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Yorodumi- PDB-6lyh: Crystal structure of tea N9-methyltransferase CkTcS in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lyh | ||||||
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Title | Crystal structure of tea N9-methyltransferase CkTcS in complex with SAH and 1,3,7-trimethyluric acid | ||||||
Components | N-methyltransferase CkTcS | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-methyltransferase / CkTcS | ||||||
Function / homology | Function and homology information caffeine synthase / theobromine:S-adenosyl-L-methionine 1-N-methyltransferase activity / paraxanthine:S-adenosyl-L-methionine 3-N-methyltransferase activity / alkaloid metabolic process / methylation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Camellia sinensis var. assamica (Assam tea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15000316024 Å | ||||||
Authors | Wang, Y. / Zhang, Z.-M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Identification and characterization of N9-methyltransferase involved in converting caffeine into non-stimulatory theacrine in tea. Authors: Zhang, Y.H. / Li, Y.F. / Wang, Y. / Tan, L. / Cao, Z.Q. / Xie, C. / Xie, G. / Gong, H.B. / Sun, W.Y. / Ouyang, S.H. / Duan, W.J. / Lu, X. / Ding, K. / Kurihara, H. / Hu, D. / Zhang, Z.M. / Abe, I. / He, R.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lyh.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6lyh.ent.gz | 877.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lyh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6lyiC 2efjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40849.703 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camellia sinensis var. assamica (Assam tea) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9FZN8*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-EXU / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 57.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 1 M Sodium Citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.14→50 Å / Num. obs: 62167 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 62.383110248 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 55414 / CC1/2: 0.845 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2EFJ Resolution: 3.15000316024→43.8717918208 Å / SU ML: 0.464226211064 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96340305611 / Phase error: 34.9015671293
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15000316024→43.8717918208 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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