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- PDB-5m3l: Single-particle cryo-EM using alignment by classification (ABC): ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3l
タイトルSingle-particle cryo-EM using alignment by classification (ABC): the structure of Lumbricus terrestris hemoglobin
要素
  • (Extracellular globin- ...) x 3
  • (Extracellular hemoglobin linker ...) x 2
  • Hemoglobin chain d1
  • Hemoglobin linker chain L1
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Lumbricus terrestris / hemoglobin / oxygen carrier / erythrocruorin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1520 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1540 / Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin ...Lipocalin - #620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1520 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1540 / Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Myoglobin-like, M family globin domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Lipocalin / Helix non-globular / Globin-like superfamily / Special / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Extracellular globin / Extracellular globin-2 / Extracellular globin-3 / Extracellular globin-4 / Extracellular hemoglobin linker L3 subunit / Extracellular hemoglobin linker L2 subunit / Hemoglobin linker chain L1
類似検索 - 構成要素
生物種Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Afanasyev, P. / Linnemayr-Seer, C. / Ravelli, R.B.G. / Matadeen, R. / De Carlo, S. / Alewijnse, B. / Portugal, R.V. / Pannu, N.S. / Schatz, M. / van Heel, M.
資金援助 オランダ, 英国, ブラジル, 6件
組織認可番号
The Dutch ministry of economic affairsCyttron II FES-0908; オランダ
NanoNextNL of the Government of the Netherlands and 130 partnersHTS&M Initiative: FES-0901; オランダ
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/G015236/1 英国
The Netherlands Organization for Scientific ResearchNWO grant: 016.072.321 オランダ
Brazilian science foundationCNPq-152746/2012-9 ブラジル
Brazilian science foundationCNPq-400796/2012-0 ブラジル
引用ジャーナル: IUCrJ / : 2017
タイトル: Single-particle cryo-EM using alignment by classification (ABC): the structure of haemoglobin.
著者: Pavel Afanasyev / Charlotte Seer-Linnemayr / Raimond B G Ravelli / Rishi Matadeen / Sacha De Carlo / Bart Alewijnse / Rodrigo V Portugal / Navraj S Pannu / Michael Schatz / Marin van Heel /
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) can now yield near-atomic resolution structures of biological complexes. However, the reference-based alignment algorithms commonly used in ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) can now yield near-atomic resolution structures of biological complexes. However, the reference-based alignment algorithms commonly used in cryo-EM suffer from reference bias, limiting their applicability (also known as the 'Einstein from random noise' problem). Low-dose cryo-EM therefore requires robust and objective approaches to reveal the structural information contained in the extremely noisy data, especially when dealing with small structures. A reference-free pipeline is presented for obtaining near-atomic resolution three-dimensional reconstructions from heterogeneous ('four-dimensional') cryo-EM data sets. The methodologies integrated in this pipeline include camera correction, movie-based full-data-set contrast transfer function determination, movie-alignment algorithms, (Fourier-space) multivariate statistical data compression and unsupervised classification, 'random-startup' three-dimensional reconstructions, four-dimensional structural refinements and Fourier shell correlation criteria for evaluating anisotropic resolution. The procedures exclusively use information emerging from the data set itself, without external 'starting models'. Euler-angle assignments are performed by angular reconstitution rather than by the inherently slower projection-matching approaches. The comprehensive 'ABC-4D' pipeline is based on the two-dimensional reference-free 'alignment by classification' (ABC) approach, where similar images in similar orientations are grouped by unsupervised classification. Some fundamental differences between X-ray crystallography single-particle cryo-EM data collection and data processing are discussed. The structure of the giant haemoglobin from at a global resolution of ∼3.8 Å is presented as an example of the use of the ABC-4D procedure.
履歴
登録2016年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: cell / refine
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.32019年1月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _entity.pdbx_mutation
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3434
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3434
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular globin-4
B: Extracellular globin-2
C: Extracellular globin-3
D: Hemoglobin chain d1
E: Extracellular globin-4
F: Extracellular globin-2
G: Extracellular globin-3
H: Hemoglobin chain d1
I: Extracellular globin-4
J: Extracellular globin-2
K: Extracellular globin-3
L: Hemoglobin chain d1
M: Hemoglobin linker chain L1
N: Extracellular hemoglobin linker L2 subunit
O: Extracellular hemoglobin linker L3 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,37127
ポリマ-275,97415
非ポリマー7,39812
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54440 Å2
ΔGint-519 kcal/mol
Surface area110100 Å2
手法PISA
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D6 (2回x6回 2面回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12A
22I
13B
23F
14B
24J
15C
25G
16C
26K
17D
27H
18D
28L
19E
29I
110F
210J
111G
211K
112H
212L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPPROPROAA5 - 1515 - 151
21ASPASPPROPROEE5 - 1515 - 151
12ASPASPPROPROAA5 - 1515 - 151
22ASPASPPROPROII5 - 1515 - 151
13LYSLYSHISHISBB1 - 1451 - 145
23LYSLYSHISHISFF1 - 1451 - 145
14LYSLYSHISHISBB2 - 1442 - 144
24LYSLYSHISHISJJ2 - 1442 - 144
15HISHISLEULEUCC3 - 1513 - 151
25HISHISLEULEUGG3 - 1513 - 151
16HISHISLEULEUCC3 - 1513 - 151
26HISHISLEULEUKK3 - 1513 - 151
17GLUGLULYSLYSDD8 - 1471 - 140
27GLUGLULYSLYSHH8 - 1471 - 140
18GLUGLULYSLYSDD8 - 1471 - 140
28GLUGLULYSLYSLL8 - 1471 - 140
19ASPASPPROPROEE5 - 1515 - 151
29ASPASPPROPROII5 - 1515 - 151
110LYSLYSHISHISFF2 - 1442 - 144
210LYSLYSHISHISJJ2 - 1442 - 144
111HISHISLEULEUGG3 - 1513 - 151
211HISHISLEULEUKK3 - 1513 - 151
112GLUGLULYSLYSHH8 - 1471 - 140
212GLUGLULYSLYSLL8 - 1471 - 140

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

-
Extracellular globin- ... , 3種, 9分子 AEIBFJCGK

#1: タンパク質 Extracellular globin-4 / Erythrocruorin / Globin A / Globin IV


分子量: 17566.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13579
#2: タンパク質 Extracellular globin-2 / Erythrocruorin / Globin AIII / Globin B / Globin II


分子量: 16268.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P02218
#3: タンパク質 Extracellular globin-3 / Erythrocruorin / Extracellular globin III / Globin C


分子量: 17331.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P11069

-
タンパク質 , 2種, 4分子 DHLM

#4: タンパク質 Hemoglobin chain d1


分子量: 15988.263 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: O61233
#5: タンパク質 Hemoglobin linker chain L1


分子量: 24936.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q9GV76

-
Extracellular hemoglobin linker ... , 2種, 2分子 NO

#6: タンパク質 Extracellular hemoglobin linker L2 subunit


分子量: 25085.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I743
#7: タンパク質 Extracellular hemoglobin linker L3 subunit


分子量: 24486.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I742

-
非ポリマー , 1種, 12分子

#8: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Giant worm hemoglobin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量: 3.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 器官: Hemolymph
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度Buffer-ID
10.1 MTris-HCl1
21 mMEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 0.02 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 5235
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 2-5

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0155 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1IMAGIC-4D粒子像選択
2EPU画像取得
4IMAGIC-4DCTF補正
7UCSF Chimera1.11モデルフィッティング
9REFMAC5.8.0155モデル精密化
10PHENIX1.10.1モデル精密化
11Coot0.8.6モデル精密化
12IMAGIC-4D初期オイラー角割当
13IMAGIC-4D最終オイラー角割当
14IMAGIC-4D分類
15IMAGIC-4D3次元再構成
CTF補正詳細: Unsupervised MSA classification of amplitude spectra throughout the full data set ("Full data set CTF correction")
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 319746
対称性点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / 粒子像の数: 75000 / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION
詳細: FSC as per the original definition (Harauz & van Heel 1986).
クラス平均像の数: 75000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化解像度: 3.8→146.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.833 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 36.387 / SU ML: 0.487 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.633 / ESU R Free: 0.598
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33227 4656 5 %RANDOM
Rwork0.33093 ---
obs0.331 87730 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 129.873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å2-1.18 Å2-0.54 Å2
2---0.22 Å2-3.25 Å2
3---2.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 19015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.01919530
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0030.0218262
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4911.97426641
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.023341589
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.09452379
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.79322.733849
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.167153044
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.07615142
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0990.22900
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.0222295
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0040.024877
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it8.47112.7659561
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other8.47212.7649560
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it13.93819.14411925
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other13.93719.14511926
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it9.48213.7859969
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other9.48213.7859970
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other15.71220.20814716
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined23.06423355
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other23.06423356
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A83620.08
12E83620.08
21A83660.06
22I83660.06
31B79080.07
32F79080.07
41B78960.07
42J78960.07
51C82700.07
52G82700.07
61C82640.08
62K82640.08
71D79380.08
72H79380.08
81D79940.07
82L79940.07
91E83680.08
92I83680.08
101F78860.05
102J78860.05
111G84200.07
112K84200.07
121H80400.08
122L80400.08
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.539 355 -
Rwork0.55 6516 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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