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- PDB-3j1q: Structure of AAV-DJ, a Retargeted Gene Therapy Vector: Cryo-Elect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j1q
タイトルStructure of AAV-DJ, a Retargeted Gene Therapy Vector: Cryo-Electron Microscopy at 4.5A resolution
要素Adeno-associated virus DJ
キーワードVIRUS / Gene therapy
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Lerch, T.F. / O'Donnell, J.K. / Meyer, N.L. / Xie, Q. / Taylor, K.A. / Stagg, S.M. / Chapman, M.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of AAV-DJ, a retargeted gene therapy vector: cryo-electron microscopy at 4.5 Å resolution.
著者: Thomas F Lerch / Jason K O'Donnell / Nancy L Meyer / Qing Xie / Kenneth A Taylor / Scott M Stagg / Michael S Chapman /
要旨: AAV-DJ, a leading candidate vector for liver gene therapy, was created through random homologous recombination followed by directed evolution, selecting for in vivo liver tropism and resistance to ...AAV-DJ, a leading candidate vector for liver gene therapy, was created through random homologous recombination followed by directed evolution, selecting for in vivo liver tropism and resistance to in vitro immune neutralization. Here, the 4.5 Å resolution cryo-EM structure is determined for the engineered AAV vector, revealing structural features that illuminate its phenotype. The heparan sulfate receptor-binding site is little changed from AAV-2, and heparin-binding affinity is similar. A loop that is antigenic in other serotypes has a unique conformation in AAV-DJ that would conflict with the binding of an AAV-2 neutralizing monoclonal antibody. This is consistent with increased resistance to neutralization by human polyclonal sera, raising the possibility that changed tropism may be a secondary effect of altered immune interactions. The reconstruction exemplifies analysis of fine structural changes and the potential of cryo-EM, in favorable cases, to characterize mutant or ligand-bound complexes.
履歴
登録2012年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5415
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5415
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adeno-associated virus DJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0081
ポリマ－82,0081
非ポリマー00
水00
1
A: Adeno-associated virus DJ
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,920,50460
ポリマ－4,920,50460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Adeno-associated virus DJ
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 410 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,0425
ポリマ－410,0425
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Adeno-associated virus DJ
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 492 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,0506
ポリマ－492,0506
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Adeno-associated virus DJ / AAV-DJ


分子量: 82008.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
株: hybrid of serotypes 2, 8 and 9 / 遺伝子: Capsid / プラスミド: pFBDDJm11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q6JC41*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus DJ / タイプ: COMPLEX
詳細: 60 subunits associate to form a T=1 icosahedral capsid
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液名称: 125 mM sodium chloride, 10 mM Tris, 1 mM magnesium chloride
pH: 7.5
詳細: 125 mM sodium chloride, 10 mM Tris, 1 mM magnesium chloride
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Sample prepared on C-flat 2um hole, 1 um spacing, 200 mesh copper grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年2月25日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER
画像スキャンデジタル画像の数: 4773
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1CNSモデルフィッティング
2RSRefモデルフィッティングRSRef embedded in CNS
3FREALIGN３次元再構成
CTF補正詳細: CTF was estimated using Appion software
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: single particle, icosahedral / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27312 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.3217 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.3217 Å
倍率補正: Magnification was calibrated against the crystal structure of a known homolog, AAV2 (1LP3)
詳細: Frealign was used for particle refinement in the reconstruction
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 30 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--simulated annealing torsion angle dynamics, isotropic B-factor refinement DETAILS--Iterative refinement in RSRef and model building in Coot
原子モデル構築PDB-ID: 1LP3

1lp3


PDB chain-ID: A / Accession code: 1LP3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4136 0 0 0 4136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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