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Yorodumi- PDB-6lyh: Crystal structure of tea N9-methyltransferase CkTcS in complex wi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6lyh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of tea N9-methyltransferase CkTcS in complex with SAH and 1,3,7-trimethyluric acid | ||||||
Components | N-methyltransferase CkTcS | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-methyltransferase / CkTcS | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcaffeine synthase / caffeine synthase activity / alkaloid metabolic process / methylation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Camellia sinensis var. assamica (Assam tea) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15000316024 Å | ||||||
Authors | Wang, Y. / Zhang, Z.-M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020Title: Identification and characterization of N9-methyltransferase involved in converting caffeine into non-stimulatory theacrine in tea. Authors: Zhang, Y.H. / Li, Y.F. / Wang, Y. / Tan, L. / Cao, Z.Q. / Xie, C. / Xie, G. / Gong, H.B. / Sun, W.Y. / Ouyang, S.H. / Duan, W.J. / Lu, X. / Ding, K. / Kurihara, H. / Hu, D. / Zhang, Z.M. / Abe, I. / He, R.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6lyh.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6lyh.ent.gz | 877.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6lyh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6lyh_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6lyh_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 6lyh_validation.xml.gz | 102.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6lyh_validation.cif.gz | 131.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6lyiC ![]() 2efjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40849.703 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camellia sinensis var. assamica (Assam tea)Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-EXU / Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 57.97 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 1 M Sodium Citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.14→50 Å / Num. obs: 62167 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 62.383110248 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.7 |
| Reflection shell | Resolution: 3.15→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 55414 / CC1/2: 0.845 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2EFJ Resolution: 3.15000316024→43.8717918208 Å / SU ML: 0.464226211064 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96340305611 / Phase error: 34.9015671293
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15000316024→43.8717918208 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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