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- PDB-2efj: The structure of 1,7 dimethylxanthine methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2efj
タイトルThe structure of 1,7 dimethylxanthine methyltransferase
要素3,7-dimethylxanthine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SAM-dependant methyltransferase / SAH / Theobromine
機能・相同性
機能・相同性情報


caffeine synthase / caffeine synthase activity / alkaloid metabolic process / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THEOBROMINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 3,7-dimethylxanthine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Coffea canephora (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者McCarthy, A.A. / McCarthy, J.G.
引用
ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2007
タイトル: The structure of two N-methyltransferases from the caffeine biosynthetic pathway
著者: McCarthy, A.A. / McCarthy, J.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Cloning, expression, crystallization and preliminary X-ray analysis of the XMT and DXMT N-methyltransferases from Coffea canephora (robusta)
著者: McCarthy, A.A. / Biget, L. / Lin, C. / Petiard, V. / Tanksley, S.D. / McCarthy, J.G.
履歴
登録2007年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,7-dimethylxanthine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9713
ポリマ－43,4061
非ポリマー5652
水2,630146
1
A: 3,7-dimethylxanthine methyltransferase
ヘテロ分子

A: 3,7-dimethylxanthine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9426
ポリマ－86,8122
非ポリマー1,1294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)50.160, 105.630, 140.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the symmetery operations: -x, y, -z+1/2.

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要素

#1: タンパク質 3,7-dimethylxanthine methyltransferase


分子量: 43406.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coffea canephora (植物) / 遺伝子: DXMT1 / プラスミド: pProEXHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (RIL)
参照: UniProt: A4GE70, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-37T / THEOBROMINE / 3,7-DIMETHYLXANTHINE / 3,7-DIMETHYLPURINE-2,6-DIONE / テオブロミン


分子量: 180.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N4O2 / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23-28% PEG 3350, 200mM Li2SO4, 100mM Tris-HCl, 2mM DTT, 1mM SAH, 1mM Theobromine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月1日
放射モノクロメーター: A double crystal (Si 111) Khozu monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 25506 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 10.341 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1297 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.223 25059 --
obs-24209 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.306 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 39 146 2904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9853873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6345349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53224.331127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.28115467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1781513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2790.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7191.51802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17122826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74531226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5464.51044
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 76 -
Rwork0.301 1707 -
obs--97.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.1675-1.23024.02674.47540.77371.96220.34950.9509-1.1168-0.10630.43890.39080.2223-0.0407-0.78830.060.0992-0.0018-0.0930.0093-0.03723.93419.53350.24
21.1261-0.74760.71321.0666-0.69322.5178-0.1552-0.28720.07320.3580.27540.0882-0.2113-0.1757-0.1202-0.10630.08760.0724-0.23030.0118-0.17834.43133.86751.92
35.279-0.7196-0.79593.48910.18292.4406-0.3154-0.4022-0.76860.47510.27530.15260.28890.04470.0401-0.00310.15390.0625-0.16680.0721-0.210511.51310.76261.742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 273 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2AA28 - 23128 - 231
3X-RAY DIFFRACTION2AA266 - 302266 - 302
4X-RAY DIFFRACTION2AA365 - 379365 - 379
5X-RAY DIFFRACTION3AA232 - 265232 - 265
6X-RAY DIFFRACTION3AA312 - 364312 - 364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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