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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fkv | ||||||
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タイトル | cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / DNA REPLICATION / DNA POLYMERASE III ALPHA / DNA POLYMERASE III BETA / DNA POLYMERASE III EPSILON / DNA POLYMERASE III TAU | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III, clamp loader complex / Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III, clamp loader complex / Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication proofreading / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.04 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez-Leiro, R. / Conrad, J. / Scheres, S.H.W. / Lamers, M.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: cryo-EM structures of the replicative DNA polymerase reveal its dynamic interactions with the DNA sliding clamp, exonuclease and . 著者: Rafael Fernandez-Leiro / Julian Conrad / Sjors Hw Scheres / Meindert H Lamers / 要旨: The replicative DNA polymerase PolIIIα from is a uniquely fast and processive enzyme. For its activity it relies on the DNA sliding clamp β, the proofreading exonuclease ε and the C-terminal ...The replicative DNA polymerase PolIIIα from is a uniquely fast and processive enzyme. For its activity it relies on the DNA sliding clamp β, the proofreading exonuclease ε and the C-terminal domain of the clamp loader subunit τ. Due to the dynamic nature of the four-protein complex it has long been refractory to structural characterization. Here we present the 8 Å resolution cryo-electron microscopy structures of DNA-bound and DNA-free states of the PolIII-clamp-exonuclease-τ complex. The structures show how the polymerase is tethered to the DNA through multiple contacts with the clamp and exonuclease. A novel contact between the polymerase and clamp is made in the DNA bound state, facilitated by a large movement of the polymerase tail domain and τ. These structures provide crucial insights into the organization of the catalytic core of the replisome and form an important step towards determining the structure of the complete holoenzyme. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fkv.cif.gz | 411.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fkv.ent.gz | 315 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA POLYMERASE III ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 130088.430 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10443, DNA-directed DNA polymerase | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 27118.984 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03007, DNA-directed DNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 16284.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL POLYMERASE-BINDING DOMAIN OF TAU / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET3D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06710, DNA-directed DNA polymerase |
-PRIMER-TEMPLATE DUPLEX ... , 2種, 2分子 PT
#5: DNA鎖 | 分子量: 7797.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TEMPLATE STRAND / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 8796.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TEMPLATE STRAND / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DNA POLYMERASE III CATALYTIC COMPLEX (ALPHA, EPSILON, BETA, TAU) タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT / pH: 7.5 / 詳細: 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年5月12日 詳細: TITAN KRIOS GOOD MICROGRAPHS WERE SELECTED FOR DIGITISATION |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 倍率(補正後): 28409 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 温度: 85 K |
撮影 | 電子線照射量: 4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1350 |
-解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 8.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5663 / Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.04 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8 Å
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