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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5it9 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the cricket paralysis virus IRES. | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / IRES / small / subunit | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Cricket paralysis virus (ウイルス) Kluyveromyces lactis (酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Murray, J. / Savva, C.G. / Shin, B.S. / Dever, T.E. / Ramakrishnan, V. / Fernandez, I.S. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES. 著者: Jason Murray / Christos G Savva / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / V Ramakrishnan / Israel S Fernández / 要旨: Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps ...Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps before the first peptidyl transfer are essential for the initiation of translation by these mRNAs. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM) we have structurally characterized at high resolution how the Cricket Paralysis Virus Internal Ribosomal Entry Site (CrPV-IRES) binds the small ribosomal subunit (40S) and the translocation intermediate stabilized by elongation factor 2 (eEF2). The CrPV-IRES restricts tvhe otherwise flexible 40S head to a conformation compatible with binding the large ribosomal subunit (60S). Once the 60S is recruited, the binary CrPV-IRES/80S complex oscillates between canonical and rotated states (Fernández et al., 2014; Koh et al., 2014), as seen for pre-translocation complexes with tRNAs. Elongation factor eEF2 with a GTP analog stabilizes the ribosome-IRES complex in a rotated state with an extra ~3 degrees of rotation. Key residues in domain IV of eEF2 interact with pseudoknot I (PKI) of the CrPV-IRES stabilizing it in a conformation reminiscent of a hybrid tRNA state. The structure explains how diphthamide, a eukaryotic and archaeal specific post-translational modification of a histidine residue of eEF2, is involved in translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5it9.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5it9.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5it9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5it9_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5it9_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5it9_validation.xml.gz | 151.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5it9_validation.cif.gz | 254.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Ribosomal protein ... , 33種, 33分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...
-RNA鎖 , 2種, 2分子 2i
#34: RNA鎖 | 分子量: 573508.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) |
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#35: RNA鎖 | 分子量: 61462.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricket paralysis virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 8895506 |
-非ポリマー , 2種, 83分子
#36: 化合物 | ChemComp-MG / #37: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the Cricket paralysis virus IRES タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Kluyveromyces lacti (酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54481 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.8→257.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.848 / SU B: 43.619 / SU ML: 0.614 / σ(F): 0 / ESU R: 0.945 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 500 Å2 / Biso mean: 119.994 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.8→257.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20 /
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