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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9391 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system | ||||||||||||
![]() | Assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system | ||||||||||||
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![]() | ATPase / Type III Secretion System / ADP / hexamer / HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | ||||||||||||
![]() | Majewski DD / Worrall LJ | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the homohexameric T3SS ATPase-central stalk complex reveals rotary ATPase-like asymmetry. 著者: Dorothy D Majewski / Liam J Worrall / Chuan Hong / Claire E Atkinson / Marija Vuckovic / Nobuhiko Watanabe / Zhiheng Yu / Natalie C J Strynadka / ![]() ![]() 要旨: Many Gram-negative bacteria, including causative agents of dysentery, plague, and typhoid fever, rely on a type III secretion system - a multi-membrane spanning syringe-like apparatus - for their ...Many Gram-negative bacteria, including causative agents of dysentery, plague, and typhoid fever, rely on a type III secretion system - a multi-membrane spanning syringe-like apparatus - for their pathogenicity. The cytosolic ATPase complex of this injectisome is proposed to play an important role in energizing secretion events and substrate recognition. We present the 3.3 Å resolution cryo-EM structure of the enteropathogenic Escherichia coli ATPase EscN in complex with its central stalk EscO. The structure shows an asymmetric pore with different functional states captured in its six catalytic sites, details directly supporting a rotary catalytic mechanism analogous to that of the heterohexameric F/V-ATPases despite its homohexameric nature. Situated at the C-terminal opening of the EscN pore is one molecule of EscO, with primary interaction mediated through an electrostatic interface. The EscN-EscO structure provides significant atomic insights into how the ATPase contributes to type III secretion, including torque generation and binding of chaperone/substrate complexes. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of cen...
全体 | 名称: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO |
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要素 |
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-超分子 #1: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of cen...
超分子 | 名称: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Translocator EscN
分子 | 名称: Translocator EscN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: E2348/69 / EPEC |
分子量 | 理論値: 49.196566 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSHMISEHDS VLEKYPRIQK VLNSTVPALS LNSSTRYEGK IINIGGTIIK ARLPKARIGA FYKIEPSQRL AEVIAIDEDE VFLLPFEHV SGMYCGQWLS YQGDEFKIRV GDALLGRLID GIGRPMESNI VAPYLPFERS LYAEPPDPLL RQVIDQPFIL G VRAIDGLL ...文字列: GSHMISEHDS VLEKYPRIQK VLNSTVPALS LNSSTRYEGK IINIGGTIIK ARLPKARIGA FYKIEPSQRL AEVIAIDEDE VFLLPFEHV SGMYCGQWLS YQGDEFKIRV GDALLGRLID GIGRPMESNI VAPYLPFERS LYAEPPDPLL RQVIDQPFIL G VRAIDGLL TCGIGQRIGI FAGSGVGKST LLGMICNGAS ADIIVLALIG ERGREVNEFL ALLPQSTLSK CVLVVTTSDR PA LERMKAA FTATTIAEYF RDQGKNVLLM MDSVTRYARA ARDVGLASGE PDVRGGFPPS VFSSLPKLLE RAGPAPKGSI TAI YTVLLE SDNVNDPIGD EVRSILDGHI VLTRELAEEN HFPAIDIGLS ASRVMHNVVT SEHLRAAAEC KKLIATYKNV ELLI RIGEY TMGQDPEADK AIKNRKLIQN FIQQSTKDIS SYEKTIESLF KVVA UniProtKB: protein-secreting ATPase |
-分子 #2: EscO
分子 | 名称: EscO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: E2348/69 / EPEC |
分子量 | 理論値: 14.971122 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSHMLDRILS IRKSRANRLR ESMAKINSQI KEVDGKLDDC EQSIKESIAS KQAYCASLVN LDKVSLYKYQ IKNNAFDEQK QRLYEKKSS LSKEKRSLLD SQKRTKENLQ HVNKSVEKLS FAIKEHYFD UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ALUMINUM FLUORIDE
分子 | 名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: AF3 |
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分子量 | 理論値: 83.977 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-AF3: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.34 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 57.67 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | phenix.real_space_refine | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-6njp: |