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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4629 | ||||||||||||
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タイトル | Helicobacter pylori urease with BME bound in the active site | ||||||||||||
マップデータ | unmasked map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Luecke H / Cunha E | ||||||||||||
資金援助 | ノルウェー, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori urease with an inhibitor in the active site at 2.0 Å resolution. 著者: Eva S Cunha / Xiaorui Chen / Marta Sanz-Gaitero / Deryck J Mills / Hartmut Luecke / 要旨: Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of ...Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of the world population will continue to be infected with this gastric pathogen. Current eradication, called triple therapy, entails a proton-pump inhibitor and two broadband antibiotics, however resistance to either clarithromycin or metronidazole is greater than 25% and rising. Therefore, there is an urgent need for a targeted, high-specificity eradication drug. Gastric infection by H. pylori depends on the expression of a nickel-dependent urease in the cytoplasm of the bacteria. Here, we report the 2.0 Å resolution structure of the 1.1 MDa urease in complex with an inhibitor by cryo-electron microscopy and compare it to a β-mercaptoethanol-inhibited structure at 2.5 Å resolution. The structural information is of sufficient detail to aid in the development of inhibitors with high specificity and affinity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4629.map.gz | 13.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4629-v30.xml emd-4629.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4629_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4629.png | 242.7 KB | ||
マスクデータ | emd_4629_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4629_additional_1.map.gz emd_4629_half_map_1.map.gz emd_4629_half_map_2.map.gz | 13.1 MB 80.6 MB 80.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4629 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4629_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4629_full_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4629_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4629 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unmasked map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.077 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4629_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: density modified map
ファイル | emd_4629_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | density modified map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_4629_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_4629_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease
全体 | 名称: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease |
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要素 |
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-超分子 #1: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease
超分子 | 名称: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: UMAB41 / 細胞中の位置: Cytoplasm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pHP808, pHP902 |
分子量 | 理論値: 1.1 MDa |
-分子 #1: Urease subunit alpha
分子 | 名称: Urease subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
分子量 | 理論値: 26.645703 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKLTPKELDK LMLHYAGELA RKRKEKGIKL NYVEAVALIS AHIMEEARAG KKTAAELMQE GRTLLKPDDV MDGVASMIHE VGIEAMFPD GTKLVTVHTP IEANGKLVPG ELFLKNEDIT INEGKKAVSV KVKNVGDRPV QIGSHFHFFE VNRCLDFDRE K TFGKRLDI ...文字列: MKLTPKELDK LMLHYAGELA RKRKEKGIKL NYVEAVALIS AHIMEEARAG KKTAAELMQE GRTLLKPDDV MDGVASMIHE VGIEAMFPD GTKLVTVHTP IEANGKLVPG ELFLKNEDIT INEGKKAVSV KVKNVGDRPV QIGSHFHFFE VNRCLDFDRE K TFGKRLDI ASGTAVRFEP GEEKSVELID IGGNRRIFGF NALVDRQADN ESKKIALHRA KERGFHGTKS DDNYVKTIKE |
-分子 #2: Urease subunit beta
分子 | 名称: Urease subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) |
分子量 | 理論値: 61.832531 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKISRKEYV SMYGPTTGDK VRLGDTDLIA EVEHDYTIYG EELKFGGGKT LREGMSQSNN PSKEELDLII TNALIVDYTG IYKADIGIK DGKIAGIGKG GNKDMQDGVK NNLSVGPATE ALAGEGLIVT AGGIDTHIHF ISPQQIPTAF ASGVTTMIGG G TGPADGTN ...文字列: MKKISRKEYV SMYGPTTGDK VRLGDTDLIA EVEHDYTIYG EELKFGGGKT LREGMSQSNN PSKEELDLII TNALIVDYTG IYKADIGIK DGKIAGIGKG GNKDMQDGVK NNLSVGPATE ALAGEGLIVT AGGIDTHIHF ISPQQIPTAF ASGVTTMIGG G TGPADGTN ATTITPGRRN LKWMLRAAEE YSMNLGFLAK GNTSNDASLA DQIEAGAIGF (KCX)IHEDWGTTP SAINHALD V ADKYDVQVAI HTDTLNEAGC VEDTMAAIAG RTMHTFHTEG AGGGHAPDII KVAGEHNILP ASTNPTIPFT VNTEAEHMD MLMVCHHLDK SIKEDVQFAD SRIRPQTIAA EDTLHDMGIF SITSSDSQAM GRVGEVITRT WQTADKNKKE FGRLKEEKGD NDNFRIKRY LSKYTINPAI AHGISEYVGS VEVGKVADLV LWSPAFFGVK PNMIIKGGFI ALSQMGDANA SIPTPQPVYY R EMFAHHGK AKYDANITFV SQAAYDKGIK EELGLERQVL PVKNCRNITK KDMQFNDTTA HIEVNPETYH VFVDGKEVTS KP ANKVSLA QLFSIF |
-分子 #3: NICKEL (II) ION
分子 | 名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: NI |
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分子量 | 理論値: 58.693 Da |
Chemical component information | ChemComp-NI: |
-分子 #4: BETA-MERCAPTOETHANOL
分子 | 名称: BETA-MERCAPTOETHANOL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: BME |
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分子量 | 理論値: 78.133 Da |
Chemical component information | ChemComp-BME: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1178 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 956 / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #0 - 詳細: Used 718 movies / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3 #2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #2 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |