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万見
- EMDB-7978: Human type 3 1,4,5-inositol trisphosphate receptor in a ligand-fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7978
タイトルHuman type 3 1,4,5-inositol trisphosphate receptor in a ligand-free state
マップデータhuman inositol 1,4,5-trisphosphate receptor in a ligand-free state
試料
  • 細胞器官・細胞要素: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
    • タンパク質・ペプチド: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3
  • リガンド: ZINC ION
キーワードIon channel / Calcium channel / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of bitter taste / sensory perception of umami taste / DAG and IP3 signaling / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of sweet taste / platelet dense tubular network membrane / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / PLC beta mediated events ...sensory perception of bitter taste / sensory perception of umami taste / DAG and IP3 signaling / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of sweet taste / platelet dense tubular network membrane / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / PLC beta mediated events / inositol hexakisphosphate binding / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / nuclear outer membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / transport vesicle membrane / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / brush border / intracellularly gated calcium channel activity / Role of phospholipids in phagocytosis / calcium ion homeostasis / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / phosphatidylinositol binding / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated cell proliferation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / sarcoplasmic reticulum / Regulation of insulin secretion / long-term synaptic potentiation / memory / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to calcium ion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / sensory perception of taste / apical part of cell / myelin sheath / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homotetramerization / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel ITPR3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Hite RK / Paknejad N
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the regulation of inositol trisphosphate receptors by Ca and IP.
著者: Navid Paknejad / Richard K Hite /
要旨: Inositol trisphosphate receptors (IPRs) are ubiquitous Ca-permeable channels that mediate release of Ca from the endoplasmic reticulum, thereby regulating numerous processes including cell division, ...Inositol trisphosphate receptors (IPRs) are ubiquitous Ca-permeable channels that mediate release of Ca from the endoplasmic reticulum, thereby regulating numerous processes including cell division, cell death, differentiation and fertilization. IPRs are jointly activated by inositol trisphosphate (IP) and their permeant ion, Ca. At high concentrations, however, Ca inhibits activity, ensuring precise spatiotemporal control over intracellular Ca. Despite extensive characterization of IPR, the mechanisms through which these molecules control channel gating have remained elusive. Here, we present structures of full-length human type 3 IPRs in ligand-bound and ligand-free states. Multiple IP-bound structures demonstrate that the large cytoplasmic domain provides a platform for propagation of long-range conformational changes to the ion-conduction gate. Structures in the presence of Ca reveal two Ca-binding sites that induce the disruption of numerous interactions between subunits, thereby inhibiting IPR. These structures thus provide a mechanistic basis for beginning to understand the regulation of IPR.
履歴
登録2018年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月25日-
マップ公開2018年8月1日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.72
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.72
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6dqj
  • 表面レベル: 5.72
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7978.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human inositol 1,4,5-trisphosphate receptor in a ligand-free state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 417.792 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 417.792 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 417.792 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.72 / ムービー #1: 5.72
最小 - 最大-19.505289999999999 - 34.630062000000002
平均 (標準偏差)0.016681138 (±1.4728996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 417.79202 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0881.0881.088
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z417.792417.792417.792
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-19.50534.6300.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor

全体名称: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
要素
  • 細胞器官・細胞要素: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
    • タンパク質・ペプチド: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor

超分子名称: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3

分子名称: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 304.488688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEMSSFLHI GDIVSLYAEG SVNGFISTLG LVDDRCVVEP AAGDLDNPPK KFRDCLFKVC PMNRYSAQKQ YWKAKQTKQD KEKIADVVL LQKLQHAAQM EQKQNDTENK KVHGDVVKYG SVIQLLHMKS NKYLTVNKRL PALLEKNAMR VTLDATGNEG S WLFIQPFW ...文字列:
MSEMSSFLHI GDIVSLYAEG SVNGFISTLG LVDDRCVVEP AAGDLDNPPK KFRDCLFKVC PMNRYSAQKQ YWKAKQTKQD KEKIADVVL LQKLQHAAQM EQKQNDTENK KVHGDVVKYG SVIQLLHMKS NKYLTVNKRL PALLEKNAMR VTLDATGNEG S WLFIQPFW KLRSNGDNVV VGDKVILNPV NAGQPLHASN YELSDNAGCK EVNSVNCNTS WKINLFMQFR DHLEEVLKGG DV VRLFHAE QEKFLTCDEY KGKLQVFLRT TLRQSATSAT SSNALWEVEV VHHDPCRGGA GHWNGLYRFK HLATGNYLAA EEN PSYKGD ASDPKAAGMG AQGRTGRRNA GEKIKYCLVA VPHGNDIASL FELDPTTLQK TDSFVPRNSY VRLRHLCTNT WIQS TNVPI DIEEERPIRL MLGTCPTKED KEAFAIVSVP VSEIRDLDFA NDASSMLASA VEKLNEGFIS QNDRRFVIQL LEDLV FFVS DVPNNGQNVL DIMVTKPNRE RQKLMREQNI LKQVFGILKA PFREKGGEGP LVRLEELSDQ KNAPYQHMFR LCYRVL RHS QEDYRKNQEH IAKQFGMMQS QIGYDILAED TITALLHNNR KLLEKHITKT EVETFVSLVR KNREPRFLDY LSDLCVS NH IAIPVTQELI CKCVLDPKNS DILIRTELRP VKEMAQSHEY LSIEYSEEEV WLTWTDKNNE HHEKSVRQLA QEARAGNA H DENVLSYYRY QLKLFARMCL DRQYLAIDEI SQQLGVDLIF LCMADEMLPF DLRASFCHLM LHVHVDRDPQ ELVTPVKFA RLWTEIPTAI TIKDYDSNLN ASRDDKKNKF ANTMEFVEDY LNNVVSEAVP FANEEKNKLT FEVVSLAHNL IYFGFYSFSE LLRLTRTLL GIIDCVQGPP AMLQAYEDPG GKNVRRSIQG VGHMMSTMVL SRKQSVFSAP SLSAGASAAE PLDRSKFEEN E DIVVMETK LKILEILQFI LNVRLDYRIS YLLSVFKKEF VEVFPMQDSG ADGTAPAFDS TTANMNLDRI GEQAEAMFGV GK TSSMLEV DDEGGRMFLR VLIHLTMHDY APLVSGALQL LFKHFSQRQE AMHTFKQVQL LISAQDVENY KVIKSELDRL RTM VEKSEL WVDKKGSGKG EEVEAGAAKD KKERPTDEEG FLHPPGEKSS ENYQIVKGIL ERLNKMCGVG EQMRKKQQRL LKNM DAHKV MLDLLQIPYD KGDAKMMEIL RYTHQFLQKF CAGNPGNQAL LHKHLHLFLT PGLLEAETMQ HIFLNNYQLC SEISE PVLQ HFVHLLATHG RHVQYLDFLH TVIKAEGKYV KKCQDMIMTE LTNAGDDVVV FYNDKASLAH LLDMMKAARD GVEDHS PLM YHISLVDLLA ACAEGKNVYT EIKCTSLLPL EDVVSVVTHE DCITEVKMAY VNFVNHCYVD TEVEMKEIYT SNHIWTL FE NFTLDMARVC SKREKRVADP TLEKYVLSVV LDTINAFFSS PFSENSTSLQ THQTIVVQLL QSTTRLLECP WLQQQHKG S VEACIRTLAM VAKGRAILLP MDLDAHISSM LSSGASCAAA AQRNASSYKA TTRAFPRVTP TANQWDYKNI IEKLQDIIT ALEERLKPLV QAELSVLVDV LHWPELLFLE GSEAYQRCES GGFLSKLIQH TKDLMESEEK LCIKVLRTLQ QMLLKKTKYG DRGNQLRKM LLQNYLQNRK STSRGDLPDP IGTGLDPDWS AIAATQCRLD KEGATKLVCD LITSTKNEKI FQESIGLAIH L LDGGNTEI QKSFHNLMMS DKKSERFFKV LHDRMKRAQQ ETKSTVAVNM NDLGSQPHED REPVDPTTKG RVASFSIPGS SS RYSLGPS LRRGHEVSER VQSSEMGTSV LIMQPILRFL QLLCENHNRD LQNFLRCQNN KTNYNLVCET LQFLDIMCGS TTG GLGLLG LYINEDNVGL VIQTLETLTE YCQGPCHENQ TCIVTHESNG IDIITALILN DISPLCKYRM DLVLQLKDNA SKLL LALME SRHDSENAER ILISLRPQEL VDVIKKAYLQ EEERENSEVS PREVGHNIYI LALQLSRHNK QLQHLLKPVK RIQEE EAEG ISSMLSLNNK QLSQMLKSSA PAQEEEEDPL AYYENHTSQI EIVRQDRSME QIVFPVPGIC QFLTEETKHR LFTTTE QDE QGSKVSDFFD QSSFLHNEME WQRKLRSMPL IYWFSRRMTL WGSISFNLAV FINIIIAFFY PYMEGASTGV LDSPLIS LL FWILICFSIA ALFTKRYSIR PLIVALILRS IYYLGIGPTL NILGALNLTN KIVFVVSFVG NRGTFIRGYK AMVMDMEF L YHVGYILTSV LGLFAHELFY SILLFDLIYR EETLFNVIKS VTRNGRSILL TALLALILVY LFSIVGFLFL KDDFILEVD RLPNNHSTAS PLGMPHGAAA FVDTCSGDKM DCVSGLSVPE VLEEDRELDS TERACDTLLM CIVTVMNHGL RNGGGVGDIL RKPSKDESL FPARVVYDLL FFFIVIIIVL NLIFGVIIDT FADLRSEKQK KEEILKTTCF ICGLERDKFD NKTVSFEEHI K LEHNMWNY LYFIVLVRVK NKTDYTGPES YVAQMIKNKN LDWFPRMRAM SLVSNEGEGE QNEIRILQDK LNSTMKLVSH LT AQLNELK EQMTEQRKRR QRLGFVDVQN CISR

UniProtKB: Inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel ITPR3

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chlorid
50.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
2.0 mMDTT1,4-Dithiothreitol
0.06 percentDigitoninDigitonin
5.0 mMEGTAethylene glycol-bis(aminoethyl ether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid

詳細: 150mM Nacl 50mM Tris-HCl, pH 8.0 2mM DTT 0.06% Digitonin 5mM EGTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2 seconds prior to freezing.
詳細ligand-free human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor in detergent micelles

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: FEI Cs corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1801 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movie frames were aligned with MotionCor2
粒子像選択選択した数: 52767
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC initial model
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 26325
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 8780 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 95.1 / 当てはまり具合の基準: map-to-model FSC
得られたモデル

PDB-6dqj:
Human type 3 1,4,5-inositol trisphosphate receptor in a ligand-free state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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