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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jbj | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of F-actin | ||||||
要素 | Actin, alpha skeletal muscle | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / actin / cell migration / adhesion / mechanosensation / cytoskeleton | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, L.Y. / Thompson, P.M. / Lee, H.T. / Pershad, M. / Campbell, S.L. / Alushin, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016 タイトル: The Structural Basis of Actin Organization by Vinculin and Metavinculin. 著者: Laura Y Kim / Peter M Thompson / Hyunna T Lee / Mihir Pershad / Sharon L Campbell / Gregory M Alushin / 要旨: Vinculin is an essential adhesion protein that links membrane-bound integrin and cadherin receptors through their intracellular binding partners to filamentous actin, facilitating mechanotransduction. ...Vinculin is an essential adhesion protein that links membrane-bound integrin and cadherin receptors through their intracellular binding partners to filamentous actin, facilitating mechanotransduction. Here we present an 8.5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction and pseudo-atomic model of the vinculin tail (Vt) domain bound to F-actin. Upon actin engagement, the N-terminal "strap" and helix 1 are displaced from the Vt helical bundle to mediate actin bundling. We find that an analogous conformational change also occurs in the H1' helix of the tail domain of metavinculin (MVt) upon actin binding, a muscle-specific splice isoform that suppresses actin bundling by Vt. These data support a model in which metavinculin tunes the actin bundling activity of vinculin in a tissue-specific manner, providing a mechanistic framework for understanding metavinculin mutations associated with hereditary cardiomyopathies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jbj.cif.gz | 135.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jbj.ent.gz | 104.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jbj_validation.pdf.gz | 855.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jbj_full_validation.pdf.gz | 862.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3jbj_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jbj_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/3jbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/3jbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 1 / Rise per n subunits: 27.8 Å / Rotation per n subunits: -166.67 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41862.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: P68135 #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole / pH: 7 / 詳細: 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole | |||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.0125 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 200 mesh 1.2 / 1.3 C-flat | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % 詳細: 3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. The grid was blotted for 2 seconds before plunging into liquid ethane (LEICA EM GP). 手法: 3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. The grid was blotted for 2 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 20 / 日付: 2014年5月13日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 100000 X / 倍率(補正後): 137615 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification. |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1257 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: FREALIGN (per segment) | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 166.67 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: IHRSR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ピクセルサイズ(公称値): 2.18 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.18 Å / 倍率補正: catalase crystal 詳細: (Helical Details: Single model IHRSR was performed with EMAN2 / SPARX and final reconstruction with FREALIGN (fixed helical parameters).) 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--Components were initially rigid body fit using Chimera, followed by flexible fitting with MDFF. | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J8A PDB chain-ID: A / Accession code: 3J8A / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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