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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex | |||||||||
![]() | Cryo-EM map of C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex. | |||||||||
![]() |
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![]() | Lipid transfer / ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex / single particle cryo-EM / autophagy / LIPID TRANSPORT-MEMBRANE PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() phagophore / lipid transfer activity / organelle membrane contact site / glycophagy / phosphatidylinositol phosphate binding / phospholipid scramblase activity / nucleophagy / programmed necrotic cell death / positive regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site ...phagophore / lipid transfer activity / organelle membrane contact site / glycophagy / phosphatidylinositol phosphate binding / phospholipid scramblase activity / nucleophagy / programmed necrotic cell death / positive regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / bone morphogenesis / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / reticulophagy / extrinsic component of membrane / Macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / protein-membrane adaptor activity / cellular response to starvation / lipid droplet / trans-Golgi network / mitochondrial membrane / recycling endosome / autophagy / recycling endosome membrane / late endosome / late endosome membrane / endosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
![]() | Wang Y / Stjepanovic G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for lipid transfer by the ATG2A-ATG9A complex 著者: Wang Y / Stjepanovic G | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 776.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 20.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 765 MB 765 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 711.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 710.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map B of C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex.
ファイル | emd_37091_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex.
ファイル | emd_37091_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex
全体 | 名称: C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex
超分子 | 名称: C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 536 KDa |
-分子 #1: Autophagy-related protein 9A
分子 | 名称: Autophagy-related protein 9A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 94.551031 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAQFDTEYQR LEASYSDSPP GEEDLLVHVA EGSKSPWHHI ENLDLFFSRV YNLHQKNGFT CMLIGEIFEL MQFLFVVAFT TFLVSCVDY DILFANKMVN HSLHPTEPVK VTLPDAFLPA QVCSARIQEN GSLITILVIA GVFWIHRLIK FIYNICCYWE I HSFYLHAL ...文字列: MAQFDTEYQR LEASYSDSPP GEEDLLVHVA EGSKSPWHHI ENLDLFFSRV YNLHQKNGFT CMLIGEIFEL MQFLFVVAFT TFLVSCVDY DILFANKMVN HSLHPTEPVK VTLPDAFLPA QVCSARIQEN GSLITILVIA GVFWIHRLIK FIYNICCYWE I HSFYLHAL RIPMSALPYC TWQEVQARIV QTQKEHQICI HKRELTELDI YHRILRFQNY MVALVNKSLL PLRFRLPGLG EA VFFTRGL KYNFELILFW GPGSLFLNEW SLKAEYKRGG QRLELAQRLS NRILWIGIAN FLLCPLILIW QILYAFFSYA EVL KREPGA LGARCWSLYG RCYLRHFNEL EHELQSRLNR GYKPASKYMN CFLSPLLTLL AKNGAFFAGS ILAVLIALTI YDED VLAVE HVLTTVTLLG VTVTVCRSFI PDQHMVFCPE QLLRVILAHI HYMPDHWQGN AHRSQTRDEF AQLFQYKAVF ILEEL LSPI VTPLILIFCL RPRALEIIDF FRNFTVEVVG VGDTCSFAQM DVRQHGHPQW LSAGQTEASV YQQAEDGKTE LSLMHF AIT NPGWQPPRES TAFLGFLKEQ VQRDGAAASL AQGGLLPENA LFTSIQSLQS ESEPLSLIAN VVAGSSCRGP PLPRDLQ GS RHRAEVASAL RSFSPLQPGQ APTGRAHSTM TGSGVDARTA SSGSSVWEGQ LQSLVLSEYA STEMSLHALY MHQLHKQQ A QAEPERHVWH RRESDESGES APDEGGEGAR APQSIPRSAS YPCAAPRPGA PETTALHGGF QRRYGGITDP GTVPRVPSH FSRLPLGGWA EDGQSASRHP EPVPEEGSED ELPPQVHKV UniProtKB: Autophagy-related protein 9A |
-分子 #2: WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 4
分子 | 名称: WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.916539 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTQQPLRGVT SLRFNQDQSC FCCAMETGVR IYNVEPLMEK GHLDHEQVGS MGLVEMLHRS NLLALVGGGS SPKFSEISVL IWDDAREGK DSKEKLVLEF TFTKPVLSVR MRHDKIVIVL KNRIYVYSFP DNPRKLFEFD TRDNPKGLCD LCPSLEKQLL V FPGHKCGS ...文字列: MTQQPLRGVT SLRFNQDQSC FCCAMETGVR IYNVEPLMEK GHLDHEQVGS MGLVEMLHRS NLLALVGGGS SPKFSEISVL IWDDAREGK DSKEKLVLEF TFTKPVLSVR MRHDKIVIVL KNRIYVYSFP DNPRKLFEFD TRDNPKGLCD LCPSLEKQLL V FPGHKCGS LQLVDLASTK PGTSSAPFTI NAHQSDIACV SLNQPGTVVA SASQKGTLIR LFDTQSKEKL VELRRGTDPA TL YCINFSH DSSFLCASSD KGTVHIFALK DTRLNRRSAL ARVGKVGPMI GQYVDSQWSL ASFTVPAESA CICAFGRNTS KNV NSVIAI CVDGTFHKYV FTPDGNCNRE AFDVYLDICD DDDF UniProtKB: WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 4 |
-分子 #3: Autophagy-related protein 2 homolog A
分子 | 名称: Autophagy-related protein 2 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 213.100281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSRWLWPWSN CVKERVCRYL LHHYLGHFFQ EHLSLDQLSL DLYKGSVALR DIHLEIWSVN EVLESMESPL ELVEGFVGSI EVAVPWAAL LTDHCTVRVS GLQLTLQPRR GPAPGAADSQ SWASCMTTSL QLAQECLRDG LPEPSEPPQP LEGLEMFAQT I ETVLRRIK ...文字列: MSRWLWPWSN CVKERVCRYL LHHYLGHFFQ EHLSLDQLSL DLYKGSVALR DIHLEIWSVN EVLESMESPL ELVEGFVGSI EVAVPWAAL LTDHCTVRVS GLQLTLQPRR GPAPGAADSQ SWASCMTTSL QLAQECLRDG LPEPSEPPQP LEGLEMFAQT I ETVLRRIK VTFLDTVVRV EHSPGDGERG VAVEVRVQRL EYCDEAVRDP SQAPPVDVHQ PPAFLHKLLQ LAGVRLHYEE LP AQEEPPE PPLQIGSCSG YMELMVKLKQ NEAFPGPKLE VAGQLGSLHL LLTPRQLQQL QELLSAVSLT DHEGLADKLN KSR PLGAED LWLIEQDLNQ QLQAGAVAEP LSPDPLTNPL LNLDNTDLFF SMAGLTSSVA SALSELSLSD VDLASSVRSD MASR RLSAQ AHPAGKMAPN PLLDTMRPDS LLKMTLGGVT LTLLQTSAPS SGPPDLATHF FTEFDATKDG PFGSRDFHHL RPRFQ RACP CSHVRLTGTA VQLSWELRTG SRGRRTTSME VHFGQLEVLE CLWPRGTSEP EYTEILTFPG TLGSQASARP CAHLRH TQI LRRVPKSRPR RSVACHCHSE LALDLANFQA DVELGALDRL AALLRLATVP AEPPAGLLTE PLPAMEQQTV FRLSAPR AT LRLRFPIADL RPEPDPWAGQ AVRAEQLRLE LSEPQFRSEL SSGPGPPVPT HLELTCSDLH GIYEDGGKPP VPCLRVSK A LDPKSTGRKY FLPQVVVTVN PQSSSTQWEV APEKGEELEL SVESPCELRE PEPSPFSSKR TMYETEEMVI PGDPEEMRT FQSRTLALSR CSLEVILPSV HIFLPSKEVY ESIYNRINND LLMWEPADLL PTPDPAAQPS GFPGPSGFWH DSFKMCKSAF KLANCFDLT PDSDSDDEDA HFFSVGASGG PQAAAPEAPS LHLQSTFSTL VTVLKGRITA LCETKDEGGK RLEAVHGELV L DMEHGTLF SVSQYCGQPG LGYFCLEAEK ATLYHRAAVD DYPLPSHLDL PSFAPPAQLA PTIYPSEEGV TERGASGRKG QG RGPHMLS TAVRIHLDPH KNVKEFLVTL RLHKATLRHY MALPEQSWHS QLLEFLDVLD DPVLGYLPPT VITILHTHLF SCS VDYRPL YLPVRVLITA ETFTLSSNII MDTSTFLLRF ILDDSALYLS DKCEVETLDL RRDYVCVLDV DLLELVIKTW KGST EGKLS QPLFELRCSN NVVHVHSCAD SCALLVNLLQ YVMSTGDLHP PPRPPSPTEI AGQKLSESPA SLPSCPPVET ALINQ RDLA DALLDTERSL RELAQPSGGH LPQASPISVY LFPGERSGAP PPSPPVGGPA GSLGSCSEEK EDEREEEGDG DTLDSD EFC ILDAPGLGIP PRDGEPVVTQ LHPGPIVVRD GYFSRPIGST DLLRAPAHFP VPSTRVVLRE VSLVWHLYGG RDFGPHP GH RARTGLSGPR SSPSRCSGPN RPQNSWRTQG GSGRQHHVLM EIQLSKVSFQ HEVYPAEPAT GPAAPSQELE ERPLSRQV F IVQELEVRDR LASSQINKFL YLHTSERMPR RAHSNMLTIK ALHVAPTTNL GGPECCLRVS LMPLRLNVDQ DALFFLKDF FTSLVAGINP VVPGETSAEA RPETRAQPSS PLEGQAEGVE TTGSQEAPGG GHSPSPPDQQ PIYFREFRFT SEVPIWLDYH GKHVTMDQV GTFAGLLIGL AQLNCSELKL KRLCCRHGLL GVDKVLGYAL NEWLQDIRKN QLPGLLGGVG PMHSVVQLFQ G FRDLLWLP IEQYRKDGRL MRGLQRGAAS FGSSTASAAL ELSNRLVQAI QATAETVYDI LSPAAPVSRS LQDKRSARRL RR GQQPADL REGVAKAYDT VREGILDTAQ TICDVASRGH EQKGLTGAVG GVIRQLPPTV VKPLILATEA TSSLLGGMRN QIV PDAHKD HALKWRSDSA QD UniProtKB: Autophagy-related protein 2 homolog A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.17 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |