PDB-2eg5: The structure of xanthosine methyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eg5

タイトル

The structure of xanthosine methyltransferase

要素

Xanthosine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SAM-dependant N-methyltransferase / xanthosine / SAH

機能・相同性

機能・相同性情報

7-methylxanthosine synthase / alkaloid metabolic process / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coffea canephora (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

McCarthy, A.A. / McCarthy, J.G.

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2007
タイトル: The structure of two N-methyltransferases from the caffeine biosynthetic pathway
著者: McCarthy, A.A. / McCarthy, J.G.

履歴

登録	2007年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eg5.cif.gz	291.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eg5.ent.gz	233.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2efjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v7n-1 1ynf-3 2efj-1 1vrp-d 6s2x-d 4v7n-10 4v7n-8 3vc5-1 4v7n-13 3vcm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Xanthosine methyltransferase

C: Xanthosine methyltransferase

E: Xanthosine methyltransferase

G: Xanthosine methyltransferase

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xanthosine methyltransferase

C: Xanthosine methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Xanthosine methyltransferase

G: Xanthosine methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.590, 119.800, 116.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	A
2	2	C
3	2	E
4	2	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	14 - 367	14 - 367
2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	C	B	14 - 367	14 - 367
3	1	GLY	GLY	PRO	PRO	E	C	14 - 367	14 - 367
4	1	GLY	GLY	PRO	PRO	G	D	14 - 367	14 - 367
1	2	SAH	SAH	XTS	XTS	A	E - F	501 - 502
2	2	SAH	SAH	XTS	XTS	C	G - H	1501 - 1502
3	2	SAH	SAH	XTS	XTS	E	I - J	2501 - 2502
4	2	SAH	SAH	XTS	XTS	G	K - L	3501 - 3502

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Chain A and C form a biological dimer / Chain E and G form a biological dimer

#1: タンパク質	Xanthosine methyltransferase 分子量: 41894.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coffea canephora (植物) / 遺伝子: XMT1 / プラスミド: pProEXHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (RIL) 参照: UniProt: A4GE69, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-XTS / 9-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)OXOLAN-2-YL]-3H-PURINE-2,6-DIONE / XANTHOSINE / 9-BETA-D-RIBOFURANOSYLXANTHINE タイプ: RNA linking / 分子量: 284.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 200mM Li2SO4, 100mM Tris-HCl, 1mM SAH, 1mM xanthosine, 2mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日
放射	モノクロメーター: Khozu double crystal (Si 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 75624 / Num. obs: 74901 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 10071 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EFJ

2efj

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 17.957 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	3830	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
obs	0.233	71794	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	0 Å²	0.42 Å²
2-	-	-1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10668	0	184	499	11351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	11184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.998	15174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.826	5	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.845	24.113	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.096	15	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.874	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	7645
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	585
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.316	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.286	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.897	1.5	7083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.519	2	11128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.093	3	4661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.162	4.5	4033

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2603	tight positional	0.06	0.05
1	2	E	2603	tight positional	0.08	0.05
1	3	A	2603	tight positional	0.07	0.05
1	4	C	2603	tight positional	0.06	0.05
2	2	C	46	tight positional	0.04	0.05
2	2	G	46	tight positional	0.03	0.05
2	2	A	46	tight positional	0.03	0.05
2	2	C	46	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	2603	tight thermal	0.17	0.5
1	2	E	2603	tight thermal	0.16	0.5
1	3	A	2603	tight thermal	0.13	0.5
1	4	C	2603	tight thermal	0.17	0.5
2	2	C	46	tight thermal	0.12	0.5
2	2	G	46	tight thermal	0.09	0.5
2	2	A	46	tight thermal	0.11	0.5
2	2	C	46	tight thermal	0.17	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	286	-
R_work	0.34	5315	-
obs	-	-	98.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2799	0.8588	-0.4574	2.4011	-0.6095	0.9554	-0.067	0.0368	-0.0237	-0.0916	0.051	-0.243	0.0119	-0.0296	0.016	-0.1328	0.0109	0.0121	-0.1077	-0.025	-0.1568	32.0579	91.6382	109.4734
2	0.8552	0.5461	0.11	2.8049	0.504	0.5729	-0.0531	0.0581	0.2147	-0.2087	0.0379	0.5335	0.0218	0.0273	0.0152	-0.1188	0.0056	-0.0009	-0.0909	0.0743	-0.0398	5.2122	62.548	108.834
3	1.0443	0.4116	0.5001	3.1462	0.9477	1.522	-0.0279	-0.0915	-0.0027	-0.1164	0.0198	0.2802	0.0013	-0.0286	0.0082	-0.0623	0.0055	-0.006	-0.0268	0.0231	0.0033	-11.3239	30.3768	53.0587
4	2.1185	-0.0073	0.455	2.1829	-0.687	0.9984	-0.054	0.4396	0.1364	-0.172	0.0057	-0.3789	0.0036	0.1004	0.0483	-0.0281	0.0187	0.0192	0.1114	-0.0209	-0.1659	15.5244	59.0778	51.3167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 367	14 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	E - F	501 - 502
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	14 - 367	14 - 367
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	G - H	1501 - 1502
5	X-RAY DIFFRACTION	3	E	C	14 - 367	14 - 367
6	X-RAY DIFFRACTION	3	E	I - J	2501 - 2502
7	X-RAY DIFFRACTION	4	G	D	14 - 367	14 - 367
8	X-RAY DIFFRACTION	4	G	K - L	3501 - 3502

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