+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ipq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor in the DCKA/D-APV-bound conformation, state 2 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ligand-gated ion channel / synaptic transmission | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / response to zinc ion / response to magnesium ion / regulation of membrane potential / late endosome / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / lysosome / neuron projection ...NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / response to zinc ion / response to magnesium ion / regulation of membrane potential / late endosome / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / lysosome / neuron projection / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, S. / Stein, A.R. / Yoshioka, C. / Lee, C.H. / Goehring, A. / Mchaourab, S.H. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Mechanism of NMDA Receptor Inhibition and Activation. 著者: Shujia Zhu / Richard A Stein / Craig Yoshioka / Chia-Hsueh Lee / April Goehring / Hassane S Mchaourab / Eric Gouaux / 要旨: N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are glutamate-gated, calcium-permeable ion channels that mediate synaptic transmission and underpin learning and memory. NMDAR dysfunction is directly ...N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are glutamate-gated, calcium-permeable ion channels that mediate synaptic transmission and underpin learning and memory. NMDAR dysfunction is directly implicated in diseases ranging from seizure to ischemia. Despite its fundamental importance, little is known about how the NMDAR transitions between inactive and active states and how small molecules inhibit or activate ion channel gating. Here, we report electron cryo-microscopy structures of the GluN1-GluN2B NMDA receptor in an ensemble of competitive antagonist-bound states, an agonist-bound form, and a state bound with agonists and the allosteric inhibitor Ro25-6981. Together with double electron-electron resonance experiments, we show how competitive antagonists rupture the ligand binding domain (LBD) gating "ring," how agonists retain the ring in a dimer-of-dimers configuration, and how allosteric inhibitors, acting within the amino terminal domain, further stabilize the LBD layer. These studies illuminate how the LBD gating ring is fundamental to signal transduction and gating in NMDARs. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ipq.cif.gz | 374.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ipq.ent.gz | 229.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ipq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ipq_validation.pdf.gz | 775.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5ipq_full_validation.pdf.gz | 776.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ipq_validation.xml.gz | 51.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ipq_validation.cif.gz | 85.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/5ipq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/5ipq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8101MC 8097C 8098C 8102C 8103C 8104C 8105C 8106C 5iouC 5iovC 5iprC 5ipsC 5iptC 5ipuC 5ipvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 92651.234 Da / 分子数: 2 変異: K51F, R52F, N300Q, N350Q, N368D, N440D, N469D, K493A, K494A, E495A, G610R, I617L, D656R, N769E 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0KD18, UniProt: A0A1L8F5J9*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 93234.742 Da / 分子数: 2 変異: M20S, G21R, C22A, A64E, N69Q, N343D, T490V, V615L, E654R, E655R 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: NR2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7XY94 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GluN1-GluN2B receptor in the complex with competitive antagonists DCKA and D-APV タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: GnTI- / プラスミド: pEGBacmam |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 18 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 0.01 mm |
撮影 | 電子線照射量: 10.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 393513 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38007 / 対称性のタイプ: POINT |