Emmanuel Gleizes / Célia Plisson-Chastang /
要旨: Synthesis of ribosomal subunits in eukaryotes is a complex and tightly regulated process that has been mostly characterized in yeast. The discovery of a growing number of diseases linked to defects ...Synthesis of ribosomal subunits in eukaryotes is a complex and tightly regulated process that has been mostly characterized in yeast. The discovery of a growing number of diseases linked to defects in ribosome biogenesis calls for a deeper understanding of these mechanisms and of the specificities of human ribosome maturation. We present the 19 Å resolution cryo-EM reconstruction of a cytoplasmic precursor to the human small ribosomal subunit, purified by using the tagged ribosome biogenesis factor LTV1 as bait. Compared to yeast pre-40S particles, this first three-dimensional structure of a human 40S subunit precursor shows noticeable differences with respect to the position of ribosome biogenesis factors and uncovers the early deposition of the ribosomal protein RACK1 during subunit maturation. Consistently, RACK1 is required for efficient processing of the 18S rRNA 3'-end, which might be related to its role in translation initiation. This first structural analysis of a human pre-ribosomal particle sets the grounds for high-resolution studies of conformational transitions accompanying ribosomal subunit maturation.
履歴
登録2016年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3300.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of human pre-40S particle purified by using a HASt-tagged version of the ribosome biogenesis factor LTV1 as bait. the map has been filtered and masked using the RELION1.3 postprocess option.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.27 Å/pix.
x 192 pix.
= 435.84 Å		2.27 Å/pix.
x 192 pix.
= 435.84 Å		2.27 Å/pix.
x 192 pix.
= 435.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.27 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.021
最小 - 最大-0.04256002 - 0.22263312
平均 (標準偏差)0.00185307 (±0.01161947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 435.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.272.272.27
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.840435.840435.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0430.2230.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : pre-40S particles purified from human cells by using the tagged r...

全体名称: pre-40S particles purified from human cells by using the tagged ribosome biogenesis factor HASt_LTV1 as bait.
要素
  • 試料: pre-40S particles purified from human cells by using the tagged ribosome biogenesis factor HASt_LTV1 as bait.
  • 複合体: cytoplasmic precursor of the human small ribosomal subunit

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超分子 #1000: pre-40S particles purified from human cells by using the tagged r...

超分子名称: pre-40S particles purified from human cells by using the tagged ribosome biogenesis factor HASt_LTV1 as bait.
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.5 MDa

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超分子 #1: cytoplasmic precursor of the human small ribosomal subunit

超分子名称: cytoplasmic precursor of the human small ribosomal subunit
タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: pre-40S particle / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Embryonic Kidney / 細胞: HEK 293
分子量理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2
グリッド詳細: Glow discharged Quantifoil R2/1 on Cu 300 Mesh grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: 1.8 - 2.1'' blot before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 100 K
日付2014年1月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 3812 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: Every image has been acquired in 1s by the direct electron detector (no movies recorded)
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.02 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked with e2boxer.py fro EMAN2 Reconstruction was carried out with Relion 1.3
CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION1.3 / 使用した粒子像数: 54436
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4v6x

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The 40S components of pdb model 4V6X were fitted into the pre-40S map by rigid body docking.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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