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万見
- PDB-4d3e: Tetramer of IpaD, modified from 2J0O, fitted into negative stain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d3e
タイトルTetramer of IpaD, modified from 2J0O, fitted into negative stain electron microscopy reconstruction of the wild type tip complex from the type III secretion system of Shigella flexneri
要素INVASIN IPAD
キーワードCELL INVASION / TIP COMPLEX / TYPE III SECRETION SYSTEM / SHIGELLA FLEXNERI / WILD TYPE / IPAD
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SHIGELLA FLEXNERI 5A STR. M90T (フレクスナー赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24 Å
データ登録者Cheung, M. / Shen, D.-K. / Makino, F. / Kato, T. / Roehrich, D. / Martinez-Argudo, I. / Walker, M.L. / Murillo, I. / Liu, X. / Pain, M. ...Cheung, M. / Shen, D.-K. / Makino, F. / Kato, T. / Roehrich, D. / Martinez-Argudo, I. / Walker, M.L. / Murillo, I. / Liu, X. / Pain, M. / Brown, J. / Frazer, G. / Mantell, J. / Mina, P. / Todd, T. / Sessions, R.B. / Namba, K. / Blocker, A.J.
引用
ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional electron microscopy reconstruction and cysteine-mediated crosslinking provide a model of the type III secretion system needle tip complex.
著者: Martin Cheung / Da-Kang Shen / Fumiaki Makino / Takayuki Kato / A Dorothea Roehrich / Isabel Martinez-Argudo / Matthew L Walker / Isabel Murillo / Xia Liu / Maria Pain / James Brown / Gordon ...著者: Martin Cheung / Da-Kang Shen / Fumiaki Makino / Takayuki Kato / A Dorothea Roehrich / Isabel Martinez-Argudo / Matthew L Walker / Isabel Murillo / Xia Liu / Maria Pain / James Brown / Gordon Frazer / Judith Mantell / Petros Mina / Thomas Todd / Richard B Sessions / Keiichi Namba / Ariel J Blocker /
要旨: Type III secretion systems are found in many Gram-negative bacteria. They are activated by contact with eukaryotic cells and inject virulence proteins inside them. Host cell detection requires a ...Type III secretion systems are found in many Gram-negative bacteria. They are activated by contact with eukaryotic cells and inject virulence proteins inside them. Host cell detection requires a protein complex located at the tip of the device's external injection needle. The Shigella tip complex (TC) is composed of IpaD, a hydrophilic protein, and IpaB, a hydrophobic protein, which later forms part of the injection pore in the host membrane. Here we used labelling and crosslinking methods to show that TCs from a ΔipaB strain contain five IpaD subunits while the TCs from wild-type can also contain one IpaB and four IpaD subunits. Electron microscopy followed by single particle and helical image analysis was used to reconstruct three-dimensional images of TCs at ∼ 20 Å resolution. Docking of an IpaD crystal structure, constrained by the crosslinks observed, reveals that TC organisation is different from that of all previously proposed models. Our findings suggest new mechanisms for TC assembly and function. The TC is the only site within these secretion systems targeted by disease-protecting antibodies. By suggesting how these act, our work will allow improvement of prophylactic and therapeutic strategies.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2007
タイトル: Self-chaperoning of the type III secretion system needle tip proteins IpaD and BipD.
著者: Steven Johnson / Pietro Roversi / Marianela Espina / Andrew Olive / Janet E Deane / Susan Birket / Terry Field / William D Picking / Ariel J Blocker / Edouard E Galyov / Wendy L Picking / Susan M Lea /
要旨: Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. ...Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. The T3SS is composed of a basal body, which traverses both bacterial membranes, and an external needle through which effector proteins are secreted. We report multiple crystal structures of two proteins that sit at the tip of the needle and are essential for virulence: IpaD from Shigella flexneri and BipD from Burkholderia pseudomallei. The structures reveal that the N-terminal domains of the molecules are intramolecular chaperones that prevent premature oligomerization, as well as sharing structural homology with proteins involved in eukaryotic actin rearrangement. Crystal packing has allowed us to construct a model for the tip complex that is supported by mutations designed using the structure.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32018年1月31日Group: Data processing / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.details / _em_software.name
改定 1.42020年4月29日Group: Data processing / カテゴリ: em_3d_reconstruction / Item: _em_3d_reconstruction.resolution
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2801
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2801
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: INVASIN IPAD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0771
ポリマ－23,0771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数4

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要素

#1: タンパク質 INVASIN IPAD / 36 KDA MEMBRANE ANTIGEN


分子量: 23076.775 Da / 分子数: 1
断片: COILDED-COIL AND GLOBULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 125-332
由来タイプ: 組換発現
詳細: YES [LACKING FIRST 124 AA AND WITH LAST 10 AA MODELLED INTO HELIX]
由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI 5A STR. M90T (フレクスナー赤痢菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: WILD-TYPE T3SS NEEDLE COMPLEX / タイプ: COMPLEX / 詳細: FIRST ZERO OF CTF SET TO 19A FOR ALL MICROGRAPHS
緩衝液名称: 0.1% (W/V) DDM, 150 MM NACL, 25 MM TRIS PH 8, 5 MM EDTA
pH: 8
詳細: 0.1% (W/V) DDM, 150 MM NACL, 25 MM TRIS PH 8, 5 MM EDTA
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate
試料支持詳細: CARBON

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20 / 日付: 2011年8月31日
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 70754 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 90 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 300
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN2３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MIX OF SINGLE PARTICLE AND HELICAL RECONSTRUCTION METHODS
解像度: 24 Å / 粒子像の数: 2963 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.12 Å
詳細: THIS MODEL IS RESULT OF RIGID-BODY TRANSFORMATION OF AN EXISTING PDB MODEL, CONSTRAINED BY A 24 A RESOLUTION EM MAP AND SOME CYSTEINE-MEDIATED CROSSLINKING DATA. THEREFORE, IT DOES NOT ...詳細: THIS MODEL IS RESULT OF RIGID-BODY TRANSFORMATION OF AN EXISTING PDB MODEL, CONSTRAINED BY A 24 A RESOLUTION EM MAP AND SOME CYSTEINE-MEDIATED CROSSLINKING DATA. THEREFORE, IT DOES NOT SUPPORT ATOMISTIC INTERPRETATIONS BECAUSE OF LACK OF RESOLUTION.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--SEE PUBLICATION REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2J0O

2j0o


Accession code: 2J0O / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 0 0 1621

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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