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- EMDB-45998: Endo H-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45998
タイトルEndo H-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68
マップデータsharpen map of endoH-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68
試料
  • 複合体: hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain,Green fluorescent protein fusion
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhemagglutinin / glycoprotein / H3 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / viral budding from plasma membrane / generation of precursor metabolites and energy / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...bioluminescence / viral budding from plasma membrane / generation of precursor metabolites and energy / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / de Paiva Froes Rocha R / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and immunological characterization of the H3 influenza hemagglutinin during antigenic drift
著者: de Paiva Froes Rocha R / Torrents de la Pena A / Ward AB / de Vries RP / Berndsen ZT / Chakraborty S
履歴
登録2024年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpen map of endoH-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.0064833 - 3.5798652
平均 (標準偏差)0.000209523 (±0.06458167)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45998_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: sharpen map of endoH-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68

ファイルemd_45998_half_map_1.map
注釈sharpen map of endoH-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: sharpen map of endoH-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68

ファイルemd_45998_half_map_2.map
注釈sharpen map of endoH-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 trimer

全体名称: hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 trimer
要素
  • 複合体: hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
  • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain,Green fluorescent protein fusion
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 trimer

超分子名称: hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2
分子量理論値: 38.523496 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQDLPGN DNSTATLCLG HHAVPNGTLV KTITDDQIEV TNATELVQSS STGKICNNPH RILDGIDCT LIDALLGDPH CDVFQNETWD LFVERSKAFS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFITEGF TWTGVTQNGG S NACKRGPG ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQDLPGN DNSTATLCLG HHAVPNGTLV KTITDDQIEV TNATELVQSS STGKICNNPH RILDGIDCT LIDALLGDPH CDVFQNETWD LFVERSKAFS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFITEGF TWTGVTQNGG S NACKRGPG SGFFSRLNWL TKSGSTYPVL NVTMPNNDNF DKLYIWGVHH PSTNQEQTSL YVQASGRVTV STRRSQQTII PN IGSRPWV RGLSSRISIY WTIVKPGDVL VINSNGNLIA PRGYFKMRTG KSSIMRSDAP IDTCISECIT PNGSIPNDKP FQN VNKITY GACPKYVKQN TLKLATGMRN VPEKQT

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain,Green fluorescent protein fusion

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain,Green fluorescent protein fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 55.973602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RGLFGAIAGF IENGWEGMID GWYGFRHQNS EGTGQAADLK STQAAIDQIN GKLNRVIEKT NEKFHQIEKE FSEVEGRIQD LEKYVEDTK IDLWSYNAEL LVALENQHTI DLTDSEMNKL FEKTGRQLRE NAEDMGNGCF KIYHKCDNAC IESIRNGTYD H DVYRDEAL ...文字列:
RGLFGAIAGF IENGWEGMID GWYGFRHQNS EGTGQAADLK STQAAIDQIN GKLNRVIEKT NEKFHQIEKE FSEVEGRIQD LEKYVEDTK IDLWSYNAEL LVALENQHTI DLTDSEMNKL FEKTGRQLRE NAEDMGNGCF KIYHKCDNAC IESIRNGTYD H DVYRDEAL NNRFQIKGVE LKLELIKRMK QIEDKIEEIE SKQKKIENEI ARIKKIKLVP RGSVDENLYF QAMSKGEELF TG VVPILVE LDGDVNGHKF SVRGEGEGDA TNGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPDH MKRHDFFKSA MPE GYVQER TISFKDDGTY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNFN SHNVYITADK QKNGIKANFK IRHN VEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS VLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITHGMSS AWSHPQFEKG GGSGG GSGG SAWSHPQFEK

UniProtKB: Hemagglutinin, Green fluorescent protein

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zcj

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 332294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4zcj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9cxu:
Endo H-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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