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- PDB-2gtl: Lumbricus Erythrocruorin at 3.5A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gtl
タイトルLumbricus Erythrocruorin at 3.5A resolution
要素
  • (Extracellular globin ...) x 2
  • (Extracellular hemoglobin linker ...) x 2
  • Extracellular globin-3
  • Hemoglobin chain d1
  • Hemoglobin linker chain L1
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Annelid erythrocruorins / respiratory protein / hexagonal bilayer / dihedral D6 symmetry / triple stranded helical coils / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1520 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1540 / Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin ...Lipocalin - #620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1520 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1530 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1540 / Annelid erythrocruorin linker subunit, C-terminal / Erythrocruorin linker subunit, C-terminal superfamily / Extracellular hemoglobin linker subunit, heterodimerisation domain / Annelid erythrocruorin linker subunit C-terminus / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Helix non-globular / Lipocalin / Globin-like superfamily / Special / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Extracellular globin / Extracellular globin-2 / Extracellular globin-3 / Extracellular globin-4 / Extracellular hemoglobin linker L3 subunit / Extracellular hemoglobin linker L2 subunit / Hemoglobin linker chain L1
類似検索 - 構成要素
生物種Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Royer Jr., W.E. / Sharma, H. / Strand, K. / Knapp, J.E. / Bhyravbhatla, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Lumbricus erythrocruorin at 3.5 a resolution: architecture of a megadalton respiratory complex.
著者: Royer Jr., W.E. / Sharma, H. / Strand, K. / Knapp, J.E. / Bhyravbhatla, B.
履歴
登録2006年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Authors state that the conflicts at residue 78 for chains A,E,I and residue 66 for chains ...SEQUENCE Authors state that the conflicts at residue 78 for chains A,E,I and residue 66 for chains B,F,J are possibly due to an error with the sequencing, however they can not distinguish it at the current resolution.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Extracellular globin 4
B: Extracellular globin 2
C: Extracellular globin-3
D: Hemoglobin chain d1
E: Extracellular globin 4
F: Extracellular globin 2
G: Extracellular globin-3
H: Hemoglobin chain d1
I: Extracellular globin 4
J: Extracellular globin 2
K: Extracellular globin-3
L: Hemoglobin chain d1
M: Hemoglobin linker chain L1
N: Extracellular hemoglobin linker L2 subunit
O: Extracellular hemoglobin linker L3 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,90544
ポリマ－275,94615
非ポリマー7,96029
水00
1
A: Extracellular globin 4
B: Extracellular globin 2
C: Extracellular globin-3
D: Hemoglobin chain d1
E: Extracellular globin 4
F: Extracellular globin 2
G: Extracellular globin-3
H: Hemoglobin chain d1
I: Extracellular globin 4
J: Extracellular globin 2
K: Extracellular globin-3
L: Hemoglobin chain d1
M: Hemoglobin linker chain L1
N: Extracellular hemoglobin linker L2 subunit
O: Extracellular hemoglobin linker L3 subunit
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,406,864528
ポリマ－3,311,347180
非ポリマー95,516348
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Extracellular globin 4
B: Extracellular globin 2
C: Extracellular globin-3
D: Hemoglobin chain d1
E: Extracellular globin 4
F: Extracellular globin 2
G: Extracellular globin-3
H: Hemoglobin chain d1
I: Extracellular globin 4
J: Extracellular globin 2
K: Extracellular globin-3
L: Hemoglobin chain d1
M: Hemoglobin linker chain L1
N: Extracellular hemoglobin linker L2 subunit
O: Extracellular hemoglobin linker L3 subunit
ヘテロ分子
x 24


  • crystal asymmetric unit
  • 6.81 MDa, 360 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,813,7271056
ポリマ－6,622,695360
非ポリマー191,032696
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
transform to crystal frame1
point symmetry operation11
単位格子
Length a, b, c (Å)176.080, 257.960, 436.530
Angle α, β, γ (deg.)89.69, 97.15, 90.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 622
シェーンフリース記号: D6 (2回x6回 2面回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.99023, -0.05197, -0.12941), (0.13788, 0.50422, 0.85249), (0.02095, -0.86201, 0.50646)-1.65217, -0.21834, -1.62163
3generate(0.96326, 0.03047, -0.26682), (0.24739, -0.48728, 0.83747), (-0.1045, -0.87271, -0.47692)-0.97235, -2.11336, -1.50619
4generate(0.94509, 0.21433, -0.24673), (0.21122, -0.97665, -0.03931), (-0.24939, -0.01496, -0.96829)-2.21643, -2.89465, -0.66088
5generate(0.96357, 0.24689, -0.10282), (0.03602, -0.50074, -0.86485), (-0.26501, 0.82964, -0.49139)0.75781, -0.56749, 2.44098
6generate(0.99015, 0.13997, 0.00339), (-0.06781, 0.5006, -0.86302), (-0.1225, 0.85429, 0.50516)1.48809, -0.05652, 0.63077
7generate(-0.94957, -0.10498, 0.29545), (-0.11909, -0.75091, -0.64958), (0.29005, -0.652, 0.70054)-1.00599, -2.30478, -0.37744
8generate(-0.95529, -0.23565, 0.17856), (-0.22231, 0.17434, -0.95926), (0.19492, -0.95607, -0.21893)-0.78939, 0.48797, -1.11833
9generate(-0.97696, -0.20833, 0.04643), (-0.21239, 0.92733, -0.30815), (0.02114, -0.31092, -0.9502)-2.34257, 1.94545, 0.94172
10generate(-0.99714, -0.072, -0.02307), (-0.06884, 0.73831, 0.67094), (-0.03127, 0.6706, -0.74116)-1.67681, -0.16198, 2.09542
11generate(-0.9977, 0.04861, 0.04718), (0.03646, -0.20168, 0.97877), (0.0571, 0.97824, 0.19945)0.0939, -1.78915, 2.07663
12generate(-0.97557, 0.04895, 0.21419), (0.02321, -0.94645, 0.322), (0.21848, 0.31911, 0.92219)-0.87521, -3.00517, 0.40173
13generate(0.98952, 0.14395, 0.01155), (-0.14429, 0.98878, 0.03853), (-0.00587, -0.03979, 0.99919)63.79785, 132.8392, 216.14185
14generate(0.99992, -0.00666, 0.01072), (-0.00612, 0.48763, 0.87303), (-0.01104, -0.87302, 0.48755)61.71643, 131.91033, 214.2694
15generate(0.98349, -0.08354, -0.16051), (0.09716, -0.50451, 0.85792), (-0.15265, -0.85935, -0.48807)61.33404, 130.41609, 214.5674
16generate(0.95755, 0.05902, -0.28216), (0.05721, -0.99825, -0.01466), (-0.28253, -0.0021, -0.95926)57.77668, 130.23473, 216.2495
17generate(0.94342, 0.22925, -0.23959), (-0.09733, -0.49924, -0.86098), (-0.31699, 0.83558, -0.44868)58.87162, 131.28099, 218.29621
18generate(0.96321, 0.25183, -0.09383), (-0.21213, 0.4981, -0.84077), (-0.16499, 0.82975, 0.5332)63.17867, 132.7596, 216.58716
19generate(-0.94724, -0.23945, 0.21306), (0.03929, -0.74647, -0.66426), (0.3181, -0.62084, 0.7165)59.0542, 130.5702, 215.35065
20generate(-0.97741, -0.2065, 0.04495), (-0.08279, 0.17843, -0.98046), (0.19445, -0.96204, -0.1915)57.47877, 133.24688, 215.8687
21generate(-0.9975, -0.06491, -0.02786), (-0.05212, 0.94257, -0.32991), (0.04768, -0.32763, -0.9436)59.69155, 133.26482, 216.46762
22generate(-0.99803, 0.04768, 0.04079), (0.06275, 0.76382, 0.64238), (-0.00053, 0.64367, -0.7653)62.93848, 132.24233, 217.8886
23generate(-0.97661, 0.05894, 0.20678), (0.19408, -0.17233, 0.96573), (0.09256, 0.98327, 0.15686)62.01574, 129.82776, 218.08703
24generate(-0.94671, -0.09532, 0.30767), (0.19344, -0.93202, 0.30647), (0.25754, 0.34965, 0.90079)60.90111, 128.8195, 216.69973

-
要素

-
Extracellular globin ... , 2種, 6分子 AEIBFJ

#1: タンパク質 Extracellular globin 4 / Globin IV / Erythrocruorin / Globin A


分子量: 17566.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13579
#2: タンパク質 Extracellular globin 2 / Globin II / Erythrocruorin / Globin AIII / Globin B


分子量: 16268.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P02218

-
タンパク質 , 3種, 7分子 CGKDHLM

#3: タンパク質 Extracellular globin-3 / Extracellular globin III / Erythrocruorin / Globin C


分子量: 17331.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P11069
#4: タンパク質 Hemoglobin chain d1


分子量: 15988.263 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: O61233
#5: タンパク質 Hemoglobin linker chain L1


分子量: 24936.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q9GV76

-
Extracellular hemoglobin linker ... , 2種, 2分子 NO

#6: タンパク質 Extracellular hemoglobin linker L2 subunit


分子量: 25057.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I743
#7: タンパク質 Extracellular hemoglobin linker L3 subunit


分子量: 24486.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I742

-
非ポリマー , 4種, 29分子

#8: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#9: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#10: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 6% (w/w) PEG 8000, 10mM CaCl2, 3% isopropanol, 60mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. all: 1718296 / Num. obs: 890862 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→100 Å / FOM work R set: 0.786 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.297 38554 RANDOM in resolution shells
Rwork0.288 --
obs0.288 775689 -
all-960925 -
原子変位パラメータBiso mean: 68.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19103 0 545 0 19648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.5-3.520.4175600.4281078511345
3.52-3.550.4166160.4071115211768
3.55-3.570.3965890.4071117911768
3.57-3.60.4246130.3951152112134
3.6-3.630.3936090.3791179312402
3.63-3.650.3916470.381181712464
3.65-3.680.3656480.3771202812676
3.68-3.710.3686250.3681185712482
3.71-3.740.366760.3591230412980
3.74-3.770.3796710.3591210812779
3.77-3.80.3626550.3561227612931
3.8-3.840.366380.3471267113309
3.84-3.870.3336350.3491252213157
3.87-3.910.3636710.3391296013631
3.91-3.940.3416210.3411292513546
3.94-3.980.3497300.341320213932
3.98-4.020.3317340.3281355514289
4.02-4.060.3347600.321374314503
4.06-4.10.347220.3141415814880
4.1-4.150.317170.3121424714964
4.15-4.20.3127820.3091454615328
4.2-4.250.3237330.3081475515488
4.25-4.30.2938200.2941501515835
4.3-4.350.2957490.2851515615905
4.35-4.410.2837850.2791559316378
4.41-4.470.288250.2751558516410
4.47-4.530.2938460.2821583116677
4.53-4.60.2758330.2681613216965
4.6-4.670.2968340.2721610116935
4.67-4.750.2928880.271640017288
4.75-4.830.2818810.2621638717268
4.83-4.920.2758490.2681662917478
4.92-5.010.2879420.2691658917531
5.01-5.120.2828200.2651676817588
5.12-5.230.2818530.2661688017733
5.23-5.350.298880.2651710617994
5.35-5.480.2788800.2571691617796
5.48-5.630.2678830.2561706317946
5.63-5.80.2768580.2571711017968
5.8-5.980.2739100.2561722518135
5.98-6.20.2629060.2481726218168
6.2-6.450.2419230.231742318346
6.45-6.740.2518940.2291749118385
6.74-7.10.2239090.2161748318392
7.1-7.540.2269100.2151767618586
7.54-8.120.2369070.2281759418501
8.12-8.940.2368520.2381628617138
8.94-10.230.2657650.2621471515480
10.23-12.890.3017230.2911415514878
12.89-1000.3937690.4141446015229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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