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- EMDB-46466: Map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46466
タイトルMap of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
マップデータmap of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
試料
  • 複合体: trimer of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain, Green fluorescent protein fusion
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / hemagglutinin / evolution / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / viral budding from plasma membrane / generation of precursor metabolites and energy / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...bioluminescence / viral budding from plasma membrane / generation of precursor metabolites and energy / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Green fluorescent protein / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Ward AB / de Paiva Froes Rocha R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and immunological characterization of the H3 influenza hemagglutinin during antigenic drift
著者: de Paiva Froes Rocha R / Torrents de la Pena A / Ward AB
履歴
登録2024年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46466.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 414. Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 414. Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 414. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.0368645 - 2.582569
平均 (標準偏差)0.00013745249 (±0.046734486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 414.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46466_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16

ファイルemd_46466_half_map_1.map
注釈half map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16

ファイルemd_46466_half_map_2.map
注釈half map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : trimer of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16

全体名称: trimer of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
要素
  • 複合体: trimer of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain, Green fluorescent protein fusion
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: trimer of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16

超分子名称: trimer of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: C3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 37.598809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAATLCLG HHAVPNGTIV KTITNDRIEV TNATELVQNS SIGEICDSPH QILDGENCTL IDALLGDPQ CDGFQNKKWD LFVERSKAYS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFKNESF NWTGVTQNGT SSACIRGSSS S FFSRLNWL ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAATLCLG HHAVPNGTIV KTITNDRIEV TNATELVQNS SIGEICDSPH QILDGENCTL IDALLGDPQ CDGFQNKKWD LFVERSKAYS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFKNESF NWTGVTQNGT SSACIRGSSS S FFSRLNWL THLNYTYPAL NVTMPNKEQF DKLYIWGVHH PGTDKDQIFL YAQSSGRITV STKRSQQAVI PNIGSRPRIR DI PSRISIY WTIVKPGDIL LINSTGNLIA PRGYFKIRSG KSSIMRSDAP IGKCKSECIT PNGSIPNDKP FQNVNRITYG ACP RYVKHS TLKLATGMRN VPEK

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain, Green fluorescent protein fusion

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain, Green fluorescent protein fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 55.162629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QTRGIFGAIA GFIENGWEGM VDGWYGFRHQ NSEGRGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRLIG KTNEKFHQIE KEFSEVEGRV QDLEKYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTKKQL RENAEDMGNG CFKIYHKCDN ACIESIRNET Y DHNVYRDE ...文字列:
QTRGIFGAIA GFIENGWEGM VDGWYGFRHQ NSEGRGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRLIG KTNEKFHQIE KEFSEVEGRV QDLEKYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTKKQL RENAEDMGNG CFKIYHKCDN ACIESIRNET Y DHNVYRDE ALNNRFQIKR MKQIEDKIEE IESKQKKIEN EIARIKKIKL VPRGSVDENL YFQAMSKGEE LFTGVVPILV EL DGDVNGH KFSVRGEGEG DATNGKLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DHMKRHDFFK SAMPEGYVQE RTI SFKDDG TYKTRAEVKF EGDTLVNRIE LKGIDFKEDG NILGHKLEYN FNSHNVYITA DKQKNGIKAN FKIRHNVEDG SVQL ADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QSVLSKDPNE KRDHMVLLEF VTAAGITHGM SSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWS HPQF EK

UniProtKB: Hemagglutinin, Green fluorescent protein

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1313732
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 52046
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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