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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8958 | |||||||||
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タイトル | Structure of AtTPC1(DDE) in state 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Green EM / Kintzer AF / Stroud RM / Cheng Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Structural basis for activation of voltage sensor domains in an ion channel TPC1. 著者: Alexander F Kintzer / Evan M Green / Pawel K Dominik / Michael Bridges / Jean-Paul Armache / Dawid Deneka / Sangwoo S Kim / Wayne Hubbell / Anthony A Kossiakoff / Yifan Cheng / Robert M Stroud / 要旨: Voltage-sensing domains (VSDs) couple changes in transmembrane electrical potential to conformational changes that regulate ion conductance through a central channel. Positively charged amino acids ...Voltage-sensing domains (VSDs) couple changes in transmembrane electrical potential to conformational changes that regulate ion conductance through a central channel. Positively charged amino acids inside each sensor cooperatively respond to changes in voltage. Our previous structure of a TPC1 channel captured an example of a resting-state VSD in an intact ion channel. To generate an activated-state VSD in the same channel we removed the luminal inhibitory Ca-binding site (Ca), which shifts voltage-dependent opening to more negative voltage and activation at 0 mV. Cryo-EM reveals two coexisting structures of the VSD, an intermediate state 1 that partially closes access to the cytoplasmic side but remains occluded on the luminal side and an intermediate activated state 2 in which the cytoplasmic solvent access to the gating charges closes, while luminal access partially opens. Activation can be thought of as moving a hydrophobic insulating region of the VSD from the external side to an alternate grouping on the internal side. This effectively moves the gating charges from the inside potential to that of the outside. Activation also requires binding of Ca to a cytoplasmic site (Ca). An X-ray structure with Ca removed and a near-atomic resolution cryo-EM structure with Ca removed define how dramatic conformational changes in the cytoplasmic domains may communicate with the VSD during activation. Together four structures provide a basis for understanding the voltage-dependent transition from resting to activated state, the tuning of VSD by thermodynamic stability, and this channel's requirement of cytoplasmic Ca ions for activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8958.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8958-v30.xml emd-8958.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8958_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8958.png | 85.7 KB | ||
その他 | emd_8958_half_map_1.map.gz emd_8958_half_map_2.map.gz | 48.5 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8958 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8958 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8958_validation.pdf.gz | 758.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8958_full_validation.pdf.gz | 757.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8958_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8958_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8958 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8958 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_8958_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_8958_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AtTPC1(DDE)
全体 | 名称: AtTPC1(DDE) |
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要素 |
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-超分子 #1: AtTPC1(DDE)
超分子 | 名称: AtTPC1(DDE) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Two pore calcium channel protein 1
分子 | 名称: Two pore calcium channel protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 84.547203 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MGGGGTDRVR R(SEP)EAI(TPO)HG(TPO)P FQKAAALVDL AEDGIGLPVE ILDQSSFGES ARYYFIFTRL DLIWSLNY F ALLFLNFFEQ PLWCEKNPKP SCKDRDYYYL GELPYLTNAE SIIYEVITLA ILLVHTFFPI SYEGSRIFWT SRLNLVKVA CVVILFVDVL ...文字列: MGGGGTDRVR R(SEP)EAI(TPO)HG(TPO)P FQKAAALVDL AEDGIGLPVE ILDQSSFGES ARYYFIFTRL DLIWSLNY F ALLFLNFFEQ PLWCEKNPKP SCKDRDYYYL GELPYLTNAE SIIYEVITLA ILLVHTFFPI SYEGSRIFWT SRLNLVKVA CVVILFVDVL VDFLYLSPLA FDFLPFRIAP YVRVIIFILS IRELRDTLVL LSGMLGTYLN ILALWMLFLL FASWIAFVMF ENTQQGLTV FTSYGATLYQ MFILFTTSNN PDVWIPAYKS SRWSSVFFVL YVLIGVYFVT NLILAVVYDS FKEQLAKQVS G MDQMKRRM LEKAFGLIDS DKNGEIDKNQ CIKLFEQLTN YRTLPKISKE EFGLIFDELD DTRDFKINKD EFADLCQAIA LR FQKEEVP SLFEHFPQIY HSALSQQLRA FVRSPNFGYA ISFILIINFI AVVVETTLNI EESSAQKPWQ VAEFVFGWIY VLE MALKIY TYGFENYWRE GANRFDFLVT WVIVIGETAT FITPDENTFF SNGQWIRYLL LARMLRLIRL LMNVQRYRAF IATF ITLIP SLMPYLGTIF CVLCIYCSIG VQVFGGLVNA GNKKLFETEL AEDDYLLFNF NDYPNGMVTL FNLLVMGNWQ VWMES YKDL TGTWWSITYF VSFYVITILL LLNLVVAFVL EAFFTELDLE EEEKCQGQDS QEKRNRRRSA GSKSRSQRVD TLLHHM LGD ELSKPECSTS DTLVPR |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-分子 #4: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | Sample reconstituted into saposin A. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-60 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3408 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 41132 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6e1n: |