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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36430 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C (subparticle LLR-LRR) | |||||||||
マップデータ | postprocessed map | |||||||||
試料 |
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キーワード | dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Fibriansah G / Ng TS / Tan AWK / Shi J / Lok SM | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants 著者: Fibriansah G / Ng TS / Lim XN / Shebanova A / Ng LC / Tan SL / Tan AWK / Shi J / Crowe JE / Lok SM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36430.map.gz | 19.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36430-v30.xml emd-36430.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36430.png | 258.7 KB | ||
マスクデータ | emd_36430_msk_1.map | 20.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36430.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_36430_half_map_1.map.gz emd_36430_half_map_2.map.gz | 15.4 MB 15.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36430 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36430_validation.pdf.gz | 1010.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36430_full_validation.pdf.gz | 1010.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36430_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36430_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jn2MC 8jn1C 8jn3C 8jn4C 8jn5C 8jn6C 8jn7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.71 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36430_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_36430_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_36430_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibo...
全体 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibo...
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Dengue virus serotype 3 strain 863DK
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain 863DK / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) |
-超分子 #3: Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain)
超分子 | 名称: Human antibody DENV-115 Fab (heavy and light chain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Envelope protein
分子 | 名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.682484 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) |
配列 | 文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA VLPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLEPIEGKV VQYENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST ...文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA VLPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLEPIEGKV VQYENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST TEAILPEYGT LGLECSPRTG LDFNEMILLT MKNKAWMVHR QWFFDLPLPW ASGATTETPT WNRKELLVTF KN AHAKKQE VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQNSGGTSIF AGHLKCRLKM DKLELKGMSY AMCTNTFVLK KEVSETQHGT ILI KVEYKG EDAPCKIPFS TEDGQGKAHN GRLITANPVV TKKEEPVNIE AEPPFGESNI VIGIGDNALK INWYKKGSSI GKMF EATAR GARRMAILGD TAWDFGSVGG VLNSLGKMVH QIFGSAYTAL FSGVSWVMKI GIGVLLTWIG LNSKNTSMSF SCIAI GIIT LYLGAVVQA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Membrane protein
分子 | 名称: Membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.347836 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) |
配列 | 文字列: SVALAPHVGM GLDTRTQTWM SAEGAWRQVE KVETWALRHP GFTILALFLA HYIGTSLTQK VVIFILLMLV TPSMT UniProtKB: Polyprotein |
-分子 #3: Human antibody DENV-115 heavy chain
分子 | 名称: Human antibody DENV-115 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.607289 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGAPVKV SCEASGYTFT DYFIHWVRQA PGQGLEWMGW INPISGGTNY HPRFHGGVTM TRDTSMKVAY MELKRLTSD DTAVYFCARG RDFRGGYSQL DYWGQGTLVT VSS |
-分子 #4: Human antibody DENV-115 light chain
分子 | 名称: Human antibody DENV-115 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.49662 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGGSSNIA INTVNWYQQV PGTAPKLLMY SNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC ATWDDSLKDV LFGGGTKLTV L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA) |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The purified virus was mixed with DENV-115 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 114755 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||
得られたモデル | PDB-8jn2: |