PDB-4tld: Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tld

タイトル

Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

要素

Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Akiyama, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock
著者: Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Mori, T. / Saito, S. / Osako, M. / Wolanin, J. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.

履歴

登録	2014年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tld.cif.gz	579.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tld.ent.gz	476 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tld_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tld_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	4tld_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	4tld_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tl6C 4tl7C 4tl8C 4tl9C 4tlaC 4tlbC 4tlcC 4tleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tl6-1 4tla-d 4tl8-d 4tlb-d 4tle-d 4tlc-d 4tl9-d 4tl7-d 3fok-2 5yz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (7) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein kinase KaiC

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein kinase KaiC

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Circadian clock protein kinase KaiC

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.930, 132.975, 149.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC 分子量: 28389.244 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain, residues 1-253 / 変異: S157P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400, PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→50 Å / Num. obs: 117006 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 23.63

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.949→37.53 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	5854	5.01 %
R_work	0.1753	-	-
obs	0.1769	116908	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→37.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10448	0	198	817	11463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.101	15013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.804	4194
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1909

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9486-1.9708	0.2996	193	0.2421	3583	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9708-1.994	0.258	169	0.2174	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.994-2.0183	0.255	197	0.2096	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0183-2.0438	0.2616	180	0.2155	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0438-2.0707	0.2589	186	0.2033	3642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0707-2.0991	0.2224	202	0.1949	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0991-2.1291	0.2494	191	0.1907	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1291-2.1608	0.2653	195	0.1849	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1608-2.1946	0.2122	206	0.1818	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1946-2.2306	0.2337	182	0.1848	3692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2306-2.269	0.224	197	0.1782	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.3103	0.2335	189	0.1756	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3103-2.3547	0.226	187	0.1719	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3547-2.4028	0.2216	214	0.1717	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4028-2.455	0.222	201	0.1811	3692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.455-2.5121	0.2275	199	0.1851	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5121-2.5749	0.2537	184	0.1786	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5749-2.6445	0.2009	212	0.1735	3668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6445-2.7223	0.2388	200	0.1717	3694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7223-2.8102	0.1999	202	0.1718	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8102-2.9106	0.2361	194	0.1773	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9106-3.0271	0.211	174	0.1779	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0271-3.1648	0.2076	210	0.1708	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1648-3.3315	0.2108	181	0.177	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3315-3.5401	0.1675	211	0.1651	3694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5401-3.8132	0.1942	176	0.1611	3771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8132-4.1965	0.1631	208	0.157	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1965-4.8026	0.1686	199	0.1406	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8026-6.0467	0.1892	201	0.1777	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0467-37.5366	0.2179	214	0.1973	3950	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -24.8933 Å / Origin y: 15.5356 Å / Origin z: -16.932 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1664 Å²	-0.0157 Å²	-0.0201 Å²	-	0.1832 Å²	-0.0284 Å²	-	-	0.1504 Å²
L	0.3946 °²	-0.0736 °²	-0.2473 °²	-	0.2896 °²	0.0458 °²	-	-	0.2975 °²
S	-0.0437 Å °	0.0813 Å °	-0.0528 Å °	-0.0265 Å °	0.0507 Å °	0.0362 Å °	0.0735 Å °	-0.0289 Å °	-0.0096 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)