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- EMDB-8246: Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8246
タイトルStructural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution
マップデータ53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome
試料
  • 複合体: NCP-ubme/GST-53BP1 complex
    • 複合体: NCP-ubme
      • 複合体: Widom-601 DNA
        • DNA: DNA (145-MER)
        • DNA: DNA (145-MER)
      • 複合体: Ubiquitylated methylated histone octamer
        • 複合体: Histone H4kc20Me2
          • タンパク質・ペプチド: Histone H4
        • 複合体: Histone H3
          • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
        • 複合体: Histone H2B.1
          • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
        • 複合体: Histone H2A.1 K13RK36R
          • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
        • 複合体: Ubiquitin
    • 複合体: GST-53BP1
      • タンパク質・ペプチド: Tumor suppressor p53-binding protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / DNA repair complex / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule ...ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / DNA repair complex / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / telomeric DNA binding / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / heterochromatin organization / Packaging Of Telomere Ends / regulation of proteasomal protein catabolic process / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Maturation of protein E / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Maturation of protein E / nucleosomal DNA binding / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Inhibition of DNA recombination at telomere / methylated histone binding / Meiotic synapsis / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / histone reader activity / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / DNA methylation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / neuron projection morphogenesis / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Condensation of Prophase Chromosomes / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / regulation of mitochondrial membrane potential / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa
類似検索 - 分子機能
: / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / : / : / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily ...: / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / : / : / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein L2, domain 2 / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TP53-binding protein 1 / Histone H2A type 1 / Polyubiquitin-B / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H3.2 / TP53-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種unclassified (unknown) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å
データ登録者Benlekbir S / Wilson MD / Sicheri F / Rubinstein JL / Durocher D
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN143343 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN143277 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP81294 カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: The structural basis of modified nucleosome recognition by 53BP1.
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) elicit a histone modification cascade that controls DNA repair. This pathway involves the sequential ubiquitination of histones H1 and H2A by the E3 ubiquitin ligases ...DNA double-strand breaks (DSBs) elicit a histone modification cascade that controls DNA repair. This pathway involves the sequential ubiquitination of histones H1 and H2A by the E3 ubiquitin ligases RNF8 and RNF168, respectively. RNF168 ubiquitinates H2A on lysine 13 and lysine 15 (refs 7, 8) (yielding H2AK13ub and H2AK15ub, respectively), an event that triggers the recruitment of 53BP1 (also known as TP53BP1) to chromatin flanking DSBs. 53BP1 binds specifically to H2AK15ub-containing nucleosomes through a peptide segment termed the ubiquitination-dependent recruitment motif (UDR), which requires the simultaneous engagement of histone H4 lysine 20 dimethylation (H4K20me2) by its tandem Tudor domain. How 53BP1 interacts with these two histone marks in the nucleosomal context, how it recognizes ubiquitin, and how it discriminates between H2AK13ub and H2AK15ub is unknown. Here we present the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structure of a dimerized human 53BP1 fragment bound to a H4K20me2-containing and H2AK15ub-containing nucleosome core particle (NCP-ubme) at 4.5 Å resolution. The structure reveals that H4K20me2 and H2AK15ub recognition involves intimate contacts with multiple nucleosomal elements including the acidic patch. Ubiquitin recognition by 53BP1 is unusual and involves the sandwiching of the UDR segment between ubiquitin and the NCP surface. The selectivity for H2AK15ub is imparted by two arginine fingers in the H2A amino-terminal tail, which straddle the nucleosomal DNA and serve to position ubiquitin over the NCP-bound UDR segment. The structure of the complex between NCP-ubme and 53BP1 reveals the basis of 53BP1 recruitment to DSB sites and illuminates how combinations of histone marks and nucleosomal elements cooperate to produce highly specific chromatin responses, such as those elicited following chromosome breaks.
履歴
登録2016年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月27日-
マップ公開2016年7月27日-
更新2020年1月15日-
現状2020年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5kgf
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8246.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.08742182 - 0.17725106
平均 (標準偏差)0.0013958213 (±0.012893648)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 185.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z185.600185.600185.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0870.1770.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NCP-ubme/GST-53BP1 complex

全体名称: NCP-ubme/GST-53BP1 complex
要素
  • 複合体: NCP-ubme/GST-53BP1 complex
    • 複合体: NCP-ubme
      • 複合体: Widom-601 DNA
        • DNA: DNA (145-MER)
        • DNA: DNA (145-MER)
      • 複合体: Ubiquitylated methylated histone octamer
        • 複合体: Histone H4kc20Me2
          • タンパク質・ペプチド: Histone H4
        • 複合体: Histone H3
          • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
        • 複合体: Histone H2B.1
          • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
        • 複合体: Histone H2A.1 K13RK36R
          • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
        • 複合体: Ubiquitin
    • 複合体: GST-53BP1
      • タンパク質・ペプチド: Tumor suppressor p53-binding protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin

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超分子 #1: NCP-ubme/GST-53BP1 complex

超分子名称: NCP-ubme/GST-53BP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Single-particle electrocryomicroscopy structure of Tandem Tudor domain and UDR region of human 53BP1 bound to a recombinant ubiquitylated and methylated nucleosome core particle
分子量実験値: 318 KDa

+
超分子 #2: NCP-ubme

超分子名称: NCP-ubme / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #9
詳細: Modified nucleosome core particle, H2A enzymatically ubiquitylated on H2A K15, H4 chemically alkylated at K20C to create dimethyl lysine analog
由来(天然)生物種: unclassified (unknown)
分子量理論値: 226 KDa

+
超分子 #3: Widom-601 DNA

超分子名称: Widom-601 DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #5-#6
詳細: 145 bp fragment of Widom-601 strong nuclesome positioning sequence, gift from Curt Davey (Vasudevan et. al, 2010, J.Mol.Biol.)
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pUC57-8x145bp
分子量理論値: 882.31 KDa

+
超分子 #4: GST-53BP1

超分子名称: GST-53BP1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
詳細: 53BP1 Tandem Tudor domain and ubiquitin dependent recruitment region, artificially dimerized with Gluthaione-S-transferase (GST, not visible in structure)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDD2621
分子量実験値: 89.2 KDa

+
超分子 #5: Ubiquitylated methylated histone octamer

超分子名称: Ubiquitylated methylated histone octamer / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1-#4, #9
由来(天然)生物種: unclassified (unknown)
分子量理論値: 138 KDa

+
超分子 #6: Histone H4kc20Me2

超分子名称: Histone H4kc20Me2 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Dimethylated at position 20
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDD2349

+
超分子 #7: Histone H3

超分子名称: Histone H3 / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDD1874

+
超分子 #8: Histone H2B.1

超分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDD2644

+
超分子 #9: Histone H2A.1 K13RK36R

超分子名称: Histone H2A.1 K13RK36R / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #3
詳細: Crosslinked at H2AK15 to ubiquitin at ub G76 (isopeptide bond)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDD2647

+
超分子 #10: Ubiquitin

超分子名称: Ubiquitin / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #9 / 詳細: Crosslinked to H2A K15 (isopeptide bond)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDD2528

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.421101 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: cysteine alkylation at position 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.439511 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR (M2L)VLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEH AKR KTVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Isopeptide amide crosslink between K15 of H2A and G76 of ubiquitin
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.163539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARARAKSRSS RAGLQFPVGR VHRLLRRGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG KVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

+
分子 #4: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.937213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

+
分子 #7: Tumor suppressor p53-binding protein 1

分子名称: Tumor suppressor p53-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: full protein not modeled / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.376757 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LTKAADISLD NLVEGKRKRR S

+
分子 #8: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

+
分子 #5: DNA (145-MER)

分子名称: DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.520383 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG) (DA)(DT)

+
分子 #6: DNA (145-MER)

分子名称: DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.99166 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG) (DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
30.0 mMKClpotassium chloride
0.5 mMEDTA
1.0 mMDTT

詳細: High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
グリッドモデル: electron micrsocopy sciences / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 319 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 倍率（補正後）: 34483 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 174185
詳細: Automatically picked from roughly 3000 particles using a manually picked template
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1kx5


詳細: Resized to the same pixel size as the data and low-pass filtered to 40 Angstrom resolution
最終 再構成使用したクラス数: 9 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 45361
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細The atomic models of Widom-601 DNA (PDB ID 3LZ0), octameric histones (PDB ID 1KX5), ubiquitin (PDB ID 1UBI), and H4K20me2/53BP1 tandem Tudor domain (PDB ID 2IG0) were fitted without allowing flexibility into the 3D maps using UCSF Chimera. Segmentation was performed in UCSF Chimera. For the NCP-ubme structure the ubiquitin segmentation was further modified to remove obvious NCP density from the ubiquitin segment. The H2A/H2B sequence was mutated to the human H2AK13R/K36R and H2B manually in UCSF Chimera. A polyalanine model of the UDR was built within the UDR density in Coot, which compared well to predicted structures generated by Rosetta. The UDR model was mutated and fitted using UCSF Chimera, followed by iterative rounds of real-space refinement in PHENIX and model optimization in Coot. All figures were prepared in UCSF Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 207.5
得られたモデル

PDB-5kgf:
Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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