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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30848 | |||||||||
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タイトル | Structure of a human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium:proton antiporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cation-transporting ATPase complex / Sodium/Proton exchangers / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / Hyaluronan uptake and degradation / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cellular response to electrical stimulus / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity ...sodium:proton antiporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cation-transporting ATPase complex / Sodium/Proton exchangers / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / Hyaluronan uptake and degradation / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cellular response to electrical stimulus / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / positive regulation of action potential / sodium ion export across plasma membrane / maintenance of cell polarity / regulation of pH / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / cardiac muscle cell differentiation / cellular response to acidic pH / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / protein phosphatase 2B binding / ion binding / regulation of stress fiber assembly / cardiac muscle cell contraction / response to acidic pH / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cellular response to cold / cellular response to antibiotic / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of the force of heart contraction / cellular response to organic cyclic compound / 介在板 / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / 横行小管 / cellular response to epinephrine stimulus / proton transmembrane transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / 細胞分化 / regulation of intracellular pH / phospholipid binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to insulin stimulus / calcium-dependent protein binding / 遊走 / lamellipodium / protein-macromolecule adaptor activity / protein complex oligomerization / cellular response to hypoxia / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / calmodulin binding / 脂質ラフト / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Dong Y / Gao Y / Li B / Zhang XC / Zhao Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure and mechanism of the human NHE1-CHP1 complex. 著者: Yanli Dong / Yiwei Gao / Alina Ilie / DuSik Kim / Annie Boucher / Bin Li / Xuejun C Zhang / John Orlowski / Yan Zhao / 要旨: Sodium/proton exchanger 1 (NHE1) is an electroneutral secondary active transporter present on the plasma membrane of most mammalian cells and plays critical roles in regulating intracellular pH and ...Sodium/proton exchanger 1 (NHE1) is an electroneutral secondary active transporter present on the plasma membrane of most mammalian cells and plays critical roles in regulating intracellular pH and volume homeostasis. Calcineurin B-homologous protein 1 (CHP1) is an obligate binding partner that promotes NHE1 biosynthetic maturation, cell surface expression and pH-sensitivity. Dysfunctions of either protein are associated with neurological disorders. Here, we elucidate structures of the human NHE1-CHP1 complex in both inward- and inhibitor (cariporide)-bound outward-facing conformations. We find that NHE1 assembles as a symmetrical homodimer, with each subunit undergoing an elevator-like conformational change during cation exchange. The cryo-EM map reveals the binding site for the NHE1 inhibitor cariporide, illustrating how inhibitors block transport activity. The CHP1 molecule differentially associates with these two conformational states of each NHE1 monomer, and this association difference probably underlies the regulation of NHE1 pH-sensitivity by CHP1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30848.map.gz | 4.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30848-v30.xml emd-30848.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30848_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30848.png | 198.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30848.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30848 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5
全体 | 名称: Human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5
超分子 | 名称: Human NHE1-CHP1 complex under pH 7.5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Calcineurin B homologous protein 1 (CHP1) was not successfully resolved in this map because of conformational heterogeneity. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 230 KDa |
-分子 #1: Sodium/hydrogen exchanger 1
分子 | 名称: Sodium/hydrogen exchanger 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 46.610219 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: KAFPVLGIDY THVRTPFEIS LWILLACLMK IGFHVIPTIS SIVPESCLLI VVGLLVGGLI KGVGETPPFL QSDVFFLFLL PPIILDAGY FLPLRQFTEN LGTILIFAVV GTLWNAFFLG GLMYAVCLVG GEQINNIGLL DNLLFGSIIS AVDPVAVLAV F EEIHINEL ...文字列: KAFPVLGIDY THVRTPFEIS LWILLACLMK IGFHVIPTIS SIVPESCLLI VVGLLVGGLI KGVGETPPFL QSDVFFLFLL PPIILDAGY FLPLRQFTEN LGTILIFAVV GTLWNAFFLG GLMYAVCLVG GEQINNIGLL DNLLFGSIIS AVDPVAVLAV F EEIHINEL LHILVFGESL LNDAVTVVLY HLFEEFANYE HVGIVDIFLG FLSFFVVALG GVLVGVVYGV IAAFTSRFTS HI RVIEPLF VFLYSYMAYL SAELFHLSGI MALIASGVVM RPYVEANISH KSHTTIKYFL KMWSSVSETL IFIFLGVSTV AGS HHWNWT FVISTLLFCL IARVLGVLGL TWFINKFRIV KLTPKDQFII AYGGLRGAIA FSLGYLLDKK HFPMCDLFLT AIIT VIFFT VFVQGMTIRP LVDLL UniProtKB: Sodium/hydrogen exchanger 1 |
-分子 #2: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子 | 名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: LBN |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-LBN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | The NHE1-CHP1 complex was reconstituted into lipid nanodiscs. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 13000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2462 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7dsw: |