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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wbe | ||||||
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タイトル | Kinesin-5-Tubulin Complex with AMPPNP | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / EG5 / KLP61F / KINESIN / TUBULIN / MITOSIS / KINESIN-5 / GTP-BINDING / MOTOR PROTEIN / CELL DIVISION / CELL CYCLE / MICROTUBULE / ATP-BINDING / HOMOLOGY MODEL / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / mitotic spindle microtubule / spindle elongation / microtubule bundle formation ...aster / plus-end directed microtubule sliding / fusome organization / fusome / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centrosome separation / mitotic spindle microtubule / spindle elongation / microtubule bundle formation / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / positive regulation of axon guidance / microtubule associated complex / kinesin complex / microtubule-based movement / mitotic spindle pole / Golgi organization / cytoskeletal motor activity / microtubule-based process / mitotic spindle assembly / protein secretion / mitotic spindle organization / spindle microtubule / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å | ||||||
データ登録者 | Bodey, A.J. / Kikkawa, M. / Moores, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009 タイトル: 9-Angström structure of a microtubule-bound mitotic motor. 著者: Andrew J Bodey / Masahide Kikkawa / Carolyn A Moores / 要旨: Kinesin-5 (K5) motors are important components of the microtubule (MT)-based cell division machinery and are targets for small-molecule inhibitors currently in cancer clinical trials. However, the ...Kinesin-5 (K5) motors are important components of the microtubule (MT)-based cell division machinery and are targets for small-molecule inhibitors currently in cancer clinical trials. However, the nature of the K5-MT interaction and the regulatory mechanisms that control it remain unclear. Using cryo-electron microscopy and image processing, we calculated the structure of a K5 motor bound to MTs at 9 A resolution, providing insight into this important interaction. Our reconstruction reveals the K5 motor domain in an ATP-like conformation in which MT binding induces the conserved nucleotide-sensing switch I and II loops to form a compact subdomain around the bound nucleotide. Our reconstruction also reveals a novel conformation for the K5-specific drug-binding loop 5, suggesting a possible role for it in switching K5s between force generation and diffusional modes of MT binding. Our data thus shed light on regulation of the interaction between spindle components important for chromosome segregation. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wbe.cif.gz | 247.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wbe.ent.gz | 190 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wbe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wbe_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wbe_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2wbe_validation.xml.gz | 60.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wbe_validation.cif.gz | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 50107.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P02550, UniProt: Q2HJ86*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P02554, UniProt: Q6B856*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 41911.566 Da / 分子数: 1 / Fragment: MOTOR DOMAIN WITH NECK LINKER, RESIDUES 1-368 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PET-15B-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46863 |
-非ポリマー , 5種, 6分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GTP / | #6: 化合物 | ChemComp-GDP / | #7: 化合物 | ChemComp-TA1 / | #8: 化合物 | ChemComp-ANP / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | PHOSPHOAMI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MICROTUBULE-KLP61F COMPLEX WITH AMPPNP / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 80MM PIPES, 150MM NACL, 7MM MGCL2, 1MM EGTA, 1MM BETA-MERCAPTOETHANOL pH: 6.8 詳細: 80MM PIPES, 150MM NACL, 7MM MGCL2, 1MM EGTA, 1MM BETA-MERCAPTOETHANOL |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 詳細: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3940 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1080 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 24 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Ruby-Helix / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING, WIENER | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: HELICAL PROCESSING / 解像度: 9.4 Å / ピクセルサイズ(公称値): 1.4 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.4 Å 詳細: THE KLP61F HOMOLOGY MODEL WAS GENERATED WITH MODELLER 9V1 AND THE FOLLOWING TEMPLATES - 1MKJ.PDB, 1T5C.PDB AND 2KIN.PDB 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--HOMOLOGY (KLP61F), ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY (TUBULIN) | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 9.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9.4 Å
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