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- PDB-5jqu: Crystal structure of Cytochrome P450 BM3 heme domain G265F/T269V/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jqu
タイトルCrystal structure of Cytochrome P450 BM3 heme domain G265F/T269V/L272W/L322I/F405M/A406S (WIVS-FM) variant with iron(III) deuteroporphyrin IX bound
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 BM3 / iron(III) deuteroporphyrin IX
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.162 Å
データ登録者Reynolds, E.W. / McHenry, M.W. / Cannac, F. / Gober, J.G. / Snow, C.D. / Brustad, E.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects AgencyD13AP00024 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE1144081 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: An Evolved Orthogonal Enzyme/Cofactor Pair.
著者: Reynolds, E.W. / McHenry, M.W. / Cannac, F. / Gober, J.G. / Snow, C.D. / Brustad, E.M.
履歴
登録2016年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
E: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
F: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
G: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
H: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,30416
ポリマ－432,7898
非ポリマー4,5158
水21,5461196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19510 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area140530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.057, 166.299, 229.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 and (name N or name...
21(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...
31(chain C and ((resid 3 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 3 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 3 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 3 and (name N or name...
71(chain G and ((resid 3 and (name N or name...
81(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 3 and (name N or name...A0
211(chain B and (resseq 3 or (resid 4 and (name...B0
311(chain C and ((resid 3 and (name N or name...C0
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421(chain D and ((resid 3 and (name N or name...D1 - 455
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451(chain D and ((resid 3 and (name N or name...D1 - 455
511(chain E and ((resid 3 and (name N or name...E0
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711(chain G and ((resid 3 and (name N or name...G0
811(chain H and (resseq 3 or (resid 4 and (name...H0

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 54098.574 Da / 分子数: 8 / 断片: heme domain, residues 2-456 / 変異: G265F,T269V,L272W,L322I,F405M,A406S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (strain ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512) (バクテリア)
株: ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物
ChemComp-FDE / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX


分子量: 564.413 Da / 分子数: 8 / 断片: iron(III) deuteroporphyrin IX / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.25 M MgCl2, 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→28.85 Å / Num. obs: 213435 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IJ2

2ij2


解像度: 2.162→28.848 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 42.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3335 2000 0.94 %
Rwork0.2584 211435 -
obs0.2591 213435 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.21 Å2 / Biso mean: 15.4318 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.162→28.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28392 0 312 1196 29900
Biso mean--7.6 10.82 -
残基数----3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01129475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24740104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.70717713
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
12B14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
13C14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
14D14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
15E14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
16F14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
17G14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
18H14576X-RAY DIFFRACTION13.656TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1625-2.21650.44271420.3911149851512799
2.2165-2.27640.4641380.4078146021474097
2.2764-2.34340.37221420.3694150531519599
2.3434-2.4190.37651420.3399150101515299
2.419-2.50540.40481420.3388150271516999
2.5054-2.60570.38431440.3327150881523299
2.6057-2.72420.40351400.3155148651500598
2.7242-2.86770.35981430.2878151281527199
2.8677-3.04710.37331430.2762151031524699
3.0471-3.28210.34971430.248151941533799
3.2821-3.61180.31861430.2103150651520898
3.6118-4.13320.27641430.1806151181526198
4.1332-5.20240.22771460.15841544915595100
5.2024-28.85050.25491490.1685157481589799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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