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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8461 | |||||||||
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タイトル | Structure of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) from zebrafish | |||||||||
マップデータ | Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator from zebrafish | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / Kupffer's vesicle development / lymphoid lineage cell migration into thymus / Spemann organizer formation at the embryonic shield / ABC-family proteins mediated transport / regulation of neutrophil chemotaxis / Aggrephagy / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity ...RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / Kupffer's vesicle development / lymphoid lineage cell migration into thymus / Spemann organizer formation at the embryonic shield / ABC-family proteins mediated transport / regulation of neutrophil chemotaxis / Aggrephagy / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / transepithelial water transport / germ cell migration / respiratory burst involved in defense response / multicellular organismal-level water homeostasis / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / pancreas development / embryonic hemopoiesis / chloride channel activity / chloride channel complex / T cell differentiation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / chloride transmembrane transport / cellular response to forskolin / isomerase activity / recycling endosome membrane / heart development / early endosome membrane / defense response to bacterium / apical plasma membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z / Chen J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Atomic Structure of the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator. 著者: Zhe Zhang / Jue Chen / 要旨: The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) is an anion channel evolved from the ATP-binding cassette (ABC) transporter family. In this study, we determined the structure of ...The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) is an anion channel evolved from the ATP-binding cassette (ABC) transporter family. In this study, we determined the structure of zebrafish CFTR in the absence of ATP by electron cryo-microscopy to 3.7 Å resolution. Human and zebrafish CFTR share 55% sequence identity, and 42 of the 46 cystic-fibrosis-causing missense mutational sites are identical. In CFTR, we observe a large anion conduction pathway lined by numerous positively charged residues. A single gate near the extracellular surface closes the channel. The regulatory domain, dephosphorylated, is located in the intracellular opening between the two nucleotide-binding domains (NBDs), preventing NBD dimerization and channel opening. The structure also reveals why many cystic-fibrosis-causing mutations would lead to defects either in folding, ion conduction, or gating and suggests new avenues for therapeutic intervention. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8461.map.gz | 115.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8461-v30.xml emd-8461.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8461.png | 212.8 KB | ||
その他 | emd_8461_additional.map.gz | 16.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8461 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8461 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8461_validation.pdf.gz | 422.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8461_full_validation.pdf.gz | 422.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8461_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8461_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8461 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8461 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator from zebrafish | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: The original map from FREALIGN without b-factor sharpening.
ファイル | emd_8461_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | The original map from FREALIGN without b-factor sharpening. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator or ABCC7
全体 | 名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator or ABCC7 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator or ABCC7
超分子 | 名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator or ABCC7 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293S GnTI- / 組換プラスミド: pEG Bacmam |
分子量 | 実験値: 168 kDa/nm |
-分子 #1: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
分子 | 名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 3.6.3.49 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 169.605734 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MQRSPVEDAN CLSRYFFWWT NPIMRKGFKE KLRPSDVYQA PSQDAADILA ERLEKEWDRE VASGKKKPSL LRAMARCYIK PFLLFGFLL YIGEATKTVQ PQLLGRIIAS FDPAHEPERA NGYFLAFGLG LLFTARFLLL QPAMFGLHHL GMQIRIALFS I IYKKTLKL ...文字列: MQRSPVEDAN CLSRYFFWWT NPIMRKGFKE KLRPSDVYQA PSQDAADILA ERLEKEWDRE VASGKKKPSL LRAMARCYIK PFLLFGFLL YIGEATKTVQ PQLLGRIIAS FDPAHEPERA NGYFLAFGLG LLFTARFLLL QPAMFGLHHL GMQIRIALFS I IYKKTLKL SSRVLDKIST GQLVSLMSAN LGKFDQSLGM AHFIWISPLQ CILCTGLIWE LIDVNSFCAL AAISLLGVLQ AF LSHKMGP YKAQKVLLTN KRLALTSEIM ENLHSVKAYG WEEIMETLIK NIRQDEVKLT RKIGSLRYFY SSAYFFSAIF VIV AAVVPH ALSRGINLRR IFTTLSYCMV LRMTVTRQLP GSIQMWYDTM RLIWKIEEFL SKEEYKLMEY DLSITELELQ DVTA SWDEG PGELLERIKQ ENKANGHHNG DAGLFFTNLY VAPVLKDISL KLKKGEMLAV TGSMGSGKSS LLMTILGELV PSSGK IRHS GRISYSSQTA WIMPGTIRDN ILFGLTYDEY RYKSVVKACQ LEEDLAALPE KDKTPMAEGG LNLSGGQKAR VALARA VYR DADLYLLDAP FTHLDIATEK EIFDKCLCKL MASKTRILVT NKIEHLKRAD KILLLHNGES FFYGTFPELQ SERPDFS SL LLGLEAYDNI SAERRSSILT ETLHRVSVDE SAGMQPERSA FRQVPPTKPM YIDERKASVI VNPLGVARKA SFIQVPEE E VRRTLPDRKF SLVPENELVD ESFMGSDVYH NHGVHMAGQR RQSVLAFMTN AQGQGRREHL QSSFRRRLSV VPQSELASE LDIYTRRLSD STYDMTGILE EENIEACLTD EIDEIEETFE TTKWNTYVRY VSNNKSLLYV LIFILFIAAI EIAGSVAGIF LITDELWRE EHQRSEPNMT KHSNASSSGQ TYAITVTPTS SYYILYIYVA TSESLLAMGF FRGLPFVHTT ITISKKLHQK M LHAVLSAP MSVLNTMKTG RIMNRFTKDM ATIDDMLPLL MFDFVQLTVV VVGCILVVSI VRPYIFLAAT PLAIIFIVMR KY FLRTGQQ LKQLETEARS PIFSHLIMSL KGLWTIRAFE RQAYFEALFH KTLNTHTATW FLYLSTLRWF LFRADILFVF FFT LAAWIA VGTNQDKPGE IGIIICLAML ILGTFQWCVA TSIAVDGMMR SVDRVFKFID LPSETPKPDK GKDSDLIIEN VDAQ ADSSW PHRGQIEVRN LTVKYTEAGH AVLKNLSFSA EGRQRVGILG RTGSGKSSLF NALLKLVYTD GEISIDGVNW NKMPL QKWR KAFGVVPQKV FIFTGPLRMN LDPYGCHSDE ELWRVAEEVG LKTVIEQFPD KLDFQLEYGG YVLSNGHKQL ICLARS ILS GARILLLDEP SAHLDPVTIK VLKKTLRQSF STCTILLSEH KVEPLLECQS FLMMDKGQVK TYDSIQKLLN ETSHLKQ AI SPAERLKLFP RRNSSMRTPQ SKLSSVTQTL QEEAEDNIQD TRLSNSLEVL FQ |
-分子 #2: DECANE
分子 | 名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: D10 |
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分子量 | 理論値: 142.282 Da |
Chemical component information | ChemComp-D10: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5700 / 平均露光時間: 0.14 sec. / 平均電子線量: 1.54 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59524 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |