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- EMDB-8124: Structure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8124
タイトルStructure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the cricket paralysis virus IRES.
マップデータNone
試料
  • 複合体: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the Cricket paralysis virus IRES
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードIRES / ribosome / small / subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e ...: / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p ...Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / RPS23 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lacti (酵母) / Kluyveromyces lactis (酵母) / Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Murray J / Savva CG
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
National Institutes of HealthIntramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES.
著者: Jason Murray / Christos G Savva / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / V Ramakrishnan / Israel S Fernández /
要旨: Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps ...Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps before the first peptidyl transfer are essential for the initiation of translation by these mRNAs. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM) we have structurally characterized at high resolution how the Cricket Paralysis Virus Internal Ribosomal Entry Site (CrPV-IRES) binds the small ribosomal subunit (40S) and the translocation intermediate stabilized by elongation factor 2 (eEF2). The CrPV-IRES restricts tvhe otherwise flexible 40S head to a conformation compatible with binding the large ribosomal subunit (60S). Once the 60S is recruited, the binary CrPV-IRES/80S complex oscillates between canonical and rotated states (Fernández et al., 2014; Koh et al., 2014), as seen for pre-translocation complexes with tRNAs. Elongation factor eEF2 with a GTP analog stabilizes the ribosome-IRES complex in a rotated state with an extra ~3 degrees of rotation. Key residues in domain IV of eEF2 interact with pseudoknot I (PKI) of the CrPV-IRES stabilizing it in a conformation reminiscent of a hybrid tRNA state. The structure explains how diphthamide, a eukaryotic and archaeal specific post-translational modification of a histidine residue of eEF2, is involved in translocation.
履歴
登録2016年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月18日-
マップ公開2016年5月18日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5it9
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8124.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.64123625 - 0.9734524
平均 (標準偏差)-0.000094434596 (±0.041961007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 375.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.200375.200375.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.6410.973-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8124_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

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マスク #2

ファイルemd_8124_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: None

ファイルemd_8124_additional_1.map
注釈None
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軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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追加マップ: None

ファイルemd_8124_additional_2.map
注釈None
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ハーフマップ: None

ファイルemd_8124_half_map_1.map
注釈None
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試料の構成要素

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全体 : Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the ...

全体名称: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the Cricket paralysis virus IRES
要素
  • 複合体: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the Cricket paralysis virus IRES
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS10
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS12
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS26
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS30
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS31
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein RACK1
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • RNA: Cricket paralysis virus IRES RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the ...

超分子名称: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the Cricket paralysis virus IRES
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lacti (酵母)
分子量理論値: 2 MDa

+
分子 #1: Ribosomal protein uS2

分子名称: Ribosomal protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 22.882172 KDa
配列文字列: SLPSTFDLTS EDAQLLLAAR VHLGAKNVQV HQEPYVYKAR PDGVNVINVG KTWEKIVLAA RIIAAIPNPE DVVAISSRTY GQRAVLKYA AHTGATPIAG RFTPGSFTNY ITRSFKEPRL VIVTDPRSDA QAIKESSYVN IPVIALTDLD SPSEYVDVAI P CNNRGKHS ...文字列:
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #2: Ribosomal protein eS1

分子名称: Ribosomal protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 24.488287 KDa
配列文字列: VVDPFTRKEW YDIKAPSTFE NRNVGKTLVN KSVGLKNASD SLKGRVVEVC LADLQGSEDH SFRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTD KLRSMVRKWQ TLIEANVTVK TSDDYVLRIF AIAFTRKQAN QVKRTSYAQS SHIRQIRKVI SEILTREVQN S TLAQLTSK ...文字列:
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #3: Ribosomal protein uS5

分子名称: Ribosomal protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 23.162922 KDa
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UniProtKB: KLLA0F09812p

+
分子 #4: Ribosomal protein uS3

分子名称: Ribosomal protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 24.830895 KDa
配列文字列: AIISKKRKLV ADGVFYAELN EFFTRELAEE GYSGVEVRVT PTKTEIIIRA TKVQDVVGEN GRRINELTLL IEKRFKYKRG TIALYAERV HDRGLSAVAQ AESMKFKLLN GLAIRRAAYG VVRYVMESGA KGCEVVISGK LRAARAKSMK FADGFLIHSG Q PVNDFIET ...文字列:
AIISKKRKLV ADGVFYAELN EFFTRELAEE GYSGVEVRVT PTKTEIIIRA TKVQDVVGEN GRRINELTLL IEKRFKYKRG TIALYAERV HDRGLSAVAQ AESMKFKLLN GLAIRRAAYG VVRYVMESGA KGCEVVISGK LRAARAKSMK FADGFLIHSG Q PVNDFIET ATRHVLLRQG VLGIKVKIMK DPSRNTSGPK ALPDAVTIIE PKEEEPVLEP SVKDY

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3

+
分子 #5: Ribosomal protein eS4

分子名称: Ribosomal protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 29.486312 KDa
配列文字列: ARGPKKHLKR LAAPHHWMLD KLSGCYAPRP SAGPHKLRES LPLIVFLRNR LKYALNGREV KAILMQRHVK VDGKVRTDTT FPAGFMDVI TLEATNENFR LVYDVKGRFA VHRITDEEAS YKLAKVKKVQ LGKKGIPYVV THDGRTIRYP DPNIKVNDTV K VDLATGTI ...文字列:
ARGPKKHLKR LAAPHHWMLD KLSGCYAPRP SAGPHKLRES LPLIVFLRNR LKYALNGREV KAILMQRHVK VDGKVRTDTT FPAGFMDVI TLEATNENFR LVYDVKGRFA VHRITDEEAS YKLAKVKKVQ LGKKGIPYVV THDGRTIRYP DPNIKVNDTV K VDLATGTI TDFIKFDTGK LVYVTGGRNL GRVGTIVHRE RHEGGFDLVH IKDSLENTFV TRLNNVFVIG EPGRPWISLP KG KGIKLTI SEERDRRRAQ HGL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #6: Ribosomal protein uS7

分子名称: Ribosomal protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 22.912369 KDa
配列文字列: FVPVELATTI PVEIQQAQQE IKLFNKWSFE DVEVKDASLV DYIQISKPIY VAHTAGRYAN KRFRKAQCPI VERLTNSLMM NGRNNGKKL KAVRIVKHTL EIINVLTDQN PLQVVVDAII NSGPREDTTR VGGGGAARRQ AVDVSPLRRV NQSIALLTIG A REAAFRNI ...文字列:
FVPVELATTI PVEIQQAQQE IKLFNKWSFE DVEVKDASLV DYIQISKPIY VAHTAGRYAN KRFRKAQCPI VERLTNSLMM NGRNNGKKL KAVRIVKHTL EIINVLTDQN PLQVVVDAII NSGPREDTTR VGGGGAARRQ AVDVSPLRRV NQSIALLTIG A REAAFRNI KTIAETLAEE LINAAKGSST SYAIKKKDEL ERVAKSNR

UniProtKB: KLLA0D10659p

+
分子 #7: Ribosomal protein eS6

分子名称: Ribosomal protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 25.810977 KDa
配列文字列: MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS ...文字列:
MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR QQKSLKIKNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #8: Ribosomal protein eS7

分子名称: Ribosomal protein eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 21.03357 KDa
配列文字列:
PQAKILSQAP TELELQVAQA FIDLENNSPE LKADLRALQF KSIREIEVAG GKKALAVFVP VPSLAAYHKV QIKLTRELEK KFQDRHVIF LAERRILPKP SRKSRQTQKR PRSRTLTAVH DKILEDLVFP TEIVGKRVRY LVGGNKIQKI LLNSKDVQHI D NKLESFQA VYNKLTGKQI VFEIPS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #9: Ribosomal protein eS8

分子名称: Ribosomal protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 22.511531 KDa
配列文字列: GISRDSRHKR AATGAKRAQF RKKRKFELGR QAANTKIGTK RIHPVRTRGG NQKFRALRIE TGNFSWASEG VARKTRITGV VYHPSNNEL VRTNTLTKAA IVQIDATPFR QWYESHYGQS LGKKKNTKAE EETATTSKNT ERKWAARAAE AKIEHAVDSQ F GAGRLYAA ...文字列:
GISRDSRHKR AATGAKRAQF RKKRKFELGR QAANTKIGTK RIHPVRTRGG NQKFRALRIE TGNFSWASEG VARKTRITGV VYHPSNNEL VRTNTLTKAA IVQIDATPFR QWYESHYGQS LGKKKNTKAE EETATTSKNT ERKWAARAAE AKIEHAVDSQ F GAGRLYAA ISSRPGQSGR CDGYILEGEE LAFYLRRLTA KK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #10: Ribosomal protein uS4

分子名称: Ribosomal protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 20.882344 KDa
配列文字列:
PRAPRTYSKT YSTPKRPYES ARLDAELKLA GEYGLKNKRE IYRISFQLSK IRRAARDLLT RDEKDPKRLF EGNALIRRLV RIGVLSEDK KKLDYVLALK VEDFLERRLQ TQVYKLGLAK SVHHARVLIS QRHIAVGKQI VNIPSFMVRL ESEKHIDFAR T SPFGGARP GRVARKRAAA AGGE

UniProtKB: KLLA0E23673p

+
分子 #11: Ribosomal protein eS10

分子名称: Ribosomal protein eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 11.423085 KDa
配列文字列:
MLIPKEDRKK IYQHLFQEGV LVAKKDFNQP KHEEIDTKNL FVIKALQSLT SKGFVKTQFS WQYYYYTLTE EGVVYLREYL NLPEHIFPA TYLAGQS

UniProtKB: KLLA0B08173p

+
分子 #12: Ribosomal protein uS17

分子名称: Ribosomal protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 17.712734 KDa
配列文字列:
STELTVQSER AFQKQPHIFT NPKAKANRKT KRWYKNVGLG FKTPKTAIEG SYIDKKCPFT GLVSIRGKIL TGTVVSTRMH RTIVIRRDY LHYVPKYNRY EKRHKNVPAH VSPAFRVQVG DIVTVGQCRP ISKTVRFNVL KVASATGKAN KQFAKF

UniProtKB: KLLA0A10483p

+
分子 #13: Ribosomal protein eS12

分子名称: Ribosomal protein eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 13.124912 KDa
配列文字列:
AELTIEDALK VVLRTSLVHD GLARGLRESA KALTRGEGQL AVLVESVTEE AISKLVQGLA TENNVPLIKV ADAKQLGEWA GLGKIDRDG NARKVVGASV VVVKNWGADT QEREILLEHF SQQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S12

+
分子 #14: Ribosomal protein uS15

分子名称: Ribosomal protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 16.858678 KDa
配列文字列:
GRMHSKGKGM SSSAIPYSRN APAWFKGSSD GVVEQIIKYA RKGLTPSQIG VLLRDAHGVT QAKVITGNKI LRILKSNGLA PEIPEDLYF LIKKAVSVRK HLERNRKDKD AKFRLILIES RIHRLARYYR TVSVLPPNWK YESATASALV N

UniProtKB: KLLA0F18040p

+
分子 #15: Ribosomal protein uS14

分子名称: Ribosomal protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 13.458439 KDa
配列文字列:
SQVFGVARIF ASFNDTFVHV TDLSGRETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH IKIRATGGTR SKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #16: Ribosomal protein uS19

分子名称: Ribosomal protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 14.055573 KDa
配列文字列:
RKRSFKTYSY KGVDLEKLLE MPTEDFVKLA PARVRRKFAR GLSEKPAGLM KKLRAAKLSA PENEKPAVVR THLRNMIIVP EMIGSVVGV YNGKVFNQVE IRPEMVGHYL GEFSITYTPV RHGR

UniProtKB: KLLA0F07843p

+
分子 #17: Ribosomal protein uS9

分子名称: Ribosomal protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 15.656257 KDa
配列文字列:
TVPSVQTFGK KKSATAVAHV KAGKGLIKVN GSPITLVQPE ILRFKVYEPL LLVGLDKFAN IDIRVKVTGG GHVSQVYAIR QAIAKGLVA YHQKFVDEQS KNELKKAFTS YDRTLLIADS RRPEPKKFGG RGARSRFQKS YR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #18: Ribosomal protein eS17

分子名称: Ribosomal protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 14.72898 KDa
配列文字列:
GRVRTKTVKR ASKALIEKYY PKLTMDFQTN KRLCDEIATI QSKRLRNKIA GYTTHLMKRI QKGPVRGISF KLQEEERERK DQYVPDVSA LDLSHSNDVL NVDTQTAELV NSLGLKLPLS VSSVSAVRDR

UniProtKB: KLLA0B01474p

+
分子 #19: Ribosomal protein uS13

分子名称: Ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 16.953404 KDa
配列文字列:
SLVVQEQGSF QHILRLLNTN VDGNINVVYA LTTIRGVGRR YANLVCKKAD VDLHKRAGEL TQEELERIVQ IMQNPTHYKI PAWFLNRQK DVNDGKDYHS LANNLESKLR DDLERLKKIR SHRGIRHFWG LRVRGQHTKT TGRRRA

UniProtKB: KLLA0B01562p

+
分子 #20: Ribosomal protein eS19

分子名称: Ribosomal protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 15.747814 KDa
配列文字列:
PGVSVRDVPA QDFINNYASF LQRQGKLEVP GYVDIVKTSA GNELPPQDSE GWFYKRAASV ARHIYLRKQV GVGKLNKLYG GAKNRGVRP HKHVDASGSI NRKVLQSLEK LGVVEISPKG GRRISDNGLR DLDRIAAATL EDEE

UniProtKB: KLLA0A07194p

+
分子 #21: Ribosomal protein uS10

分子名称: Ribosomal protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 12.032146 KDa
配列文字列:
QEVVIHKIRI NLTSTKVKQL ENVSANIIKN AETFKLVKKG PVRLPTKVLK ISTRKTPNGE GSKTWDTYEM RIHKRYIDLE APAHIVKRI TQITIEPGVD VEVIIAA

UniProtKB: KLLA0F25542p

+
分子 #22: Ribosomal protein eS21

分子名称: Ribosomal protein eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 9.797949 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKAKDHS SVQINIAQVD EEGRAIPGEY VTYALSGYIR ARGEADDSLN RLAQQDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #23: Ribosomal protein uS8

分子名称: Ribosomal protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 14.513846 KDa
配列文字列:
TRTSVLADAL NAINNAEKTG KRQVLIRPSS KVIIKFLQVM QKHGYIGEFE YIDDHRSGKI VVQLNGRLNK CGVISPRFNV KIADVEKWT ANLLPARQFG YVILTTSAGI MDHEEAHRKH VSGKILGFVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #24: Ribosomal protein uS21

分子名称: Ribosomal protein uS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 16.047897 KDa
配列文字列:
MGKGKPRGLN SARKLRVHRR NNRWAETTYK KRLLGTAFKS SPFGGSSHAK GIVLEKIGIE SKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VSLLALWKEK KEKPRS

UniProtKB: RPS23

+
分子 #25: Ribosomal protein eS24

分子名称: Ribosomal protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 15.063354 KDa
配列文字列:
SDAITIRTRK VISNPLLARK QFVVDVLHPN RANVSKDELR EKLAEAYKAE KDAVSVFGFR TQYGGGKSTG FGLVYNSVAD AKKFEPAYR LVRYGLAEKV EKASRQQRKQ RKNRGKKIFG TGKSIAKKAA RRNAD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #26: Ribosomal protein eS25

分子名称: Ribosomal protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 7.939246 KDa
配列文字列:
AKHAVVLDQD KFDRIMKEAP TYRYVSVSVL VDRFKLGGSL ARVALRHLEN EGIIKPVSKH SKQAIYTRAT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #27: Ribosomal protein eS26

分子名称: Ribosomal protein eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 11.454568 KDa
配列文字列:
MPKKRASNGR NKKGRGHVKP VRCVNCSRSV PKDKAIKRMA IRNIVEAAAI RDLSEASVYA EYALPKTYNK LHYCISCAIH ARIVRVRSR TDRRIRAPPQ R

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #28: Ribosomal protein eS27

分子名称: Ribosomal protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 8.884362 KDa
配列文字列:
MVLVQDLLHP TAASEARKHK LKTLVQSPRS HFLDVKCPGC LNITTVFSHA QTAVTCESCS TVLCTPTGGK AKLSEGTSFR RK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #29: Ribosomal protein eS28

分子名称: Ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 7.073256 KDa
配列文字列:
TPVTLAKVIK VLGRTGSRGG VTQVRVEFLE DTTRTIVRNV KGPVREGDIL VLMESEREAR RLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #30: Ribosomal protein eS29

分子名称: Ribosomal protein eS29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 6.322149 KDa
配列文字列:
ENVWYSHPRK FGKGSRQCRI SGSHSGLIRK YGLNIDRQSF REKANDIGFY KYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #31: Ribosomal protein eS30

分子名称: Ribosomal protein eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 6.329429 KDa
配列文字列:
ARAGKVKSQT PKVEKQEKPK QPKGRAYKRL LYTRRFVNVT LTNGKRKMNP SPSSQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #32: Ribosomal protein eS31

分子名称: Ribosomal protein eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 7.958424 KDa
配列文字列:
KKVYTTPKKI RHKHKKVKLA VLNYYKVDDE GKVAKLRKEC PNCGPGIFLA NHGDRFYCGK CHSTFATQK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #33: Ribosomal protein RACK1

分子名称: Ribosomal protein RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 35.612676 KDa
配列文字列: SSNIMLVLRG TLEGHNGWVT SLSTSAAQPN LLVSGSRDKT LISWRLTENE QQFGVPVRSY KGHSHIVQDV VVSADGNYAV SASWDKTLR LWNLATGNSE ARFVGHTGDV LSVAIDANSS KIISASRDKT IRVWNTVGDC AYVLLGHTDW VTKVRVAPKN L EDGEVDDG ...文字列:
SSNIMLVLRG TLEGHNGWVT SLSTSAAQPN LLVSGSRDKT LISWRLTENE QQFGVPVRSY KGHSHIVQDV VVSADGNYAV SASWDKTLR LWNLATGNSE ARFVGHTGDV LSVAIDANSS KIISASRDKT IRVWNTVGDC AYVLLGHTDW VTKVRVAPKN L EDGEVDDG RITFVSAGMD KIVRSWSLNE DSYRIEADFI GHNNYINVVQ PSPDGSLAAS AGKDGQIYVW NLKHKSAFMN FD AKDEVFA LAFSPSRFWL TAATASGIKI YDLENEVLID ELKPEFAGYT KAQDPHAVSL AWSADGQTLF AGYTDNVIRV WQV MTAN

UniProtKB: KLLA0E12277p

+
分子 #34: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 573.508938 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAAUUC U AGAGCUAA ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAAUUC U AGAGCUAA UACAUGCUUA AAAUCUCGAC CCUUUGGAAG AGAUGUAUUU AUUAGAUAAA AAAUCAAUGU CUUCGGACUC CU UGAUGAU UCAUAAUAAC UUUUCGAAUC GCAUGGCCUU GUGCUGGCGA UGGUUCAUUC AAAUUUCUGC CCUAUCAACU UUC GAUGGU AGGAUAGUGG CCUACCAUGG UUUCAACGGG UAACGGGGAA UAAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAA CGGCU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGCA AAUUACCCAA UCCUAAUUCA GGGAGGUAGU GACAAUAAAU AACGA UACA GGGCCCAUUC GGGUCUUGUA AUUGGAAUGA GUACAAUGUA AAUACCUUAA CGAGGAACAA CUGGAGGGCA AGUCUG GUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCAGUA GCGUAUAUUA AAGUUGUUGC AGUUAAAAAG CUCGUAGUUG AACUUUG GG UCUGGUUGUC CGGUCGGUUU UUCAACCGGA UCUUUCCUUC UGGCUAACCU GUACUCCUUG UGGGUGCAGG CGAACCAG G ACUUUUACUU UGAAAAAAUU AGAGUGUUCA AAGCAGGCGA AAGCUCGAAU AUAUUAGCAU GGAAUAAUGG AAUAGGACG UUUGGUUCUA UUUUGUUGGU UUCUAGGACC AUCGUAAUGA UUAAUAGGGA CGGUCGGGGG CAUCAGUAUU CAAUUGUCAG AGGUGAAAU UCUUGGAUUU AUUGAAGACU AACUACUGCG AAAGCAUUUG CCAAGGACGU UUUCAUUAAU CAAGAACGAA A GUUAGGGG AUCGAAGAUG AUCAGAUACC GUCGUAGUCU UAACCAUAAA CUAUGCCGAC UAGGGAUCGG GUGGUGUUUU UC UUAUGAC CCACUCGGCA CCUUACGAGA AAUCAAAGUC UUUGGGUUCU GGGGGGAGUA UGGUCGCAAG GCUGAAACUU AAA GGAAUU GACGGAAGGG CACCACCAGG AGUGGAGCCU GCGGCUUAAU UUGACUCAAC ACGGGGAAAC UCACCAGGUC CAGA CACAA UAAGGAUUGA CAGAUUGAGA GCUCUUUCUU GAUUUUGUGG GUGGUGGUGC AUGGCCGUUC UUAGUUGGUG GAGUG AUUU GUCUGCUUAA UUGCGAUAAC GAACGAGACC UUAACCUACU AAAUAGGGUU GCUGGCACUU GCCGGUUGAC UCUUCU UAG AGGGACUAUC GGUUUCAAGC CGAUGGAAGU UUGAGGCAAU AACAGGUCUG UGAUGCCCUU AGACGUUCUG GGCCGCA CG CGCGCUACAC UGACGGAGCC AGCGAGUACA ACCUUGGCCG AGAGGUCUGG GUAAUCUUGU GAAACUCCGU CGUGCUGG G GAUAGAGCAU UGUAAUUAUU GCUCUUCAAC GAGGAAUUCC UAGUAAGCGC AAGUCAUCAG CUUGCGUUGA UUACGUCCC UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUAGU ACCGAUUGAA UGGCUUAGUG AGGCCUCAGG AUUUGCUUAG AGAAGGGGGC AACUCCAUC UCAGAGCGAA GAAUCUGGUC AAACUUGGUC AUUUAGAGGA ACUAAAAGUC GUAACAAGGU UUCCGUAGGU G AACCUGCG GAAGGAUCAU UA

+
分子 #35: Cricket paralysis virus IRES RNA

分子名称: Cricket paralysis virus IRES RNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cricket paralysis virus (ウイルス)
分子量理論値: 61.462207 KDa
配列文字列: AAAAAUGUGA UCUUGCUUGU AAAUACAAUU UUGAGAGGUU AAUAAAUUAC AAGUAGUGCU AUUUUUGUAU UUAGGUUAGC UAUUUAGCU UUACGUUCCA GGAUGCCUAG UGGCAGCCCC ACAAUAUCCA GGAAGCCCUC UCUGCGGCUU UUCAGAUUAG G UAGUCGAA ...文字列:
AAAAAUGUGA UCUUGCUUGU AAAUACAAUU UUGAGAGGUU AAUAAAUUAC AAGUAGUGCU AUUUUUGUAU UUAGGUUAGC UAUUUAGCU UUACGUUCCA GGAUGCCUAG UGGCAGCCCC ACAAUAUCCA GGAAGCCCUC UCUGCGGCUU UUCAGAUUAG G UAGUCGAA AAACCUAAGA AAUUUACCUG CUAC

GENBANK: GENBANK: AF218039.1

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分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 80 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
20.0 milimolarMES-KOH
100.0 milimolarKCL
8.0 milimolarMgCl(2)
2.0 milimolarDTT
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2421

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54481
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5it9:
Structure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the cricket paralysis virus IRES.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る