[日本語] English
万見
- PDB-5muw: Atomic structure of P4 packaging enzyme fitted into a localized r... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5muw
タイトルAtomic structure of P4 packaging enzyme fitted into a localized reconstruction of bacteriophage phi6 vertex
要素Packaging enzyme P4
キーワードHYDROLASE / packaging / ATPase / vertex / hyrdolase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral procapsid / viral genome packaging / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Packaging enzyme P4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / シンクロトロン / 単粒子再構成法 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Sun, Z. / El Omari, K. / Sun, X. / Ilca, S. / Kotecha, A. / Stuart, D.I. / Poranen, M.M. / Huiskonen, J.T.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Double-stranded RNA virus outer shell assembly by bona fide domain-swapping.
著者: Zhaoyang Sun / Kamel El Omari / Xiaoyu Sun / Serban L Ilca / Abhay Kotecha / David I Stuart / Minna M Poranen / Juha T Huiskonen /
要旨: Correct outer protein shell assembly is a prerequisite for virion infectivity in many multi-shelled dsRNA viruses. In the prototypic dsRNA bacteriophage φ6, the assembly reaction is promoted by ...Correct outer protein shell assembly is a prerequisite for virion infectivity in many multi-shelled dsRNA viruses. In the prototypic dsRNA bacteriophage φ6, the assembly reaction is promoted by calcium ions but its biomechanics remain poorly understood. Here, we describe the near-atomic resolution structure of the φ6 double-shelled particle. The outer T=13 shell protein P8 consists of two alpha-helical domains joined by a linker, which allows the trimer to adopt either a closed or an open conformation. The trimers in an open conformation swap domains with each other. Our observations allow us to propose a mechanistic model for calcium concentration regulated outer shell assembly. Furthermore, the structure provides a prime exemplar of bona fide domain-swapping. This leads us to extend the theory of domain-swapping from the level of monomeric subunits and multimers to closed spherical shells, and to hypothesize a mechanism by which closed protein shells may arise in evolution.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Tracking in atomic detail the functional specializations in viral RecA helicases that occur during evolution.
著者: Kamel El Omari / Christoph Meier / Denis Kainov / Geoff Sutton / Jonathan M Grimes / Minna M Poranen / Dennis H Bamford / Roman Tuma / David I Stuart / Erika J Mancini /
要旨: Many complex viruses package their genomes into empty protein shells and bacteriophages of the Cystoviridae family provide some of the simplest models for this. The cystoviral hexameric NTPase, P4, ...Many complex viruses package their genomes into empty protein shells and bacteriophages of the Cystoviridae family provide some of the simplest models for this. The cystoviral hexameric NTPase, P4, uses chemical energy to translocate single-stranded RNA genomic precursors into the procapsid. We previously dissected the mechanism of RNA translocation for one such phage, 12, and have now investigated three further highly divergent, cystoviral P4 NTPases (from 6, 8 and 13). High-resolution crystal structures of the set of P4s allow a structure-based phylogenetic analysis, which reveals that these proteins form a distinct subfamily of the RecA-type ATPases. Although the proteins share a common catalytic core, they have different specificities and control mechanisms, which we map onto divergent N- and C-terminal domains. Thus, the RNA loading and tight coupling of NTPase activity with RNA translocation in 8 P4 is due to a remarkable C-terminal structure, which wraps right around the outside of the molecule to insert into the central hole where RNA binds to coupled L1 and L2 loops, whereas in 12 P4, a C-terminal residue, serine 282, forms a specific hydrogen bond to the N7 of purines ring to confer purine specificity for the 12 enzyme.
履歴
登録2017年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Experimental preparation / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type
改定 1.22018年1月31日Group: Advisory / Data processing / Other
カテゴリ: cell / em_software / pdbx_validate_symm_contact
Item: _cell.Z_PDB / _cell.angle_alpha ..._cell.Z_PDB / _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_software.details / _em_software.name
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3573
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3573
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Packaging enzyme P4
B: Packaging enzyme P4
I: Packaging enzyme P4
J: Packaging enzyme P4
K: Packaging enzyme P4
L: Packaging enzyme P4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,87618
ポリマ－196,0726
非ポリマー2,80412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質
Packaging enzyme P4


分子量: 32678.740 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 1-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
遺伝子: P4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11125, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Pseudomonas phage phi6 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pseudomonas syringae
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結凍結剤: ETHANE
結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 6% PEG 4000 AND 90 MM SODIUM ACETATE PH 4.5 / PH範囲: 8

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 37037 X / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 120 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 0.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 900
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 22 / 利用したフレーム数/画像: 1-22
回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 72831 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 51.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4CTFFIND3CTF補正
5RELION1.4CTF補正
8UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
101.1.0初期オイラー角割当LocalizedReconstruction
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 159492
3次元再構成解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56448 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 9.1→9.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.378
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 3663 5.03 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.2183 72767 97.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8007 Å2-4.9072 Å21.6679 Å2
2---5.431 Å2-0.795 Å2
3---1.6303 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.477 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24101 0 336 0 24437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
ELECTRON MICROSCOPYt_bond_d0.00924810HARMONIC2
ELECTRON MICROSCOPYt_angle_deg1.0533835HARMONIC2
ELECTRON MICROSCOPYt_dihedral_angle_d11367SINUSOIDAL2
ELECTRON MICROSCOPYt_incorr_chiral_ct
ELECTRON MICROSCOPYt_pseud_angle
ELECTRON MICROSCOPYt_trig_c_planes491HARMONIC2
ELECTRON MICROSCOPYt_gen_planes3776HARMONIC5
ELECTRON MICROSCOPYt_it24810HARMONIC20
ELECTRON MICROSCOPYt_nbd4SEMIHARMONIC5
ELECTRON MICROSCOPYt_omega_torsion2.33
ELECTRON MICROSCOPYt_other_torsion2.98
ELECTRON MICROSCOPYt_improper_torsion
ELECTRON MICROSCOPYt_chiral_improper_torsion3463SEMIHARMONIC5
ELECTRON MICROSCOPYt_sum_occupancies
ELECTRON MICROSCOPYt_utility_distance
ELECTRON MICROSCOPYt_utility_angle
ELECTRON MICROSCOPYt_utility_torsion
ELECTRON MICROSCOPYt_ideal_dist_contact28045SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 224 4.71 %
Rwork0.2777 4532 -
all0.2797 4756 -
obs--97.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1586-0.27740.79541.49690.45782.5319-0.0936-0.24480.01250.0585-0.10740.0891-0.2181-0.35620.2011-0.13830.1741-0.03920.3176-0.2058-0.226314.371666.025874.8786
22.1068-0.5862-0.39260.87220.86132.6761-0.1264-0.2918-0.03510.02750.10460.0228-0.02770.35670.0218-0.17790.0959-0.03130.4106-0.0863-0.214342.419552.663274.6887
33.3481-0.6107-0.01541.38680.08422.9130.1472-0.3156-0.48810.26570.0719-0.04180.24810.0382-0.2191-0.01330.2651-0.2570.142-0.1149-0.123417.33741.023225.8429
42.225-0.69790.37762.65890.95153.6473-0.01050.1423-0.33620.21290.4049-0.40830.48850.372-0.3945-0.19150.3899-0.15680.217-0.3478-0.043231.4586-7.4904-0.5237
52.5591-0.55360.43971.38540.83852.75150.1210.3579-0.3045-0.24460.2129-0.05280.20090.0842-0.3339-0.11320.1817-0.05790.3054-0.3445-0.187517.1671-3.5393-27.8774
62.0308-0.3093-0.36721.81140.61632.2108-0.00260.0673-0.0898-0.1319-0.0380.12620.084-0.08320.0406-0.05690.2107-0.16270.2597-0.2467-0.1642-11.32979.3786-28.9638
71.9815-0.14170.1070.9857-0.26882.81940.03860.0688-0.18880.0234-0.05060.09310.235-0.09490.0119-0.14870.1938-0.1160.2624-0.2381-0.1087-25.529417.7268-2.4715
83.5502-1.190.08581.75730.27771.6779-0.0829-0.4539-0.16750.0940.07130.15290.1334-0.27910.0116-0.15430.1325-0.05160.3651-0.1308-0.2238-11.128213.382724.9203
92.0969-0.3580.12671.2890.59692.0402-0.1661-0.1037-0.14030.13750.12820.08050.16940.20140.0379-0.16630.1230.03920.3682-0.1119-0.180153.699540.412348.3066
102.7464-1.06750.73541.5311-0.33042.35490.14810.2001-0.1487-0.028-0.07280.02330.08810.1171-0.0754-0.16750.0756-0.01120.3301-0.2175-0.20937.171241.548722.0726
112.0477-0.6692-0.09611.09410.35872.55050.05880.2904-0.3318-0.0453-0.15060.1863-0.2264-0.10220.0917-0.16670.1313-0.06570.3409-0.2318-0.20578.889854.901722.3588
122.04640.30420.75270.92290.44893.2585-0.2607-0.15340.106-0.0743-0.06810.0367-0.4948-0.490.3288-0.15220.299-0.11090.3265-0.2261-0.1926-2.647767.08248.7524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1ELECTRON MICROSCOPY1CHAIN A
2ELECTRON MICROSCOPY2CHAIN B
3ELECTRON MICROSCOPY3CHAIN C
4ELECTRON MICROSCOPY4CHAIN D
5ELECTRON MICROSCOPY5CHAIN E
6ELECTRON MICROSCOPY6CHAIN F
7ELECTRON MICROSCOPY7CHAIN G
8ELECTRON MICROSCOPY8CHAIN H
9ELECTRON MICROSCOPY9CHAIN I
10ELECTRON MICROSCOPY10CHAIN J
11ELECTRON MICROSCOPY11CHAIN K
12ELECTRON MICROSCOPY12CHAIN L

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る